企業克扣員工工資由勞動行政部門責令其支付勞動者工資和經濟補償，并可責令其支付賠償金。

根據《工資支付條例》第十八條 各級勞動行政部門有權監察用人單位工資支付的情況。用人單位有下列侵害勞動者合法權益行為的，由勞動行政部門責令其支付勞動者工資和經濟補償，并可責令其支付賠償金：

（一）克扣或者無故拖欠勞動者工資的；

（二）拒不支付勞動者延長工作時間工資的；

（三）低于當地最低工資標準支付勞動者工資的。

經濟補償和賠償金的標準，按國家有關規定執行。

擴展資料：

《勞動保障監察條例》第二十六條 用人單位有下列行為之一的，由勞動保障行政部門分別責令限期支付勞動者的工資報酬、勞動者工資低于當地最低工資標準的差額或者解除勞動合同的經濟補償；逾期不支付的，責令用人單位按照應付金額50%以上1倍以下的標準計算，向勞動者加付賠償金：

（一）克扣或者無故拖欠勞動者工資報酬的；

（二）支付勞動者的工資低于當地最低工資標準的；

（三）解除勞動合同未依法給予勞動者經濟補償的。

參考資料來源：百度百科——工資支付暫行規定

及時足額支付勞動報酬是用人單位的義務，用人單位違反約定，克扣或者無故拖欠勞動者工資的，需承擔相應的責任。一、用人單位克扣或者無故拖欠勞動者工資的，以及拒不支付勞動者延長工作時間工資報酬的，勞動者可以隨時通知用人單位解除勞動合同并要求用人單位賠償。用人單位除在規定的時間內全額支付勞動者工資報酬外，還需加發相當于工資報酬百分之二十五的經濟補償金。二、用人的單位無故拖欠職工工資，勞動者可以舉報到勞動行政部門，其會承擔相應行政責任：勞動行政部門應責令用人單位支付勞動者的工資報酬、經濟補償，并可責令按相當于支付勞動者工資報酬、經濟補償總和的一至五倍支付賠償金

法律依據：

《中華人民共和國勞動法》第九十一條?用人單位有下列侵害勞動者合法權益情形之一的，由勞動行政部門責令支付勞動者的工資報酬、經濟補償，并可以責令支付賠償金：（一） 克扣或者無故拖欠勞動者工資的；（二） 拒不支付勞動者延長工作時間工資報酬的；（三） 低于當地最低工資標準支付勞動者工資的；（四） 解除勞動合同后，未依照本法規定給予勞動者經濟補償的

法律分析：用人單位拖欠員工工資需要承擔的責任是清償和支付賠償金。逾期不支付的，責令用人單位按應付金額百分之五十以上百分之一百以下的標準向勞動者加付賠償金。《勞動法》第五十條，工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。

法律依據：《中華人民共和國勞動合同法》 第三十條 用人單位應當按照勞動合同約定和國家規定，向勞動者及時足額支付勞動報酬。

用人單位拖欠或者未足額支付勞動報酬的，勞動者可以依法向當地人民法院申請支付令，人民法院應當依法發出支付令。