合作醫療報銷主要有以下幾種方法：
1、本地醫療卡直接在辦理出院手續結賬時刷卡結算；
2、異地醫療，出院后攜帶相關證件去報銷；
3、特殊病種門診報銷，出具相關檢查報告資料以及《新農合特殊病種門診治療審批表》向新農合業管中心提出申請，經過審核批準后，其門診醫藥費用可以列入到新農合的報銷范圍內。
合作醫療，全稱新型農村合作醫療保險，是在群眾自愿互助的基礎上，依靠集體經濟，在防病治病上實行互濟互助的一種福利性質的醫療制度。新型農村合作醫療報銷范圍為：參加人員在統籌期內因病在定點醫院住院診治所產生的藥費、檢查費、化驗費、手術費、治療費、護理費等符合城鎮職工醫療保險報銷范圍的部分。新型農村合作醫療基金支付設立起付標準和最高支付限額。醫院年起付標準以下的住院費用由個人自付。同一統籌期內達到起付標準的，住院兩次及兩次以上所產生的住院費用可累計報銷。超過起付標準的住院費用實行分段計算，累加報銷，每人每年累計報銷有最高限額。新農合報銷范圍，大致包括門診補償、住院補償以及大病補償三部分。參保者出院后，將經患者本人簽字或蓋章的住院發票、出院記錄、費用清單、轉診證明及本人身份證復印件或戶籍證明繳本鄉鎮合管所，經審核后集中統一送交市農保業務管理中心。
【法律依據】
《中華人民共和國城鎮職工基本醫療保險條例》第四十四條 病人使用個人帳戶時，可以在任何一個定點醫療機構和定點藥店就醫、購藥。醫療費用按規定由統籌基金支付的，病人應當到指定的定點醫療機構就醫。

農村合作醫療的報銷流程如下：

1、帶患者身份證、兩張一寸彩色照片、新農合醫療證到縣合管辦辦理轉診備案手續；

2、攜帶患者身份證、新農合醫療證和轉診備案手續到轉診醫院就醫，辦理新農合住院手續；

3、出院后，憑患者本人身份證、新農合醫療證、病歷復印件、住院結算單、住院費用清單、轉診備案手續到合管辦報銷。

需要的材料：

1、參合住院病人身份證或者戶口簿；

2、參合住院病人合作醫療證；

3、出院證明；

4、醫藥費收據；

5、住院費用詳細清單；

6、縣市區合作醫療管理經辦機構規定需要提交的其它材料。

新農合報銷程序：

1、申請人：參合病人本人或者其配偶、父母、子女。參合病人本人不能親自辦理申請手續且沒有配偶、父母、子女的，由其兄弟、姐妹代其申請；沒有兄弟、姐妹的，由村民委員會負責人代其申請。由其代理人代理申請的，應當提交代理人的身份證復印件及與參合病人關系的證明材料；

2、受理機構：縣級以下定點醫療機構；

3、申請結果：

（1）申請報銷的參合病人身份證明材料真實、提交材料齊全的，應當場受理；

（2）對參合病人身份證明材料有疑義的，應移交合作醫療管理經辦機構核實其身份；

（3）對提交材料不齊的，應一次性書面告知需要補齊的全部材料。

法律依據：《中華人民共和國社會保險法》第二十八條

符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。