員工擅自離職用人單位應當結清工資，但勞動者應賠償損失。勞動者擅自離職，指勞動者根據用人單位和自身情況擅自離職，而強行解除與用人單位的勞動關系的一種行為。因辭職或要求解除合同未準，擅自離職或違約出走；未說明原因不辭而別；受優厚待遇誘惑擅自“跳槽”等均屬擅自離職，屬于違法解除合同，按照規定，造成用人單位損失的，應當承擔賠償責任。
無合同員工擅自離職，用人單位正確的處理方法是：
1、查清事實，取得證據。單位對職工所犯錯誤的事實應進行深入細致的調查取證，并且對所取得的證據要嚴格審核，以保證確鑿無誤，結論材料應與本人見面，允許其申辯，如確屬于事實不符，應當糾正。
2、發出書面通知。單位可向勞動者發出書面通知(掛號信等形式)，表明員工已經有多少天無故未到崗上班，限定員工在某個時間內回單位報道，否則將按曠工處理，單位將依據規章制度某某條與其解除勞動合同。
3、解除(終止)程序。給員工下發解除(終止)勞動合同通知書，(注明解除(終止)勞動合同的事由)。
如果勞動者是普通員工且處于試用期內自離，用人單位可以要求勞動者賠償招聘費用、培訓費用；如果正式員工自離給公司造成經濟損失，用人單位可以要求賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。
如果用人單位自用工之日起超過一個月不滿一年未與勞動者訂立書面勞動合同的，應當向勞動者每月支付二倍的工資。
什么情況下自動離職有補償？
以下幾種情況下自動離職有補償：
以暴力、威脅或者非法限制人身自由的手段強迫勞動;未按照勞動合同約定支付勞動報酬或者提供勞動條件;克扣或者無故拖欠勞動者工資;拒不支付勞動者延長工作時間工資報酬;低于當地最低工資標準支付勞動者工資。
勞動部門指出，遇到上述5種情況，職工提出解除勞動合同，單位又拒付勞動報酬和補償金，職工可以在規定的時效內申請勞動仲裁，直至向法院起訴，以維護自己的合法權益。

法律依據：
《勞動合同法》第三十七條：勞動者提前三十日以書面形式通知用人單位，可以解除勞動合同。勞動者在試用期內提前三日通知用人單位，可以解除勞動合同。
第九十條：勞動者違反本法規定解除勞動合同，或者違反勞動合同中約定的保密義務或者競業限制，給用人單位造成損失的，應當承擔賠償責任。

用人單位以暴力、威脅或者非法限制人身自由的手段強迫勞動者勞動的，或者用人單位違章指揮、強令冒險作業危及勞動者人身安全的，勞動者可以立即解除勞動合同，不需事先告知用人單位。勞動者違反本法規定解除勞動合同，或者違反勞動合同中約定的保密義務或者競業限制，給用人單位造成損失的，應當承擔賠償責任。違約金的數額不得超過用人單位提供的培訓費用。用人單位要求勞動者支付的違約金不得超過服務期尚未履行部分所應分攤的培訓費用。沒有數額的涉及，筆者認為數額可以雙方進行約定，以及違約金數額的計算方法。可以參照民法中關于違約金的條款，違約金一般等于違約所造成的實際經濟損失(原先的按月補償款構成勞動者的不當得利,應計算進用人單位實際損失)，數額不應當奇大，最高不超過實際損失的120%-130%為宜。勞動者入職后離職遇到被用人單位要求賠償違約金的相關規定，可以找專業律師提供支持。在一般的情況下，員工辭職是不需要繳納違約金的，只有員工在違反了相關的規定才要對該企業進行賠償。
辭職一般不需要支付違約金。除了“用人單位為勞動者提供專項培訓費用，對其進行專業技術培訓的，可以與該勞動者訂立協議，約定服務期”和“用人單位與勞動者可以在勞動合同中約定保守用人單位的商業秘密和與知識產權相關的保密事項。
法律依據：《勞動合同法》(草案)第十六條中有如下規定：勞動者違反競業限制約定的，應當向用人單位支付違約金，其數額不得超過用人單位向勞動者支付的競業限制經濟補償的三倍。

