市管縣體制在實(shí)施過程中也出現(xiàn)了一些問題：
1.除少數(shù)大城市外，實(shí)行市管縣體制的地級(jí)市往往不具備中心城市的實(shí)力和功能，對(duì)周邊地區(qū)的輻射與帶動(dòng)能力不足，不能真正發(fā)揮組織和推動(dòng)區(qū)域經(jīng)濟(jì)一體化發(fā)展的作用。人們把這種現(xiàn)象稱之為“小馬拉大車”。
2.市管縣政區(qū)范圍的劃分不盡合理。市管縣的范圍，有些是原有地區(qū)行署的轄縣，有些則是地級(jí)市政府和省政府討價(jià)還價(jià)的結(jié)果，沒有充分考慮到中心城市的輻射范圍及市縣經(jīng)濟(jì)聯(lián)系的密切程度。結(jié)果，有些實(shí)力較強(qiáng)的中心城市管轄的縣偏少或不轄縣，而不具備中心城市實(shí)力的地級(jí)市則管轄較多的縣；經(jīng)濟(jì)上很少聯(lián)系的市縣被納入一個(gè)行政區(qū)，經(jīng)濟(jì)關(guān)系密切的市縣則被從行政上分隔開來，經(jīng)濟(jì)區(qū)與行政區(qū)的范圍很不一致，不利于區(qū)域經(jīng)濟(jì)的發(fā)展。
3.某些地級(jí)市的市區(qū)范圍偏小或市縣同城(地級(jí)市與其轄縣同處于一個(gè)城市連續(xù)建成區(qū)中)。這既限制了中心城市的發(fā)展空間，又容易導(dǎo)致重復(fù)建設(shè)和引發(fā)市縣矛盾。
4.市管縣體制改革不同步，政府職能沒有根本轉(zhuǎn)變，市縣關(guān)系沒有理順，有些地級(jí)市政府仍然用計(jì)劃經(jīng)濟(jì)體制下傳統(tǒng)的行政管理方式管轄下屬各縣，影響縣域經(jīng)濟(jì)的正常發(fā)展。
5.地級(jí)市領(lǐng)導(dǎo)縣級(jí)市缺乏法律依據(jù)。我國(guó)憲法規(guī)定直轄市和較大的市可以領(lǐng)導(dǎo)縣，但沒有關(guān)于直轄市和較大的市可以領(lǐng)導(dǎo)縣級(jí)市的規(guī)定。

市管縣體制（又稱市領(lǐng)導(dǎo)縣體制），市管縣又稱”市領(lǐng)導(dǎo)縣”,是指以經(jīng)濟(jì)比較發(fā)達(dá)的中心城市作為一級(jí)政權(quán)來管轄周邊的一部分縣、縣級(jí)市的體制。這種體制的形成是中國(guó)城鄉(xiāng)經(jīng)濟(jì)一體化和政府管理一體化兩個(gè)過程同步進(jìn)行的重要結(jié)果，是中國(guó)有一個(gè)典型的農(nóng)業(yè)國(guó)逐步轉(zhuǎn)向一個(gè)工業(yè)國(guó)的重要標(biāo)志。建國(guó)初期，我國(guó)市領(lǐng)導(dǎo)縣的行政區(qū)劃體制。建國(guó)初期，我國(guó)就有少數(shù)城市實(shí)行市領(lǐng)就有少數(shù)城市實(shí)行市領(lǐng)導(dǎo)縣體制。此后，實(shí)行市領(lǐng)導(dǎo)體制的城市逐漸增多，50年代末達(dá)到第一次高潮，60年代初開始回落并進(jìn)入低潮，70年代又逐漸復(fù)蘇。從1982年開始，我國(guó)又掀起新一輪的市管縣體制改革浪潮。目前，市管縣體制已成為我國(guó)大多數(shù)地區(qū)的行政區(qū)劃體制。

20世紀(jì)80年代，盡管中國(guó)已經(jīng)實(shí)行改革開放，計(jì)劃經(jīng)濟(jì)向商品經(jīng)濟(jì)過渡，但是計(jì)劃經(jīng)濟(jì)的影響仍然相當(dāng)深刻。地方政府熱衷于用行政手段來促進(jìn)本地的經(jīng)濟(jì)發(fā)展，這時(shí)候?qū)嵭惺泄芸h體制，主要是地方政府由此向上爭(zhēng)取資源，同時(shí)利用行政手段來謀求地區(qū)經(jīng)濟(jì)的發(fā)展。這些行政手段的有效性就會(huì)體現(xiàn)為市管縣體制的有效性。市管縣體制在當(dāng)時(shí)的制度背景下初步整合了行政區(qū)和經(jīng)濟(jì)區(qū)之間存在的矛盾，擴(kuò)大了經(jīng)濟(jì)區(qū)范圍，對(duì)于促進(jìn)經(jīng)濟(jì)發(fā)展和城鄉(xiāng)協(xié)調(diào)起到了積極的作用，具體表現(xiàn)在:

實(shí)行市管縣，實(shí)質(zhì)上就是以經(jīng)濟(jì)比較發(fā)達(dá)的城市為核心，帶動(dòng)周圍農(nóng)村經(jīng)濟(jì)的發(fā)展，逐步形成以大中城市為依托的城市經(jīng)濟(jì)區(qū)。

