法律分析：紅字專用發票的開具流程：1.提交信息：用戶需要在增值稅開具系統中填寫有關紅字發票的相關信息，并交由當地的稅務部門進行審批審核；2.審核審批：在審核通過之后，稅務部門會將通知單號碼錄入，并通知相關用戶；3.開具發票：在以上步驟完成之后，用戶可在開票系統中開具紅字發票。開具紅字發票是由國家稅務總局辦公廳根據《中華人民共和國發票管理實施細則》三十四條開具的紅字發票。分為紅字普通發票和紅字增值稅專用發票。稅務機關為小規模納稅人代開專用發票，需要開具紅字專用發票的，按照一般納稅人開具紅字專用發票的方法處理。

法律依據：《國家稅務總局關于紅字增值稅發票開具有關問題的公告》

第一條 增值稅一般納稅人開具增值稅專用發票（以下簡稱“專用發票”）后，發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務中止等情形但不符合發票作廢條件，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓，需要開具紅字專用發票的，按以下方法處理：（一）購買方取得專用發票已用于申報抵扣的，購買方可在增值稅發票管理新系統（以下簡稱“新系統”）中填開并上傳《開具紅字增值稅專用發票信息表》（以下簡稱《信息表》，詳見附件），在填開《信息表》時不填寫相對應的藍字專用發票信息，應暫依《信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字專用發票后，與《信息表》一并作為記賬憑證。購買方取得專用發票未用于申報抵扣、但發票聯或抵扣聯無法退回的，購買方填開《信息表》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。銷售方開具專用發票尚未交付購買方，以及購買方未用于申報抵扣并將發票聯及抵扣聯退回的，銷售方可在新系統中填開并上傳《信息表》。銷售方填開《信息表》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。（二）主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的《信息表》，系統自動校驗通過后，生成帶有“紅字發票信息表編號”的《信息表》，并將信息同步至納稅人端系統中。（三）銷售方憑稅務機關系統校驗通過的《信息表》開具紅字專用發票，在新系統中以銷項負數開具。紅字專用發票應與《信息表》一一對應。（四）納稅人也可憑《信息表》電子信息或紙質資料到稅務機關對《信息表》內容進行系統校驗。

第二條 稅務機關為小規模納稅人代開專用發票，需要開具紅字專用發票的，按照一般納稅人開具紅字專用發票的方法處理。