土地在流轉過程中是需要依法向稅務機關繳納增值稅的，而土地增值稅清算是指按照稅法等相關土地增值稅征收政策的規定下，計算應繳納土地增值稅稅款的行為。一、土地增值稅清算的方法（一）土地增值稅的計征方式分核實征收、核定征收兩種。1、有合同、發票的“核實征稅”2、無合同發票的“核定征稅”（二）包括預征制和清算制。1、核定就是固定一個率，除非特殊情況不做清算。2、預征就是預先核定警戒增值率，最后還需清算，預征率肯定低于核定征收率。不同房型有不同的土地增值稅稅率。二、公司清算的程序（一）破產宣告破產宣告由自人民法院裁定作出之日起五日內送達債務人和管理人，自裁定作出之日起十日內通知已知債權人，并予以公告。（二）破產財產變價方案破產財產變價方案由管理人擬訂并提交債權人會議討論通過。（三）變價管理人按照債權人會議通過的或者人民法院裁定的破產財產變價方案，通過拍賣變價出售破產財產。債權人會議另有決議的除外。（四）清償破產財產依照下列順序清償，破產財產不足以清償同一順序清償要求的，按照比例分配。1、破產費用和共益債務;2、破產人所欠職工的工資和醫療、傷殘補助、撫恤費用，所欠的應當劃入職工個人賬戶的基本養老保險、基本醫療保險費用，以及法律、行政法規規定應當支付給職工的補償金。破產企業的董事、監事和高級管理人員的工資按照該企業職工的平均工資計算;3、破產人欠繳的除前項規定以外的社會保險費用和破產人所欠稅款;4、普通破產債權。（五）終結公司無財產可供分配或最后分配完結后，管理人提請人民法院裁定終結破產程序。人民法院裁定終結破產程序的，應當予以公告。管理人自破產程序終結之日起十日內，持人民法院終結破產程序的裁定，向破產人的原登記機關辦理注銷登記。三、土地增值稅清算管理規程第一章總則第一條為了加強土地增值稅征收管理，規范土地增值稅清算工作，根據《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則、《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》及其實施細則等規定，制定本規程（以下簡稱《規程》）。第二條《規程》適用于房地產開發項目土地增值稅清算工作。第三條《規程》所稱土地增值稅清算，是指納稅人在符合土地增值稅清算條件后，依照稅收法律、法規及土地增值稅有關政策規定，計算房地產開發項目應繳納的土地增值稅稅額，并填寫《土地增值稅清算申報表》，向主管稅務機關提供有關資料，辦理土地增值稅清算手續，結清該房地產項目應繳納土地增值稅稅款的行為。第四條納稅人應當如實申報應繳納的土地增值稅稅額，保證清算申報的真實性、準確性和完整性。第五條稅務機關應當為納稅人提供優質納稅服務，加強土地增值稅政策宣傳輔導。主管稅務機關應及時對納稅人清算申報的收入、扣除項目金額、增值額、增值率以及稅款計算等情況進行審核，依法征收土地增值稅。第二章前期管理第六條主管稅務機關應加強房地產開發項目的日常稅收管理，實施項目管理。主管稅務機關應從納稅人取得土地使用權開始，按項目分別建立檔案、設置臺帳，對納稅人項目立項、規劃設計、施工、預售、竣工驗收、工程結算、項目清盤等房地產開發全過程情況實行跟蹤監控，做到稅務管理與納稅人項目開發同步。第七條主管稅務機關對納稅人項目開發期間的會計核算工作應當積極關注，對納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目的，應督促納稅人根據清算要求按不同期間和不同項目合理歸集有關收入、成本、費用。第八條對納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目的，有條件的地區，主管稅務機關可結合發票管理規定，對納稅人實施項目專用票據管理措施。第三章清算受理第九條納稅人符合下列條件之一的，應進行土地增值稅的清算。（一）房地產開發項目全部竣工、完成銷售的;（二）整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的;（三）直接轉讓土地使用權的。第十條對符合以下條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算。

土地增值稅清算稅率是多少？土地增值稅是以轉讓房地產取得的收入，減除法定扣除項目金額后的增值額作為計稅依據，并按照四級超率累進稅率進行征收。土地增值稅清算征收方法：（1）增值額未超過扣除項目金額50％部分，稅率為30％；（2）增值額超過扣除項目金額50％，未超過扣除項目金額100％的部分，稅率為40％；速算扣除系數為5％；（3）增值額超過扣除項目金額100％，未超過扣除項目金額200％的部分，稅率為50％；速算扣除系數為15％；（4）增值額超過扣除項目金額200％的部分，稅率為60％；速算扣除系數為35％；（5）房地產企業建設普通住宅出售的，增值額未超過扣除金額20％的，免征土地增值稅。財法字［1995］第6號《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第十一條規定。其計算公式為：應納稅額＝增值額×適用稅率－扣除項目金額×速算扣除系數征收辦法。

法律分析：為了進一步做好土地增值稅清算工作而制定該條例。

法律依據：《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》 第一條 關于土地增值稅清算時收入確認的問題。土地增值稅清算時，已全額開具商品房銷售發票的，按照發票所載金額確認收入；未開具發票或未全額開具發票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認收入。銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，在清算前已發生補、退房款的，應在計算土地增值稅時予以調整。