目前只有養老保險只能跨省轉移，醫療保險要等到2010年7月1日才能出臺具體的措施，建議你等到新的措施出臺后再一起辦理轉移比較好。
建議你先把深圳市的社保辦理停保，保證它不會產生欠費導致補交，然后在北京辦理北京社保后，以公司名義或個人名義都能辦理社保的轉移。
養老保險的轉移流程：
（一）參保人員在新就業地按規定建立基本養老保險關系和繳費后，由用人單位或參保人員向新參保地社保經辦機構提出基本養老保險關系轉移接續的書面申請。
（二）新參保地社保經辦機構在15個工作日內，審核轉移接續申請，對符合本辦法規定條件的，向參保人員原基本養老保險關系所在地的社保經辦機構發出同意接收函，并提供相關信息；對不符合轉移接續條件的，向申請單位或參保人員作出書面說明。
（三）原基本養老保險關系所在地社保經辦機構在接到同意接收函的15個工作日內，辦理好轉移接續的各項手續。
（四）新參保地社保經辦機構在收到參保人員原基本養老保險關系所在地社保經辦機構轉移的基本養老保險關系和資金后，應在15個工作日內辦結有關手續，并將確認情況及時通知用人單位或參保人員。

養老保險跨省轉移從2010年1月1日開始，醫療保險跨省轉移從2010年7月1日開始。但有一個前提：該員工在北京建立了社保賬戶并正常繳納，才可以在北京單位所屬的社保局提出申請，將深圳的養老保險和醫療保險轉移到北京來。

國家的政策請仔細閱讀：
45個工作日辦完

對于參保人員跨省流動就業的，轉移養老保險關系需要走三個流程，新參保地審核轉移接續申請并向原參保地發出同意接受函——原參保地辦理轉移手續——新參保地接受轉移手續和資金，三個流程走完之后即可辦妥轉移接續手續，政策規定每個流程最多15個工作日，也就是說對于參保者來說，最多45個工作日就可以將全部手續辦完。

有關負責人表示，轉移手續極大地方便了參保人，參保人只要申請即可，剩下的工作將由兩地社保部門進行對接轉移。

辦理流程

（1）參保人員在新就業地按規定建立基本養老保險關系和繳費后，由用人單位或參保人員向新參保地社保經辦機構提出基本養老保險關系轉移接續的書面申請。

（2）新參保地社保經辦機構在15個工作日內，審核轉移接續申請，對符合本辦法規定條件的，向參保人員原基本養老保險關系所在地的社保經辦機構發出同意接收函，并提供相關信息；對不符合轉移接續條件的，向申請單位或參保人員作出書面說明。

（3）原基本養老保險關系所在地社保經辦機構在接到同意接收函的15個工作日內，辦理好轉移接續的各項手續。

（4）新參保地經辦機構在收到參保人員原基本養老保險關系所在地社保經辦機構轉移的基本養老保險關系和資金后，應在15個工作日內辦結有關手續，并將確認情況及時通知用人單位或參保人員。

《暫行辦法》明確，資金轉移中，個人賬戶儲存額全部轉移。而統籌基金(即單位繳費)實行部分轉移，即以本人1998年1月1日后各年度實際繳費工資為基數，按12%的總和轉移，參保繳費不足1年的，按實際繳費月數計算轉移。

從2010年7月1日開始，流動人員跨省就業時可以轉移自己的醫保關系，個人賬戶可以跟隨轉移劃轉。

對的，需要分別向2地社保局申請才可以。

依照這個養老保險跨省轉移流程，一個正常參保人員從提出申請，到最后完成辦結，在所有材料準備到位的狀況下，最快在一周之內就可以辦理完成，最慢也不會超過45個工作日就可以完成養老保險關系的跨省轉移，而且，在辦理轉移過程中，90%的工作是由申請人轉入與轉出地社保經辦機構操作。

第一步：參保人跨省流動前到原參保地社保機構開具《基本養老保險參保繳費憑證》。

第二步：參保人持繳費憑證、戶口、身份證等到新就業地社保機構申請接續關系。

第三步：新就業地社保機構在15個工作日內審核申請人是否符合條件。

第四步：原參保地社保機構在收到《聯系函》后15個工作日內，將清理申請人的參保繳費是否有欠費并辦理養老保險基金劃轉，終止申請人在當地的參保關系，向新參保地發出《基本養老保險關系轉移接續信息表》。

最后一步：新參保地社保機構在收到《信息表》和轉移基金后15個工作日內辦結相關手續。