這里以安徽省為例：
安徽省衛生廳、財政廳、民政廳皖衛農【2009】94號文件規定，自2010年1月1日起，新型農村合作醫療補償實施方案規定如下：
一、住院補償
（一）起付線和補償比例
在取得省內衛生行政部門認定的新農合定點資格并與新農合經辦機構簽訂協議的鄉鎮衛生院、縣級醫院、縣外醫院住院的可報費用的起付線及分段補償比例見下：
鄉級衛生院（或一級醫院）縣級醫院（或二級醫院）縣外醫院
（原則上指三級醫院）
最低起付線100元300元500元
起付線以上至300元35%至700元35%至1000元35%
300元以上70%700元以上65%1千至1萬元55%
1萬元以上65%
注：“國家基本藥物”費用的補償比例比《新農合藥品目錄》內的藥品費用的補償比例再提高8個百分點
上述說明：
1.多次住院，分次計算起付線，起付線以下費用個人自付。對重點優撫對象、五保戶、低保戶對象不設起付線。
2.參合農民在縣外（省內）非協議的定點醫療機構住院，上述中的補償比例下調5個百分點；在省內非定點或被暫停、停止、取消定點資格的醫療機構住院的醫藥費用原則上不予補償。
（二）大病保底補償
費用段5萬元以下部分5~10萬元段10萬元以上部分
保底補償比例30%40%50%
二、注意事項
(一)有責任的各種意外傷害（如：交通肇事導致的他傷和自傷、刀槍傷、搏斗傷、在工廠（場）或工地作業時負傷等等），新農合基金不應給予補償。對無法判定有無責任的意外傷害，其住院醫藥費用回縣級新農合機構報銷。
（二）既參加新農合又參加了商業保險的農民住院可以憑住院醫藥費用發票和醫院費用清單的復印件及保險公司結報單據等材料到新農合管理機構按規定辦理補償，補償待遇與未參加商業醫療保險的參合農民同等對待。對目前同時參加兩種由政府舉辦的醫療保險的農民工和在校學生，可享受兩次補償。但第二次補償在新農合部門辦理時，僅對第一次補償后的余額進行審核和結算。
（三）參合農民在縣級以上定點醫療機構住院前3日內的門診檢查費用以及住院期間到上級醫院所做的與病情相關的門診檢查費用，如符合基金支付范圍，可納入當次住院醫藥費用一并計算。必需在外地醫院檢查治療的特殊重病患者病發時（60日內），可向居住地農合醫療辦事機構提交書面申請報告。但費用報銷比例相對較低。由于各地區新型農村合作醫療政策差別，具體報銷與以上規定可能存在差異，請向居住地農合醫療管理機構咨詢。

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新農合報銷比例以門診為例。門診補償以村衛生室為例悉拿，村衛生室及村中心衛生室就診報銷60%，每次就診處方藥費限額10元，衛生院醫生臨時補液處方藥費限額50元。住院補償和大病補償相對來說可以報銷的會多一點。
新農合大病報銷比例如下：
1、門診統籌鄉、村補助比例分別提高到65%、75%。
2、一級醫療機構住院費用在400元以下者，不設起付線，
3、二級醫療機構補助比例提高到75%到80%，
4、三級醫療機構補助比例提高到55%到60%。
5、省三級醫療機構補助比例提高到55%。
6、兒童先心病等8種大病新農合補助病種定額的70%，肺癌等12種大病，新農合補助病種定額力爭達到70%。
新農合門診報銷比例如下：
1、村衛生室、衛生所報銷比例60%。
2、鎮衛生院報銷比例40%。
3、二級醫院搏小比例30%。
4、三級醫院報銷比例20%。
5、鎮級合作醫療門診報銷限額5000元/年。扮虧
法律依據：《社會保險法》第二十四條
國家廳陸神建立和完善新型農村合作醫療制度。 新型農村合作醫療的管理辦法，由國務院規定。