增值稅專用發票抵扣步驟：首先，將稅控盤插在電腦主機上，然后打開電腦，點開增值稅綜合服務平臺進行登錄，點擊要認證的月份；然后會進到發票勾選的界面，自行選好開票日期，然后點擊查詢；再勾收到的紙質需要認證的發票，勾選好后點擊下方的進行保存，勾選確認信息，點擊確定，然后提交；點擊申請統計，跳到統計界面，點擊確認，輸入密碼，勾選認證成功；然后再進入電子稅務局填寫增值稅申報表附表二填寫，數據自動帶入主表進項稅額欄次，就可以抵扣了。
增值稅專用發票是由國家稅務總局監制設計印制的，只限于增值稅一般納稅人領購使用的，既作為納稅人反映經濟活動中的重要會計憑證又是兼記銷貨方納稅義務和購貨方進項稅額的合法證明；是增值稅計算和管理中重要的決定性的合法的專用發票。
實行增值稅專用發票是增值稅改革中很關鍵的一步，它與普通發票不同，不僅具有商事憑證的作用，由于實行憑發票注明稅款扣稅，購貨方要向銷貨方支付增值稅。它具有完稅憑證的作用。更重要的是，增值稅專用發票將一個產品的最初生產到最終的消費之間各環節聯系起來，保持了稅賦的完整，體現了增值稅的作用。
對于增值稅專用發票通常有兩種稱呼，以“十萬元”為例，分為：“十萬元版”和“限十萬元版”。其中，“十萬元版”不含稅價款可超過人民幣十萬元，而“限十萬元版”不含稅價款不得超過人民幣十萬元。在日常工作中，要注意區分。

增值稅專用發票現階段主要采用勾選認證的方式進行認證抵扣，其操作流程為，
1、連接稅盤，打開發票確認平臺，輸入密碼（進入，選擇發票勾選這里，后面輸入月份，點擊查詢按鍵，這樣沒有認證過的發票都會出現。
2、對照自己手上的發票，點前面的框框就可以勾選，勾選完之后，點擊保存，在保存成功的提示框，點擊確定即可。
3、此時返回首頁，點擊確認勾選模塊，選擇“已勾選未確認”，在點擊查詢。
4、確認后會一次顯示如下圖所示的各種提示框，可以再根據顯示核對一下發票張數和發票總金額，稅額，核對無誤之后就點擊確認，若要在本月抵扣就選擇未申報當月抵扣。
5、最后確認完后，可打印出這張表格，以及導出確認明細打印出來做為原始單據入賬。
《增值稅暫行條例》第二十一條納稅人銷售貨物或者應稅勞務，應當向索取增值稅專用發票的購買方開具增值稅專用發票，并在增值稅專用發票上分別注明銷售額和銷項稅額。
屬于下列情形之一的，不得開具增值稅專用發票：
(一)向消費者個人銷售貨物或者應稅勞務的;
(二)銷售貨物或者應稅勞務適用免稅規定的;
(三)小規模納稅人銷售貨物或者應稅勞務的。

增值稅專用發票抵扣認證步驟如下：
1、在電腦上插入稅控盤；
2、在電腦網頁上搜索網站，進行認證登錄；
3、看是否登陸成功，顯示本單位的單位名稱就表示已經登錄成功，看稅款所屬期是否正確；
4、點擊發票抵扣勾選，進行抵扣認證；
5、按照抵扣聯上的信息，逐步勾選，直至本才要勾選認證的發票勾選完畢。
6、勾選完畢，進行抵扣勾選統計，生成統計數據，查看發票份數，核驗各發票稅款合計金額，審核無誤后，確認生成統計表；
7、最后打印留存。
《中華人民共和國增值稅暫行條例》
第九條 納稅人購進貨物、勞務、服務、無形資產、不動產，取得的增值稅扣稅憑證不符合法律、行政法規或者國務院稅務主管部門有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。第十條 下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：
（一）用于簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、勞務、服務、無形資產和不動產；
（二）非正常損失的購進貨物，以及相關的勞務和交通運輸服務；
（三）非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物（不包括固定資產）、勞務和交通運輸服務；
（四）國務院規定的其他項目。第十一條 小規模納稅人發生應稅銷售行為，實行按照銷售額和征收率計算應納稅額的簡易辦法，并不得抵扣進項稅額。應納稅額計算公式：
應納稅額=銷售額*征收率
小規模納稅人的標準由國務院財政、稅務主管部門規定。第十三條 小規模納稅人以外的納稅人應當向主管稅務機關辦理登記。具體登記辦法由國務院稅務主管部門制定。
小規模納稅人會計核算健全，能夠提供準確稅務資料的，可以向主管稅務機關辦理登記，不作為小規模納稅人，依照本條例有關規定計算應納稅額。

