合作醫(yī)療報銷主要有以下幾種方法：
1、本地醫(yī)療卡直接在辦理出院手續(xù)結賬時刷卡結算；
2、異地醫(yī)療，出院后攜帶相關證件去報銷；
3、特殊病種門診報銷，出具相關檢查報告資料以及《新農合特殊病種門診治療審批表》向新農合業(yè)管中心提出申請，經過審核批準后，其門診醫(yī)藥費用可以列入到新農合的報銷范圍內。
合作醫(yī)療，全稱新型農村合作醫(yī)療保險，是在群眾自愿互助的基礎上，依靠集體經濟，在防病治病上實行互濟互助的一種福利性質的醫(yī)療制度。新型農村合作醫(yī)療報銷范圍為：參加人員在統(tǒng)籌期內因病在定點醫(yī)院住院診治所產生的藥費、檢查費、化驗費、手術費、治療費、護理費等符合城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險報銷范圍的部分。新型農村合作醫(yī)療基金支付設立起付標準和最高支付限額。醫(yī)院年起付標準以下的住院費用由個人自付。同一統(tǒng)籌期內達到起付標準的，住院兩次及兩次以上所產生的住院費用可累計報銷。超過起付標準的住院費用實行分段計算，累加報銷，每人每年累計報銷有最高限額。新農合報銷范圍，大致包括門診補償、住院補償以及大病補償三部分。參保者出院后，將經患者本人簽字或蓋章的住院發(fā)票、出院記錄、費用清單、轉診證明及本人身份證復印件或戶籍證明繳本鄉(xiāng)鎮(zhèn)合管所，經審核后集中統(tǒng)一送交市農保業(yè)務管理中心。
【法律依據(jù)】
《中華人民共和國城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險條例》第四十四條 病人使用個人帳戶時，可以在任何一個定點醫(yī)療機構和定點藥店就醫(yī)、購藥。醫(yī)療費用按規(guī)定由統(tǒng)籌基金支付的，病人應當?shù)街付ǖ亩c醫(yī)療機構就醫(yī)。

農村合作醫(yī)療的報銷流程如下：

1、帶患者身份證、兩張一寸彩色照片、新農合醫(yī)療證到縣合管辦辦理轉診備案手續(xù)；

2、攜帶患者身份證、新農合醫(yī)療證和轉診備案手續(xù)到轉診醫(yī)院就醫(yī)，辦理新農合住院手續(xù)；

3、出院后，憑患者本人身份證、新農合醫(yī)療證、病歷復印件、住院結算單、住院費用清單、轉診備案手續(xù)到合管辦報銷。

需要的材料：

1、參合住院病人身份證或者戶口簿；

2、參合住院病人合作醫(yī)療證；

3、出院證明；

4、醫(yī)藥費收據(jù)；

5、住院費用詳細清單；

6、縣市區(qū)合作醫(yī)療管理經辦機構規(guī)定需要提交的其它材料。

新農合報銷程序：

1、申請人：參合病人本人或者其配偶、父母、子女。參合病人本人不能親自辦理申請手續(xù)且沒有配偶、父母、子女的，由其兄弟、姐妹代其申請；沒有兄弟、姐妹的，由村民委員會負責人代其申請。由其代理人代理申請的，應當提交代理人的身份證復印件及與參合病人關系的證明材料；

2、受理機構：縣級以下定點醫(yī)療機構；

3、申請結果：

（1）申請報銷的參合病人身份證明材料真實、提交材料齊全的，應當場受理；

（2）對參合病人身份證明材料有疑義的，應移交合作醫(yī)療管理經辦機構核實其身份；

（3）對提交材料不齊的，應一次性書面告知需要補齊的全部材料。

法律依據(jù)：《中華人民共和國社會保險法》第二十八條

符合基本醫(yī)療保險藥品目錄、診療項目、醫(yī)療服務設施標準以及急診、搶救的醫(yī)療費用，按照國家規(guī)定從基本醫(yī)療保險基金中支付。