新型農村合作醫療報銷范圍為：參加人員在統籌期內因病在定點醫院住院診治所產生的藥費、檢查費、化驗費、手術費、治療費、護理費等符合城鎮職工醫療保險報銷范圍的部分（即有效醫藥費用）。

新型農村合作醫療基金支付設立起付標準和最高支付限額。醫院年起付標準以下的住院費用由個人自付。同一統籌期內達到起付標準的，住院兩次及兩次以上所產生的住院費用可累計報銷。超過起付標準的住院費用實行分段計算，累加報銷，每人每年累計報銷有最高限額。

門診補償標準如下：

1、村衛生室及村中心衛生室就診報銷60%，每次就診處方藥費限額10元，衛生院醫生臨時補液處方藥費限額50元；

2、鎮衛生院就診報銷40%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額100元；

3、二級醫院就診報銷30%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元；

4、三級醫院就診報銷20%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元；