不合法，目前國家出臺的關于停薪留職的規定的前提是員工個人申請，經企業批準后申請人才會停薪留職。《企業職工帶薪年休假實施辦法》第四條年休假天數根據職工累計工作時間確定。職工在同一或者不同用人單位工作期間，以及依照法律、行政法規或者國務院規定視同工作期間，應當計為累計工作時間。停薪留職的時間一般不超過二年。停薪留職期間，不升級，不享受各種津貼、補貼和勞保福利待遇病、殘而基本喪失勞動能力的，可按退職辦法處理。停薪留職人員在從事其他收入的工作時，原則上應按月向原單位繳納勞動保險金，其數額不低于本人原工資的20%。《公司停薪留職管理制度》
第五條員工在停薪留職期間，公司規定

需要簽約《員工停薪留職協議書》。

疫情期間公司是不可以停薪留職的，是屬于不合法的行為。根據相關部門的規定，企業要是受到疫情的影響而導致生產經營困難的，可以通過與員工協商調薪或者是縮短辦公時長，在此期間應該盡量不裁員或者是少裁員。企業對于能夠工作的員工應該要按時支付勞動合同規定的薪資，不能夠拖欠工資或者是不支付工資，要是企業在疫情期間有困難的，可以向當地政府請求一些企業補助。

法律依據：《人力資源社會保障部辦公廳關于妥善處理新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控期間勞動關系問題的通知》第二條規定，企業因受疫情影響導致生產經營困難的，可以通過與職工協商一致采取調整薪酬、輪崗輪休、縮短工時等方式穩定工作崗位，盡量不裁員或者少裁員。符合條件的企業，可按規定享受穩崗補貼。企業停工停產在一個工資支付周期內的，企業應按勞動合同規定的標準支付職工工資。超過一個工資支付周期的，若職工提供了正常勞動，企業支付給職工的工資不得低于當地最低工資標準。職工沒有提供正常勞動的，企業應當發放生活費，生活費標準按各省、自治區、直轄市規定的辦法執行。