存貨余額部分應按存貨的適用稅率計算補交已抵扣的稅款，因為存貨在當初購進時其進項稅金已作了抵扣。減少了當期應交稅金，既然現存貨已經退出了企業的經營活動，所以要對先期已抵扣的進項稅進行調整。

企業依法注銷同時取消增值稅一般納稅人資格，說明企業將不再存續，此時清算應注意，企業對所有的資產包括存貨是如何處理的，如果分配給股東或投資者，則應視同銷售。

賬面庫存在注銷時由清算組作處理：對外銷售、分配給股東、抵債等，都需要確認銷售確認增值稅銷項稅額。增值稅一般納稅人注銷時，有庫存商品，該部分庫存商品已抵扣的進項稅額，不做轉出處理。

擴展資料

存貨發出的計價方法：

1、先進先出法

整體來說，能隨時計算發出存貨及結存存貨的成本，便于存貨的日常管理。

2、加權平均法

采用加權平均法時，存貨明細賬上平時只登記每批收入存貨的數量、單價和金額以及發出、結存存貨的數量。月末時，一次性計算出發出及結存存貨的金額，簡化了日常核算的工作量。

3、個別計價法

該方法的成本計算準確，符合實際情況，主要適用于容易識別、存貨品種數量不多、單位成本較高的存貨計價。

4、移動平均法

采用移動加權平均法計算發出及結存存貨的成本比較客觀，也符合永續盤存制的要求，便于存貨的日常管理和控制。

參考資料來源：百度百科-存貨

法律分析：公司注銷后清零存貨方法：

1.一般納稅人注銷或被取消輔導期一般納稅人資格,轉為小規模納稅人時,其存貨不作進項稅額轉出處理,其留抵稅額也不予以退稅.對此,有些人將其理解為一般納稅人企業注銷時存貨不作任何稅務處理.

2.一是認為企業存貨未對外銷售按征稅處理沒有法律依據,二是認為只是增值稅鏈條的暫時中斷,待存貨銷售后自然納稅.還有一種觀點認為企業注銷時,企業是最終的消費者,存貨未處理就沒有納稅義務.

3.公司在清算的過程當中,就要對存貨進行處理,同時繳清所欠稅款以及清算過程中產生的稅款.由此看來,公司在注銷的時候,如果程序合法,存貨應該是已經處理或者分配掉的,不會存在未處理的存貨的.即使以存貨作為剩余權益進行分配,存貨的所有者也應當是股東個人,而非公司本身了,存貨權屬發生了轉移.

法律依據：《企業年度檢驗辦法》 第十五條 企業登記機關對合伙企業的年檢材料主要審查下列內容：

（一）企業是否按照規定使用企業名稱，改變名稱是否按照規定辦理變更登記；

（二）企業改變經營場所是否按照規定辦理變更登記；

（三）企業變更執行合伙事務的合伙人是否按照規定辦理變更登記；

（四）經營范圍中屬于企業登記前置行政許可的經營項目的許可證件、批準文件是否被撤銷、吊銷或者有效期屆滿；企業經營活動是否在登記的經營范圍之內；

（五）企業的經營方式是否在登記的經營方式之內；

（六）合伙人的姓名及住所改變是否按照規定辦理變更登記；

（七）合伙人的出資額及出資方式改變是否按照規定辦理變更登記；

（八）設立、撤銷分支機構是否按照規定辦理變更登記。