農村醫保報銷流程為：
1、參加農村醫療保險的患者可在入院時填寫醫保入院登記表并交回收費處，(可在入院時或入院后填寫)，盡量不要在出院時才填寫，否則會增加出院結算等待時間。
2、憑出院單到收費處辦理出院清賬手續。
3、到社保(或居委)報銷(含外地醫保)，出院結賬后，憑住院發票、出院證、費用清單到社保(或居委)報銷。
其中農村醫保報銷方式可以分為以下四種類型：
1、參加了新型農村合作醫療保險的患者可憑本人有效證件、醫療卡，經確認身份后，在區內鄉鎮級普通門診定點醫療機構可直接刷卡報銷，在區內及區外市內定點醫療機構住院，出院結帳時可直接刷卡報銷。
2、在市外二級及二級以上公立醫院住院治療的參保患者，應在出院后的3個月內，由參保人或其家屬帶醫療費用原始發票、住院醫療費用匯總明細清單、出院小結、門診病歷、醫療卡、患者身份證、戶口簿、經辦人身份證到區行政服務中心新農合窗口報銷醫藥費用。
3、特殊病種門診報銷可持二級及二級以上定點醫療機構出具的病例以及相關檢查、化驗報告、醫療機構證明書等資料以及《新型農村合作醫療特殊病種門診治療審批表》向新農合業管中心提出申請，經審核批準后，其門診醫藥費用可以列入新農合基金的報銷范圍，可按照住院報銷標準以年度為單位進行報銷。
4、因意外傷害的住院患者，出院后需要提交有戶口所在村（居）簽字蓋章的意外傷害引發的原因確認證明以及醫院的病案記錄。對于無法提供有效證明及記錄的，不予受理。一旦經過新農合調查、審核之后，一旦屬實則予以報銷。如果責任是由第三方負責的，是不予報銷的。
一、門診費用報銷程序
參加新農合的農民持合作醫療證和卡在鄉、寸兩級定點醫療機構就診時，由定點醫療機構直接減免門診補償費用，門診醫療總費用減去門診補償費用剩余部分有參保農民現金結算。參保農民因患慢性病和重大疾病在省、市、區定點醫療機構門診就診時，所產生的醫療費用由參保農民的現金結算，經各鄉鎮合管辦初審后上報至區合管辦審核，審核后由戶籍所在鄉鎮衛生院錄入新農村合作醫療機構墊付資金，之后經區合管辦審批后直接劃撥到定點醫療機構新農合資金專戶。
二、住院費用報銷程序：
參保農民在市內定點醫療機構住院治療的，憑合作醫療證、卡和戶口本預交一定額度的押金后，辦理住院手續，出院時只結清自付部分，補償部分由定點醫療機構墊付。到省級新農合定點醫療機構治療的，需在相關醫院開具轉院證明。到省外公立新農合醫療機構就診必須在省級定點醫療機構開具轉院證明。
外在誤工、上學的參合人員因病住院治療或住院分娩的，應選擇當地新農合經辦機構確立的公立新農合定點醫療機構住院治療，并在住院之日起7日內委托親屬或他人，持定點醫療機構住院證明(或傳真復印件)在戶籍所在地鄉鎮衛生院辦理轉診手續，出院后20日內將診斷證明、出院證明、發票、費用清單(原件)及病理復印件提供給戶籍所在鄉鎮合管辦，并在鄉、村兩級政務公開欄公式不少于15天后符合新農合報銷規定的，由鄉鎮衛生院錄入新農合系統給予補償。
對于在市外定點醫療機構住院治療的參合患者，費用在10000元以上的必須經區和高管班與所住醫院聯系審核無誤，符合新農合報銷規定的方可公示報銷。凡是不按新農合相關規定辦理轉診轉院手續的參合患者，之后所產生的醫療費用均不予補償。
第一步：繳納新農合醫療保險費用
農村每年年末都可以交第二年的新農合醫保費用，繳費原則是：一年一交，當年繳費，當年享受。
如果繳費后，多數會發醫療本或醫療證的本子，這就是新農合醫療憑證。
第二步：準備個人資料
生病住院后需要準備好這些個人資料。個人身份證、戶口簿、新農合醫療本、以及相關醫院治療發票和費用清單。假如本人生病，可以由配偶、子女、父母出示證明代辦理。
第三步：2種報銷
新農合報銷方式有2種。其中最簡單的就是住院后，個人拿費用資料去醫院收銀窗口。一般定點醫療醫院都會有3個窗口，分別是：城鎮職工醫療、城鎮居民醫保、新農合醫保。去對應窗口能直接減免報銷，這種最方便快捷。
另一種拿著個人資料和住院費用清單，去所在地的醫療管理機構進行辦理報銷。記得把住院時的資料都帶上，省的來回多跑一趟。提供資料給工作人員，對方會審核材料是否齊全、完整。一般是10——15個工作日。
第四步：審核后領錢
如果審核通過，會通知你去。對方會給你一張表格叫《農村合作醫療住院補償登記表》，讓你在上面簽字。
法律依據
《中華人民共和國社會保險法》
第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第二十九條 參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇

1、門診報銷：
（1）村衛生室及村中心衛生室就診報銷60%，每次就診處方藥費限額10元，衛生院醫生臨時補液處方藥費限額50元。
（2）鎮衛生院就診報銷40%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額100元。
（3）二級醫院就診報銷30%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元。
（4）三級醫院就診報銷20%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元。
（5）中藥發票附上處方每貼限額1元。
（6）鎮級合作醫療門診補償年限額5000元。
2、住院報銷：
鎮衛生院報銷60%；二級醫院報銷40%；三級醫院報銷30%。
3、大病報銷：
（1）鎮風險基金補償：凡參加農村合作醫療保險的住院病人一次性或全年累計應報醫療費超過5000元以上分段補償，即5001-10000元補償65%，10001-18000元補償70%。
（2）鎮級合作醫療住院及尿毒癥門診血透、腫瘤門診放療和化療補償年限額1.1萬元。