公司無權利扣除員工基本工資。《工資支付暫行規定》規定因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20％。根據《工資支付暫行規定》第十五條：用人單位不得克扣勞動者工資。有下列情況之一的，用人單位可以代扣勞動者工資：（一）用人單位代扣代繳的個人所得稅；（二）用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用；（三）法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費。第十六條因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20％。若扣除后的剩余工資部分低于當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。

《工資支付暫行規定》第十五條用人單位不得克扣勞動者工資。有下列情況之一的，用人單位可以代扣勞動者工資：（一）用人單位代扣代繳的個人所得稅；（二）用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用；（三）法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費；（四）法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。

工資扣稅的標準如下：

1、工資范圍在5000-8000元之間的，個人所得稅為3%；

2、工資范圍在8000-17000元之間的，個人所得稅為10%；

3、工資范圍在17000-30000元之間的，個人所得稅為20%；

4、工資范圍在30000-40000元之間的，個人所得稅為25%；

5、工資范圍在40000-60000元之間的，個人所得稅為30%；

6、工資范圍在60000-85000元之間的，個人所得稅為35%；

7、工資范圍在85000元以上的，個人所得稅為45%。

一、免征個人所得稅的情形如下：

1、省級人民政府、國務院部委和中國人民解放軍軍以上單位，以及外國組織、國際組織頒發的科學、教育、技術、文化、衛生、體育、環境保護等方面的獎金；

2、國債和國家發行的金融債券利息；

3、按照國家統一規定發給的補貼、津貼；

4、福利費、撫恤金、救濟金；

5、保險賠款；

6、軍人的轉業費、復員費、退役金；

7、按照國家統一規定發給干部、職工的安家費、退職費、基本養老金或者退休費、離休費、離休生活補助費。

二、個人所得稅的稅率如下：

1、綜合所得，適用百分之三至百分之四十五的超額累進稅率；

2、經營所得，適用百分之五至百分之三十五的超額累進稅率；

3、利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得和偶然所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。

總之，工資達到五千元的起征點的，工資扣稅的標準為3%-45%，對于居民個人的綜合所得，其每一年度應當納稅的金額為其年度收入減去六萬元以及其他專項扣除等費用后的余額。居民個人從中國境外取得的所得，可以從其應納稅額中抵免已在境外繳納的個人所得稅稅額，但抵免額不得超過該納稅人境外所得依照本法規定計算的應納稅額。

工資個人所得稅扣除標準如下：

1、工資、薪金所得，適用7級超額累進稅率，按月應納稅所得額計算征稅。該稅率按個人月工資、薪金應稅所得額劃分級距，最高一級為45%，最低一級為3%，共7級；

2、個體工商戶的生產、經營所得和對企事業單位適用5級超額累進稅率。最低一級為5%，最高一級為35%，共5級。

《中華人民共和國個人所得稅法》

第三條

個人所得稅的稅率：

（一）綜合所得，適用百分之三至百分之四十五的超額累進稅率（稅率表附后）；

（二）經營所得，適用百分之五至百分之三十五的超額累進稅率（稅率表附后）；

（三）利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得和偶然所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。第五條

有下列情形之一的，可以減征個人所得稅，具體幅度和期限，由省、自治區、直轄市人民政府規定，并報同級人民代表大會常務委員會備案：

（一）殘疾、孤老人員和烈屬的所得；

（二）因自然災害遭受重大損失的。

國務院可以規定其他減稅情形，報全國人民代表大會常務委員會備案。