城市是社會(huì)經(jīng)濟(jì)活動(dòng)即生產(chǎn)、交換、分配、消費(fèi)比較集中的場(chǎng)所，是區(qū)域經(jīng)濟(jì)的中心，它負(fù)有組織協(xié)調(diào)生產(chǎn)活動(dòng)，組織物資集散和商品流通，提供綜合服務(wù)，促進(jìn)輻射區(qū)內(nèi)實(shí)現(xiàn)現(xiàn)代化的功能。但是，城市的中心作用并非在任何條件下都能得到充分發(fā)揮。在我國(guó)過去的計(jì)劃經(jīng)濟(jì)管理體制下，城市的中心作用受到了限制。實(shí)行市管縣，是發(fā)揮中心城市作用的重要措施之一。

市管縣是我國(guó)經(jīng)濟(jì)和政治體制改革的一部分，它和市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)的不斷壯大有直接的關(guān)系。市管縣行政體制在實(shí)踐中的積極作用集中地表現(xiàn)為為組建和發(fā)展城鄉(xiāng)經(jīng)濟(jì)提供了廣闊的活動(dòng)空間以及為發(fā)展商品經(jīng)濟(jì)提供了外部條件。

首先，它有利于城鄉(xiāng)經(jīng)濟(jì)的統(tǒng)一規(guī)劃。以往地、市分割，互相掣肘，城鄉(xiāng)各自的優(yōu)勢(shì)得不到互補(bǔ)和發(fā)揮，往往出現(xiàn)重復(fù)建設(shè)和盲目布點(diǎn)。實(shí)行市管縣后，市可總攬城鄉(xiāng)全局，統(tǒng)籌和規(guī)劃“大市區(qū)”的經(jīng)濟(jì)建設(shè)。

其次，它有利于促進(jìn)城鄉(xiāng)一體化。市管縣后，地方政府可以用經(jīng)濟(jì)、法規(guī)、行政等手段，對(duì)轄區(qū)的工業(yè)和農(nóng)業(yè)、經(jīng)濟(jì)和社會(huì)的發(fā)展實(shí)行統(tǒng)籌兼顧，沖破城鄉(xiāng)分割的壁壘，逐步實(shí)現(xiàn)優(yōu)化組合，求得城鄉(xiāng)經(jīng)濟(jì)和社會(huì)事業(yè)協(xié)調(diào)發(fā)展，形成工業(yè)生產(chǎn)、商品流通、科技信息、交通郵電、金融信貸等網(wǎng)絡(luò)，推動(dòng)區(qū)域經(jīng)濟(jì)的發(fā)展。

在市管縣之前，省縣之間準(zhǔn)層次機(jī)構(gòu)—地區(qū)行署基本上對(duì)應(yīng)著每一個(gè)省級(jí)部門，除了人大和政協(xié)等機(jī)構(gòu)外，大量機(jī)構(gòu)與所駐市重復(fù)，人員閑置現(xiàn)象嚴(yán)重以江蘇為例，1953年4月，8個(gè)專署只有行政編制1633人，到1982年底時(shí)，7個(gè)地區(qū)的黨政群機(jī)關(guān)實(shí)有編制已達(dá)9379人。1983年實(shí)行市管縣體制后，取消了7個(gè)地區(qū)，增設(shè)4個(gè)地級(jí)市，地市級(jí)單位由14個(gè)減為11個(gè)，縣市級(jí)單位由68個(gè)減為64個(gè)。除南京外，其它10個(gè)市的市級(jí)黨政機(jī)關(guān)的工作單位由原來的1032個(gè)減為551個(gè)，減少幅度達(dá)47%，工作人員定編31535人，較過去減少32%。改革后，基本上達(dá)到了精減機(jī)構(gòu)、減少層次、緊縮編制、提高行政效率之目的。

但是，以后國(guó)家機(jī)構(gòu)和機(jī)關(guān)工作人員編制重新膨脹，這主要是改革過程中政府職能沒有得到質(zhì)的轉(zhuǎn)變所致。

在過去的計(jì)劃經(jīng)濟(jì)體制下，城鄉(xiāng)隔離狀態(tài)嚴(yán)重，城市化發(fā)展緩慢，尤其是20世紀(jì)60年代初至70年代末，基本上處于停滯階段。1978年底，全國(guó)城市化水平為17.9%，與建國(guó)初期相比僅提高了7.3個(gè)百分點(diǎn)。1983年實(shí)行市管縣體制后，國(guó)務(wù)院和民政部提出了內(nèi)部掌握?qǐng)?zhí)行的設(shè)市標(biāo)準(zhǔn)和市領(lǐng)導(dǎo)縣條件，這大大加快了我國(guó)城市化的發(fā)展速度。

到2000年底，城市化水平達(dá)到36.09%，市制的發(fā)展由1978年的193個(gè)（直轄市3個(gè)、地級(jí)市98個(gè)、縣級(jí)市92個(gè)）發(fā)展到2002年的660個(gè)（直轄市4個(gè)、地級(jí)市275個(gè)、縣級(jí)市381個(gè)）。最早試點(diǎn)的江蘇省在市管縣體制的推動(dòng)下，城市化也取得長(zhǎng)足發(fā)展，城市化到2000年己達(dá)41.5%，市制的數(shù)量由實(shí)行市管縣體制前的7個(gè)地級(jí)市、4個(gè)縣級(jí)市發(fā)展到2002年的13個(gè)地級(jí)市、27個(gè)縣級(jí)市。城鎮(zhèn)人口也由1982年的957.22萬人增長(zhǎng)到2000年的4218.22萬人，鄉(xiāng)村人口也由1982年的5094.89萬人下降到2000年的3086.24萬人。