不同的合作醫療項目有不同的報銷方式，具體如下： 1、門診報銷： 開通農村醫療保險卡后，直接在指定醫療單位收費處刷卡，報銷比例，所報銷的費用直接在收費單上顯示。 2、住院報銷： 直接出具農村醫保卡，交上押金并辦理入院手續，在參保人員出院時，報銷費用直接產生后扣除，結帳出院。 3、大病補助： 在住院時產生的高費用，可以申請大病補助，提出申請，到民辦處拿表填寫資料，開出證明后，帶身份證，戶口本，農村醫保卡等復印件到民辦處，審核后直接打入參保人醫保卡。 4、意外傷害： 意外流產住院，在有準生證的出院后，可以在農村醫療保險指定的醫療單位用醫療保險卡直接刷卡，還沒有辦理的需及時補辦準生證，去鎮上醫療合作社提交醫院單位的病歷證明，收據，并提交醫療保險卡復印件，工作人員審核后15個工作日會打入參保人員的醫保卡里。 5、異地醫療： 異地工作人員也能享受直接刷卡，如果異地就診需本地醫療單位開具轉診證明，異地出院后須提交轉診證明，病歷證明，出院收費單，身份證，戶口本，農村醫療保險卡等有效證明到本地醫療合作社辦理。 6、特殊情況： 參保人不在農村醫療保險指定的醫療單位，或有第三方出資，兒童疫苗，美容，牙齒矯正，人流，醉酒，打架斗毆等都不在農村醫療保險范圍之內。

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新型農村合作醫療，簡稱“新農合”，是指由政府組織、引導、支持，農民自愿參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟制度。采取個人繳費、集體扶持和政府資助的方式籌集資金。新農村合作醫療的報銷范圍包括門診補償、住院補償和大病補償兩個部分。新農村合作醫療的報銷范圍具體包括：
1、門診補償：(1)村衛生室及村中心衛生室就診報銷60%，每次就診處方藥費限額10元，衛生院醫生臨時補液處方藥費限額50元。(2)鎮衛生院就診報銷40%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額100元。(3)二級醫院就診報銷30%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元。(4)三級醫院就診報銷20%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元。(5)中藥發票附上處方每貼限額1元。(6)鎮級合作醫療門診補償年限額5000元。
2、住院補償
(1)報銷范圍：A、藥費：輔助檢查：心腦電圖、X光透視、拍片、化驗、理療、針灸、CT、核磁共振等各項檢查費限額200元;手術費(參照國家標準，超過1000元的按1000元報銷)。B、60周歲以上老人在興塔鎮衛生院住院，治療費和護理費每天補償10元，限額200元。
(2)報銷比例：鎮衛生院報銷60%;二級醫院報銷40%;三級醫院報銷30%。
3、大病補償
(1)鎮風險基金補償：凡參加合作醫療的住院病人一次性或全年累計應報醫療費超過5000元以上分段補償，即5001-10000元補償65%，10001-18000元補償70%。鎮級合作醫療住院及尿毒癥門診血透、腫瘤門診放療和化療補償年限額1.1萬元。
新型農村合作醫療報銷程序
1、門診報銷：參加新型農村合作醫療的農民門診就醫時由定點醫療機構直接報銷。
2、區內住院：住院患者痊愈出院時，持《合作醫療證》、身份證或戶口本、出院證明、住院醫療費用金額明細清單在定點醫院即時報銷。
3、區外、市外住院費用：出院后15日內持合作醫療證、身份證或戶口本(原價及復印件)、病例復印件(加蓋經治醫院印章)、全額收費票據、診斷證明、醫藥費用清單到區新型合作醫療單位管理中心審核報銷。
4、對加入商業保險的參合農民住院，要持《合作醫療證》、戶口本或身份證、診斷證明、商業保單原件及復印件和醫院收費票據原件及復印件到區新型農村合作醫療管理中心核準后，由住院定點醫療機構報免，并為商業部門提供相關手續。