勞動合同違約金的標準是什么？
1.《勞動合同法》關于違約金的規定:
第二十五條除本法第二十二條、第二十三條規定的情形外，用人單位不得與勞動者約定由勞動者承擔違約金。
第二十二條用人單位為勞動者提供專項培訓費用，為其提供專業技術培訓的，可以與勞動者訂立協議，約定服務期限。
勞動者違反服務期約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。違約金的金額不得超過用人單位提供的培訓費用。用人單位要求勞動者支付的違約金不得超過服務期未完成部分應分攤的培訓費用。
用人單位與勞動者約定服務期的，不影響勞動者在服務期內按照正常的工資調整機制增加報酬。
第二十三條用人單位和勞動者可以在勞動合同中約定保守用人單位的商業秘密和與知識產權有關的保密事項。
對于負有保密義務的勞動者，用人單位可以與勞動者在勞動合同或者保密協議中約定競業限制條款，約定在勞動合同解除或者終止后，在競業限制期限內每月給予勞動者經濟補償。勞動者違反競業限制約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。
二。淺析《勞動合同法》中的違約金；
實踐中，很多用人單位往往在勞動合同中給勞動者約定高額違約金，以此來“圈”住勞動者，而不是通過妥善的待遇、和諧的勞動關系來留住他們2。最常見的是，違約賠償金是為勞動合同期限的履行而規定的。因此，《勞動合同法》規定:“除本法第二十二條、第二十三條規定的情形外，用人單位不得與勞動者約定由勞動者承擔違約金”。
違約金，又稱違約金，是指合同當事人約定，當一方不履行合同時，支付給另一方的一定金額的款項。這種民事責任形式只有在合同雙方有約定或者法律有直接規定的情況下才能適用，一方不能自行約定所謂的違約金。違約金可分為補償性違約金和懲罰性違約金。
用人單位違反本條規定，與勞動者約定勞動者違反勞動合同期限的違約金責任的，該約定無效。主要從保護勞動者權益的角度出發:
第一，勞動合同及其專項協議簽訂時，用人單位與勞動者的經濟社會地位不平等，在勞動力市場上的議價能力不對稱，個體勞動關系的從屬特征。用人單位往往利用勞動者急于得到工作的心理，在合同中加入不平等條款。勞動者出于生計被迫接受，其意思自治受到用人單位事實的影響。
二是實踐中，勞動合同中很少有平等的約定用人單位提前解除勞動合同，即辭退的違約金責任。他們大多認同勞動者無論因何種原因提前解除勞動合同，無論是否造成實際經濟損失、損失多少，也無論用人單位是否提供特殊福利待遇或承擔保密義務，都應向用人單位支付大量違約金。而對于用人單位打破勞動者的職業穩定，違約金的支付往往沒有對等的約定，勞動者得不償失。明顯不公平。
第三，勞動者有勞動的自由，任何公共機構、私人組織和個人都無權強制勞動者勞動。這是現代勞動法中勞動者工作自由的原則。我國《勞動法》第三十二條也規定，用人單位不能強迫勞動，否則，勞動者有權立即辭職。第四，勞動者有依法選擇工作的權利，用人單位當然有依法保護其商業秘密等利益的權利。但是，勞動者的擇業權是其生存權，是公民的基本人權之一，在等級和效力上高于用人單位的相應權利。綜上所述，如果用人單位沒有相應的特殊對價(特殊的福利待遇和競業禁止的經濟補償以保守商業秘密)，僅僅因為合同，勞動者就必須無限制地按照勞動合同的約定向用人單位支付違約金，這是沒有法律依據的，也不符合個體勞動關系的性質和勞動法、勞動合同法作為社會法保護勞動者利益的目的，因此不具有正當性，或者至少其正當性是不足的。
之所以允許勞動合同在保守商業秘密和服務期的事項上約定違約金，是因為用人單位在這兩個事項上已經提前投入。比如用人單位為資助培訓與員工簽訂服務期條款，勞動合同對員工離職約定違約金，不是為了懲罰員工或者保證合同的履行，而是為了賠償員工離職給企業造成的損失。這種違約金約定有一定的合理性，但對于勞動者單純就勞動合同期限約定違約金，顯然不那么合理。原則上，如果雇主支付一天的工作，違約金不適用于普通工人。
有人認為企業高管不應成為勞動法傾斜保護的對象。企業高級管理人員和普通工人沒有分類適用，是我國勞動法的一大缺陷。隨著階層分化的進程，勞動者傾向于作為弱勢群體受到保護。這種不分青紅皂白的保護，產生了很多扭曲的現象。首先，一方面企業的高級管理人員代表企業與普通勞動者簽訂勞動合同，另一方面企業也要與之簽訂勞動合同。對于企業的主要管理者來說，由于他們本身就是企業的代表，所以總會出現與自己簽訂勞動合同的奇怪現象(有些居心不良的人甚至可以利用這種便利為自己獲取不道德的利益)；其次，一方面，他們被賦予重要的責任，獲得豐厚的報酬；另一方面，他們可以像普通勞動者一樣獲得相應的多倍加班費，甚至有的愿意利用有利條件制造加班事實，自己加班獲取超額利益；第三，即使其中一部分人不稱職，在與他們訂立勞動合同時也無法實現企業所期望的利益，企業也無法直接辭退他們(有些居心不良的人甚至可以通過自行辭退的方式制造被企業辭退的事實，以此來獲得高額的經濟補償)。另一方面，他們和普通勞動者一樣，享有不受限制的辭職權，而不必承擔法律責任。諸如此類的事情，不一而足。企業的高級管理人員和他們的雇主之間更加平等。因此，對于這一群體，應更多地參考用于調整平等主體之間關系的民事法律制度。
與普通勞動者相比，企業高級管理人員辭職對用人單位的影響更大。對于企業的核心員工，如高級管理人員或高級技術人員，除涉及保守商業秘密和服務期的事項外，我國勞動法并未明確規定是否允許其約定履行勞動合同的違約金。不同的地方有不同的規定。從地方立法來看，主要有三種。首先是消極立法。比如在上海，江蘇，浙江等。，這些地方的勞動合同條例明確規定，勞動者違約的違約金僅限于違反服務期約定和違反保守商業秘密或者競業限制約定兩種情況。此外，不得對勞動者的違約行為規定違約金。第二是肯定性立法。如北京、安徽、山東等。這些地方的勞動合同條例(規定)明確規定，勞動合同可以對勞動者提前解除合同或者違反勞動期限等行為約定違約金。第三種是空白立法，和勞動法一樣，沒有規定，比如吉林、河北等地。立法空白的結果就是勞動合同對違約金的約定和適用沒有限制和約束。但無論是我國勞動法還是地方立法的類型，都有一個共同點，即勞動合同中沒有因勞動者分層而對勞動者能否履行合同期及其他約定的違約金作出不同的規定。