員工擅自離職不能扣押剩余工資。根據規定，用人單位應當按照合同約定及時足額支付工資，非法克扣工資或者拖延支付的，應承擔相應責任。在員工不辭而別的情況下，勞動者已提供勞動部分對應報酬不應被剝奪。企業要及時了解、確認員工離職的真實原因。單位在員工不辭而別的情況下，應積極履行通知解除勞動關系的程序，以避免可能發生的爭議和風險。
因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。
法律依據：《中華人民共和國勞動合同法》第三十八條
用人單位有下列情形之一的，勞動者可以解除勞動合同：
（一）未按照勞動合同約定提供勞動保護或者勞動條件的；
（二）未及時足額支付勞動報酬的；
（三）未依法為勞動者繳納社會保險費的；
（四）用人單位的規章制度違反法律、法規的規定，損害勞動者權益的；
（五）因本法第二十六條第一款規定的情形致使勞動合同無效的；
（六）法律、行政法規規定勞動者可以解除勞動合同的其他情形。
用人單位以暴力、威脅或者非法限制人身自由的手段強迫勞動者勞動的，或者用人單位違章指揮、強令冒險作業危及勞動者人身安全的，勞動者可以立即解除勞動合同，不需事先告知用人單位。

法律主觀：

公司規定自離沒有工資是不合法的。但是勞動者自離也應當賠償給用人單位造成的損失。根據相關法律規定，正式員工離職應當提前三十日通知用人單位，試用期員工應當提前三日通知。

法律客觀：

《勞動法》第五十條 工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。 《勞動合同法》第八十五條 用人單位有下列情形之一的，由勞動行政部門責令限期支付勞動報酬、加班費或者經濟補償；勞動報酬低于當地最低工資標準的，應當支付其差額部分；逾期不支付的，責令用人單位按應付金額百分之五十以上百分之一百以下的標準向勞動者加付賠償金： （一）未按照勞動合同的約定或者國家規定及時足額支付勞動者勞動報酬的； （二）低于當地最低工資標準支付勞動者工資的； （三）安排加班不支付加班費的； （四）解除或者終止勞動合同，未依照本法規定向勞動者支付經濟補償的。

一、員工擅自離職工資怎么算      1、如果是員工擅自離職不對公司造成損失的,用人單位應當按照原工資標準及工作時間等計算工資,并于離職時支付或者在每月固定的時間支付。      2、如果造成損失的,可以扣減損失部分發放員工的工資。      3、法律依據:《工資支付暫行規定》      第十五條用人單位不得克扣勞動者工資。有下列情況之一的,用人單位可以代扣勞動者工資:      (1)用人單位代扣代繳的個人所得稅;      (2)用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用;      (3)法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費;      (4)法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。      第十六條因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的,用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償,可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當地月最低工資標準,則按最低工資標準支付。

二、員工擅自離職怎么辦      1、發出書面通知書:      (1)用人單位應當以書面形式送達通知書,限定員工在指定是時間內回公司上班;      (2)并提出如限期內不上班的處理措施。      2、作出辭退決定:      (1)當員工擅自離職達到可以辭退的標準時侯,用人單位應當將解除勞動關系的事宜公開;      (2)并以書面形式送達離職通知書給員工;      (3)通知員工前來辦理交接工作以及離職手續。

法律主觀：

有些員工離職的時候沒有得到公司或上司的允許，結果算為自動離職，后來公司以員工擅自自動離職而扣除該員工一個月的工資作為處罰。
一、自動離職公司扣掉一個月工資合法嗎
勞動者自動離職，用人單位克扣勞動者一個月的工資是違法的，如果因為勞動者的離職給用人單位造成一定損失的，用人單位是可以要求勞動者進行一定賠償的。
對于用人單位無故克扣其工資的行為，勞動者可以向當地的勞動監察部門進行投訴或者申請勞動仲裁。
《中華人民共和國勞動合同法》第九十條勞動者違反本法規定解除勞動合同，或者違反勞動合同中約定的保密義務或者競業限制，給用人單位造成損失的，應當承擔賠償責任。
《工資支付暫行條例》第十六條因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20％。若扣除后的剩余工資部分低于當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。
二、公司如果未及時支付工資該怎么辦
1、勞動者可以到當地勞動局勞動監察投訴；優點：方式簡單。缺點：各地執法力度可能不是很大；
2、可以到當地勞動局申請仲裁，要求支付工資。如果未簽訂勞動合同，還可以要求支付未簽訂勞動合同的雙倍工資。如果是以拖欠工資提出的解除勞動關系，還可以要求支付經濟補償金。優點：除了工資外，還可以主張經濟補償、雙倍工資等，并且一般都可以最終解決；缺點：申請勞動仲裁就是打勞動官司，程序稍多，需要專業人士指導。
法律依據：各省的工資支付規定。例如：
《廣東省工資支付條例》第十三條用人單位與勞動者依法終止或者解除勞動關系的，應當在終止或者解除勞動關系當日結清并一次性支付勞動者工資。
《山東省企業工資支付規定》第三十三條企業與勞動者依法解除、終止勞動合同的，企業應當在解除或者終止勞動合同時一次性支付勞動者應得的工資。
自動離職公司扣掉一個月工資是違法的行為。工資是員工對已提供的勞動獲取的勞動報酬，工作了多少天就得支付多少天的工資，不能因員工自動離職就“沒收”其尚未領取的工資。

法律客觀：

《中華人民共和國勞動合同法》第三十七條 勞動者提前三十日以書面形式通知用人單位，可以解除勞動合同。勞動者在試用期內提前三日通知用人單位，可以解除勞動合同。 《工資支付暫行規定》第九條 勞動關系雙方依法解除或終止勞動合同時，用人單位應在解除或終止勞動合同時一次付清勞動者工資。