辦理停薪留職方式如下：
停薪留職的對象
停薪留職的對象，主要是企業中富余人員、企業的科技人員、技術工人以及其他職工要求到我省城鄉創辦、領辦企業特別是到鄉鎮企業、貧困地區從事科技開發、承包、興辦開發性企業的，也可以停薪留職。
停薪留手續的辦理
1、要求停薪留職的職工，應由本人提出書面申請，報所在單位批準。企業與批準停薪留職的職工應簽訂停薪留職合同，并報企業主管部門和企業所在地勞動部門備案。
合同由雙方共同商定，其內容應當包括：停薪留職的期限（不超過3年）、停薪留職期間工資和勞保福利待遇的處理、工齡計算以及雙方認為需要明確的其他事項等。
未經批準擅自離職的，所在單位按違反勞動紀律處理。
2、停薪留職職工在合同期滿后，仍回原單位復職，原單位無法安排的，可以按照省勞動局《關于進一步深化勞動制度改革，為企業安置部分富余人員的意見》處理，如果原單位并入其他單位或已撤銷的，由合并后的單位或原單位的上級主管部門安排，無法安排的，也按照省勞動局勞計字（92）第161號文件規定處理。
停薪留職期間有關問題的處理
1、工資待遇問題：在停薪留職期間停發工資、獎金和各種津貼、補貼（包括房貼）等，本人標準工資作為檔案工資保留。
2、勞保福利待遇問題：職工在停薪留職期間，不享受原單位的各種福利待遇、勞保津貼和勞動保護用品。
3、工齡計算問題：職工在停薪留職期間，應按月向原單位繳納退休養老基金、待業保險基金等，繳納的可以計算連續工齡，不繳納的不計算連續工齡。其繳納的數額（含個人繳納部分），不少于職工在停薪留職前月工資總額的25%，職工停薪留職期間或期滿后回原單位工作符合退休年齡時，由原單位辦理退休手續。
4、工傷事故處理問題：職工在停薪留職期間被聘用的，正常死亡或傷亡或發生傷亡事故，由聘用單位負責處理，造成喪失勞動能力或死亡的，其各項費用由聘用單位負責。
職工停薪留職后自謀職業的。如發生正?；蛞馔鈧鍪鹿实?，一律作為非因工處理。其撫恤費用原單位按有關規定發給。
5、職工在停薪留職合同期滿要求繼續停薪留職的，應在合同期滿前向原單位申請，經批準后續訂停薪留職合同；如在合同期滿后又未辦續訂手續的，15天內不回原單位報到的，原單位可以除名。
6、職工在停薪留職期間被司法機關送去勞動教養、被判刑的，原單位可以按辭退或開除處理。
有關停薪留職要注意什么
1、職工經企業批準停薪留職的，其在原企業的工資總額，可以由原企業留作工資儲備金使用。
2、職工在停薪留職期間要求調動工作的，原單位應當支持。如屬于企業生產、經營需要的專業技術人才，必須雙方協商，經企業同意的，主管部門或勞動部門方可辦理調動手續。
3、經批準停薪留職的職工，不得私自帶走原單位的技術資料和技術成果，對私自帶走技術資料或科研成果的，或因私自帶走技術資料和科技成果給原單位造成經濟損失的，職工和受益單位應當賠償。
4、經批準停薪留職的職工，不得私自帶走原單位的工具設備特別是精密儀器，一經發現，由原單位視情節輕重，給予行政處分或送交當地司法部門處理。
5、對批準停薪留職的職工，原單位應當幫助安置好他們的家屬生活，如住房、子女上學等，不能歧視。
6、執行停薪留職合同中發生爭議，由雙方協商解決，協商無效的，由當地勞動行政部門的仲裁機構協調處理。
7、本通知不適用于勞動合同制工人。國家機關、事業單位的工人停薪留職可參照執行。
綜上所述，經過企業批準后才能進行停薪留職，但是停薪留職的時間不能超過3年。企業與職工應該就停薪留職期間的薪水與工齡等進行協商。辦理停薪留職勞動者并沒有與企業實際接觸勞動關系，只是在一段時間內不進行工作。
【法律依據】：
《中華人民共和國工傷保險條例》
第三十三條
職工因工作遭受事故傷害或者患職業病需要暫停工作接受工傷醫療的，在停工留薪期內，原工資福利待遇不變，由所在單位按月支付。
停工留薪期一般不超過12個月。傷情嚴重或者情況特殊，經設區的市級勞動能力鑒定委員會確認，可以適當延長，但延長不得超過12個月。工傷職工評定傷殘等級后，停發原待遇，按照本章的有關規定享受傷殘待遇。工傷職工在停工留薪期滿后仍需治療的，繼續享受工傷醫療待遇。
生活不能自理的工傷職工在停工留薪期需要護理的，由所在單位負責。

對于工傷職員申請停工留薪事宜，可遵循以下程序推進：
職員應向所在單位遞交包含診治證明及病歷在內的相關資料，申請停工留薪，單位則需在規定時限內進行審查并回復結果。
若單位未予認可，職員或家屬可于有效期限內向市勞鑒委申訴。
在此過程中，職員須妥善保管各項證據，以示停工留薪之必要與期限。
此外，停工留薪期限一般不超12個月；
如病情嚴重或特殊，經市勞鑒委批準，可適當延長，但最長不超過12個月。

工傷員工申請停工留薪程序如下：首先，在工傷事件發生后，應立即告知雇主，要求其在規定期限內提交工傷申報材料；如雇主未履行此職責，您或您的家屬、工會可自行于事故發生之次日起1年內，向社保管理機構提交工傷定級請求明確。申定義獲得批準后，將向勞動能力鑒識委會遞交停工留薪期間的確立申請。停工留薪期原則上不長于12個月。倘若傷勢嚴重無法確定，或因特定原因，需由設區市勞動能力鑒識委另行確認，可延長至不超過12個月。在此期間，您享有的工資及福利待遇應維持不變，雇主需以月結方式支付該費用。