增值稅發票綜合服務平臺只有勾選抵扣后才入賬。
1、在增值稅發票綜合服務平臺首頁選擇“抵扣勾選”—“發票抵扣勾選”，然后勾選狀態選擇“未勾選”，根據需要輸入查詢條件點擊查詢；2、選擇勾選的發票后，系統會將有效稅額轉變為可編輯狀態，系統默認的有效稅額為發票稅額，用戶可修改并輸入實際發生的有效稅額，輸入的有效稅額大于零但小于或等于發票稅額，該張發票的剩余稅額（稅額-有效稅額）不支持再次勾選；3、確認本次需要勾選的發票全部勾選完成后，點擊“提交”按鈕，在彈出的對話框核對信息，點擊確定。
增值稅是以商品（含應稅勞務）在流轉過程中產生的增值額作為計稅依據而征收的一種流轉稅。

當月已勾選發票未確認的，可以撤銷勾選，如果已經做了確認，勾選結果就不能撤回了。如果勾選保存了，但是還未確認，可以通過下面的步驟來取消：1、到“發票勾選”界面，點“更多查詢條件”。2、在“勾選狀態”里點“已勾選”，這時，已勾選未確認的發票們就出現了。3、然后將左邊的去掉保存搞定。

自發票管理系統升級到2.0后(2019.11)，對于認證或勾選的發票開始按用途進行清分傳輸，即采用掃描認證或抵扣勾選的用途為“抵扣”，采用退稅勾選的用途為出口退稅。對于用途為“出口退稅的”發票不再傳輸到審核系統。如果外貿企業把用于退稅的發票做了抵扣勾選，應按如下順序進行操作：
(1)能夠撤銷勾選或簽名確認的或能夠回退所屬期的就撤銷或回退所屬期并重新勾選退稅
(2)不能重新勾選的，可以開具紅字發票信息表并讓供貨商開具紅字發票沖減，然后重新開具發票，對于重新開具的發票做退稅勾選；
(3)如果上面2點都不能操作的，則向稅務局申請進項稅額轉出核實函。即向主管稅局稅源管理科申請進項稅額轉出核實，如果已經抵扣進項稅的應先轉岀。稅源管理科核實該發票未用于抵扣后，會將《增值稅扣稅憑證進項稅額轉出情況核實函》發送給出口退稅審核系統。企業申請退稅，稅局用該核實函進行出口退稅審核(在異地協作平臺中操作核實函，企業再申報退稅即可)