疫情期間被隔離公司以年假抵扣是不合法的，因疫情影響，用人單位延遲復工或未返崗期間等不能提供正常勞動的職工休假期間，經與職工協商，用人單位可以用職工的年休假等假期相抵工作日。
一、對年休假與這些休假的關系作了明確規定：
1、第一，年休假與寒暑假。在中國，學校一直實行寒暑假制度，教職員工享受的寒暑假天數（寒假2至3周，暑假5至6周）遠遠超過條例規定的年休假天數。因此，條例規定：職工依法享受寒暑假，其休假天數多于年休假天數的，不享受當年的年休假。
2、第二，年休假與病、事假。征求意見過程中，一些部門、地方和網民提出，在保障職工年休假權利的同時，也要保證單位正常的工作秩序，對于較長時間休病假、請事假的職工，不應當再享受年休假待遇。我們經與人事部、勞動保障部、全國總工會反復研究，采納了上述意見，條例規定：職工請事假累計20天以上且單位按照規定不扣工資的，不享受當年的年休假；累計工作滿1年不滿10年的職工請病假累計2個月以上的，累計工作滿10年不滿20年的職工請病假累計3個月以上的，累計工作滿20年以上的職工請病假累計4個月以上的，不享受當年的年休假。
3、第三，年休假與探親假。征求意見過程中，一些部門、地方和網民提出，探親假與年休假是兩種功能不同的休假制度，不應互相沖抵。我們經與有關部門研究，認為這種意見有道理。
二、職工有下列情形之一的，不享受當年的年休假：
（一）職工依法享受寒暑假，其休假天數多于年休假天數的；
（二）職工請事假累計20天以上且單位按照規定不扣工資的；
（三）累計工作滿1年不滿10年的職工，請病假累計2個月以上的；
（四）累計工作滿10年不滿20年的職工，請病假累計3個月以上的；
（五）累計工作滿20年以上的職工，請病假累計4個月以上的。
三、帶薪年休假工資待遇的計算
（1）帶薪休假工資
帶薪年休假，顧名思義，在帶薪年休假期間，職工享受與正常工作期間相同的工資收入。這里比較特殊的是如何理解實行計件工資、提成工資或者其他實行績效工資制職工的正常工資。對于這些員工應當先計算其前12個月的月平均工資，其中不包含加班工資，再除以計薪日天數即21.75，才得出正常的日工資。
（2）應休未休的處理
只有在用人單位安排職工休年休假，但是職工因本人原因且書面提出不休年休假的情況下，用人單位才可以只支付職工正常工作期間的工資收入；其他情況下對職工應休未休的年休假天數，單位應當按照該職工日工資收入的300%支付年休假工資報酬。這就意味著即便用人單位經職工同意不安排年休假以及對于職工離職未休年休假的，用人單位都應按照該職工日工資收入的300%支付年休假工資報酬。
法律依據：
《職工帶薪年休假條例》
第二條
機關、團體、企業、事業單位、民辦非企業單位、有雇工的個體工商戶等單位的職工連續工作1年以上的，享受帶薪年休假（以下簡稱年休假）。單位應當保證職工享受年休假。職工在年休假期間享受與正常工作期間相同的工資收入。
第三條
職工累計工作已滿1年不滿10年的，年休假5天；已滿10年不滿20年的，年休假10天；已滿20年的，年休假15天。國家法定休假日、休息日不計入年休假的假期。