市管縣體制在實施過程中也出現了一些問題：
1.除少數大城市外，實行市管縣體制的地級市往往不具備中心城市的實力和功能，對周邊地區的輻射與帶動能力不足，不能真正發揮組織和推動區域經濟一體化發展的作用。人們把這種現象稱之為“小馬拉大車”。
2.市管縣政區范圍的劃分不盡合理。市管縣的范圍，有些是原有地區行署的轄縣，有些則是地級市政府和省政府討價還價的結果，沒有充分考慮到中心城市的輻射范圍及市縣經濟聯系的密切程度。結果，有些實力較強的中心城市管轄的縣偏少或不轄縣，而不具備中心城市實力的地級市則管轄較多的縣；經濟上很少聯系的市縣被納入一個行政區，經濟關系密切的市縣則被從行政上分隔開來，經濟區與行政區的范圍很不一致，不利于區域經濟的發展。
3.某些地級市的市區范圍偏小或市縣同城(地級市與其轄縣同處于一個城市連續建成區中)。這既限制了中心城市的發展空間，又容易導致重復建設和引發市縣矛盾。
4.市管縣體制改革不同步，政府職能沒有根本轉變，市縣關系沒有理順，有些地級市政府仍然用計劃經濟體制下傳統的行政管理方式管轄下屬各縣，影響縣域經濟的正常發展。
5.地級市領導縣級市缺乏法律依據。我國憲法規定直轄市和較大的市可以領導縣，但沒有關于直轄市和較大的市可以領導縣級市的規定。

市管縣體制（又稱市領導縣體制），市管縣又稱”市領導縣”,是指以經濟比較發達的中心城市作為一級政權來管轄周邊的一部分縣、縣級市的體制。這種體制的形成是中國城鄉經濟一體化和政府管理一體化兩個過程同步進行的重要結果，是中國有一個典型的農業國逐步轉向一個工業國的重要標志。建國初期，我國市領導縣的行政區劃體制。建國初期，我國就有少數城市實行市領就有少數城市實行市領導縣體制。此后，實行市領導體制的城市逐漸增多，50年代末達到第一次高潮，60年代初開始回落并進入低潮，70年代又逐漸復蘇。從1982年開始，我國又掀起新一輪的市管縣體制改革浪潮。目前，市管縣體制已成為我國大多數地區的行政區劃體制。

20世紀80年代，盡管中國已經實行改革開放，計劃經濟向商品經濟過渡，但是計劃經濟的影響仍然相當深刻。地方政府熱衷于用行政手段來促進本地的經濟發展，這時候實行市管縣體制，主要是地方政府由此向上爭取資源，同時利用行政手段來謀求地區經濟的發展。這些行政手段的有效性就會體現為市管縣體制的有效性。市管縣體制在當時的制度背景下初步整合了行政區和經濟區之間存在的矛盾，擴大了經濟區范圍，對于促進經濟發展和城鄉協調起到了積極的作用，具體表現在:

實行市管縣，實質上就是以經濟比較發達的城市為核心，帶動周圍農村經濟的發展，逐步形成以大中城市為依托的城市經濟區。

城市是社會經濟活動即生產、交換、分配、消費比較集中的場所，是區域經濟的中心，它負有組織協調生產活動，組織物資集散和商品流通，提供綜合服務，促進輻射區內實現現代化的功能。但是，城市的中心作用并非在任何條件下都能得到充分發揮。在我國過去的計劃經濟管理體制下，城市的中心作用受到了限制。實行市管縣，是發揮中心城市作用的重要措施之一。

市管縣是我國經濟和政治體制改革的一部分，它和市場經濟的不斷壯大有直接的關系。市管縣行政體制在實踐中的積極作用集中地表現為為組建和發展城鄉經濟提供了廣闊的活動空間以及為發展商品經濟提供了外部條件。

首先，它有利于城鄉經濟的統一規劃。以往地、市分割，互相掣肘，城鄉各自的優勢得不到互補和發揮，往往出現重復建設和盲目布點。實行市管縣后，市可總攬城鄉全局，統籌和規劃“大市區”的經濟建設。

其次，它有利于促進城鄉一體化。市管縣后，地方政府可以用經濟、法規、行政等手段，對轄區的工業和農業、經濟和社會的發展實行統籌兼顧，沖破城鄉分割的壁壘，逐步實現優化組合，求得城鄉經濟和社會事業協調發展，形成工業生產、商品流通、科技信息、交通郵電、金融信貸等網絡，推動區域經濟的發展。

在市管縣之前，省縣之間準層次機構—地區行署基本上對應著每一個省級部門，除了人大和政協等機構外，大量機構與所駐市重復，人員閑置現象嚴重以江蘇為例，1953年4月，8個專署只有行政編制1633人，到1982年底時，7個地區的黨政群機關實有編制已達9379人。1983年實行市管縣體制后，取消了7個地區，增設4個地級市，地市級單位由14個減為11個，縣市級單位由68個減為64個。除南京外，其它10個市的市級黨政機關的工作單位由原來的1032個減為551個，減少幅度達47%，工作人員定編31535人，較過去減少32%。改革后，基本上達到了精減機構、減少層次、緊縮編制、提高行政效率之目的。

但是，以后國家機構和機關工作人員編制重新膨脹，這主要是改革過程中政府職能沒有得到質的轉變所致。

在過去的計劃經濟體制下，城鄉隔離狀態嚴重，城市化發展緩慢，尤其是20世紀60年代初至70年代末，基本上處于停滯階段。1978年底，全國城市化水平為17.9%，與建國初期相比僅提高了7.3個百分點。1983年實行市管縣體制后，國務院和民政部提出了內部掌握執行的設市標準和市領導縣條件，這大大加快了我國城市化的發展速度。

到2000年底，城市化水平達到36.09%，市制的發展由1978年的193個（直轄市3個、地級市98個、縣級市92個）發展到2002年的660個（直轄市4個、地級市275個、縣級市381個）。最早試點的江蘇省在市管縣體制的推動下，城市化也取得長足發展，城市化到2000年己達41.5%，市制的數量由實行市管縣體制前的7個地級市、4個縣級市發展到2002年的13個地級市、27個縣級市。城鎮人口也由1982年的957.22萬人增長到2000年的4218.22萬人，鄉村人口也由1982年的5094.89萬人下降到2000年的3086.24萬人。