一般納稅人企業的增值稅是可以抵扣的，按照相關政策可將銷項稅用進項稅來抵扣，減輕企業的稅務壓力。符合條件的企業都可以進行抵扣，那增值稅發票的抵扣如何進行?下面我來為你解答，希望對你有所幫助。

      增值稅發票如何進行抵扣?      先認證、再申報抵扣，這樣操作了才叫抵扣。增值稅一般納稅人，按銷售計算銷售稅額，按進項計算進項稅額，差額才需要交稅。      銷項稅額很好計算，你的含稅銷售額，包含不含稅銷售額和稅額，不管是你否開具增值稅專用發票，都需要計算的。而進項稅額，即有一些限制，主要是三點:      1、是一般納稅人(小規模納稅人不允許抵扣，也就不存在進項稅額);      2、采購進項對應的貨物或勞務，是用于應稅項目的;      3、取得抵扣憑證(即增值稅專用發票或其他允許抵扣發票的抵扣聯，沒有抵扣聯是不能抵扣的)。      當取得抵扣憑證并符合抵扣條件時，需要先認證，所謂認證，就是將進項發票與稅局服務器比對，相符時就認證通過(允許抵扣)，然后在次月申報時，需要在增值稅納稅申報表上申報你一個期間認證通過的進項稅額，并從銷項稅額中抵減，抵減后的差額做為當期應納增值稅額進行申報。      增值稅是以商品生產流通環節或提供勞務的增值額為計稅依據而征收的一種稅。一般納稅人銷售或進口貨物稅率有17%和13%，提供加工、修理修配勞務稅率17%      增值稅應納稅額=當期銷項稅額-當期進項稅額      銷項稅額是指納稅人銷售貨物或應稅勞務，按照銷售額和增值稅稅率計算并向購買方收取的增值稅額.      進項稅額是指納稅人購進貨物或接受應稅勞務，所支付或負擔的增值稅額.      準予從銷項稅額中抵扣的進項稅有:      1.從銷售方取得的增值稅專用發票上注明的增值稅額。      2.從海關取得的完稅證上注明的增值稅額。      3.購進免稅農產品準予抵扣的進項稅額，按造買價和10%扣除率計算。      另外，運費發票(購固定資產的運費除外)按7%抵進項稅。購買廢舊物資做原材料的可抵10%進項稅。      不得從銷項稅額中抵扣的進項稅有:      1.購進固定資產(東北三省除外);      2.用于非應稅項目的購進貨物或應稅勞務;      3.用于免稅項目的購進貨物或應稅勞務;      4.用于集體福利或個人消費的購進貨物或應稅勞務;      5.非正常損失的購進貨物;      6.非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物或應稅勞物。      增值稅抵扣稅額      1購入免稅農產品扣除率為13%      2運輸費用扣除率為7%      3生產性一般納稅人從廢舊物資回收公司購入廢舊物資扣除率為10%      應交增值稅=當期銷項稅額—當期進項稅額      =銷項稅額—(進項稅額—進項稅額轉出)      =銷項稅額-(進項稅額—進項稅額轉出—出口退稅)—出口抵減內銷產品應納稅額      當應交增值稅額為負數時，當期進項稅額不足以抵扣的部分可結轉至下期繼續抵扣