合法。用人單位有年休假安排權，強制安排勞動者同意休年休假不違法，用人單位可以統籌安排勞動者年休假，且并不必然需要征的勞動者的同意，能協商一致固然好，休年休假還是要考慮勞動者本人的意愿。
但若勞動者不同意公司的年休假安排，可以向公司書面提出申請不休年休假，不過，人社部在疫情期間發布文件提出與職工協商優先使用帶薪年休假、企業自設福利假等各類假，考慮到用人單位的用工成本，安排休年休假還是有具有一定的合理性的。
1、疫情期間被隔離公司以年假抵扣是不合法的，因疫情影響，用人單位延遲復工或未返崗期間等不能提供正常勞動的職工休假期間，經與職工協商，用人單位可以用職工的年休假等假期相抵工作日。如果職工用完各類假期但是仍不能提供正常勞動，用人單位可以按照國家關于停工、停產期間工資支付相關規定與職工協商：在一個工資支付周期內的，按照勞動合同規定的標準支付工資；超過一個工資支付周期的，用人單位應當按照有關規定發放生活費，江蘇省的生活費標準是不低于當地最低工資標準的80%。
2、因疫情影響，用人單位安排職工利用網上辦公、在家里辦公，視為正常上班，應依法支付工資。在疫情期間，用人單位可以根據工作需要安排職工在家里完成工作任務，職工在家里工作也是提供勞動，用人單位要按照規定支付職工工資。如果職工的工作量沒有減少，用人單位應當按照正常工資標準發放；如果職工工作量不足，用人單位可以與職工協商在家工作期間的工資標準。
3、職工因疫情防控未復工的，在此期間的工資應按照其正常工作時所能獲得的、相對固定的勞動報酬，但是不包括加班費(用人單位規定的每月定額加班費除外)、各類特殊情況下非固定發放的津貼、補貼或者獎金。
《關于做好新型冠狀病毒感染肺炎疫情防控期間穩定勞動關系支持企業復工復產的意見》
第二條
鼓勵協商解決復工前的用工問題。對因受疫情影響職工不能按期到崗或企業不能開工生產的，要指導企業主動與職工溝通，有條件的企業可安排職工通過電話、網絡等靈活的工作方式在家上班完成工作任務；對不具備遠程辦公條件的企業，與職工協商優先使用帶薪年休假、企業自設福利假等各類假。要指導企業工會積極動員職工與企業同舟共濟，在兼顧企業和勞動者雙方合法權益的基礎上，幫助企業盡可能減少受疫情影響帶來的損失。

隔離期間用年休假抵消不合理。
屬于違法行為。綜合目前的現實情況來看，如自我隔離觀察時間為14天，用人單位應當支付在此期間的工資報酬。疫情隔離期間公司是需要正常支付工資的，如果拿年休假抵扣的話是可以申請勞動仲裁請求足額支付工資的。因疫情原因用人單位放假的不可使用職工帶薪年休假、福利假、調休等抵扣假期。隔離期只是短期內限制員工外出，并非安排員工假期放假，隔離期并未排除計入年休假假期。
根據相關規定支持協商未返崗期間的工資待遇。在受疫情影響的延遲復工或未返崗期間，對用完各類休假仍不能提供正常勞動或其他不能提供正常勞動的職工，指導企業參照國家關于停工、停產期間工資支付相關規定與職工協商，在一個工資支付周期內的按照勞動合同規定的標準支付工資；超過一個工資支付周期的按有關規定發放生活費。
《關于做好新型冠狀病毒感染肺炎疫情防控期間穩定勞動關系支持企業復工復產的意見》第二條 靈活處理疫情防控期間的勞動用工問題
（一）鼓勵協商解決復工前的用工問題。對因受疫情影響職工不能按期到崗或企業不能開工生產的，要指導企業主動與職工溝通，有條件的企業可安排職工通過電話、網絡等靈活的工作方式在家上班完成工作任務；對不具備遠程辦公條件的企業，與職工協商優先使用帶薪年休假、企業自設福利假等各類假。要指導企業工會積極動員職工與企業同舟共濟，在兼顧企業和勞動者雙方合法權益的基礎上，幫助企業盡可能減少受疫情影響帶來的損失。
（二）鼓勵靈活安排工作時間。在疫情防控期間，為減少人員聚集，要鼓勵符合規定的復工企業實施靈活用工措施，與職工協商采取錯時上下班、彈性上下班等方式靈活安排工作時間。對承擔政府疫情防控保障任務需要緊急加班的企業，在保障勞動者身體健康和勞動安全的前提下，指導企業與工會和職工協商，可適當延長工作時間應對緊急生產任務，依法不受延長工作時間的限制。
（三）指導規范用工管理。在疫情防控期間，要指導企業全面了解職工被實施隔離措施或政府采取的緊急措施情況，要求企業不得在此期間解除受相關措施影響不能提供正常勞動職工的勞動合同或退回被派遣勞動者。對符合規定的復工企業，要指導企業提供必要的防疫保護和勞動保護措施，落實消毒、通風、清潔等防疫防控要求，配備體溫檢測設備，引導職工嚴格遵守疫情防控各項制度規定，自覺按照科學指引做好自身安全防護，并做好積極動員職工返崗工作。對不愿復工的職工，要指導企業工會及時宣講疫情防控政策要求和企業復工的重要性，主動勸導職工及時返崗。對經勸導無效或以其他非正當理由拒絕返崗的，指導企業依法予以處理。鼓勵企業積極探索穩定勞動關系的途徑和方法，盡量少裁員或不裁員；對采取相應措施后仍需要裁員的企業，要指導企業制定裁員方案，依法履行相關程序，妥善處理勞動關系，維護企業正常生產經營秩序。