崔永元離開央視和崔永元與方舟子的爭論沒有任何關系，但是崔永元卻公然對媒體說是方舟子去央視告他的狀才導致他離開央視，且不說央視不大可能因為不相干的人告狀而開除一個著名主持人，就算開除了崔永元也不可能是方舟子去告的狀，因為方舟子既然和他交惡爭辯，就沒必要否認告狀這件事，更何況現在方舟子都公開起訴崔永元造謠誹謗了，起訴書都是在騰訊微博公開置頂的。
之前也有崔永元離開央視加入某衛視的報道，那時候崔永元和方舟子的爭執還都沒開始。可見這事純粹就是崔永元的一面之辭，或許他有被迫害妄想癥，或許他又抑郁了。總之，只有他自己知道為什么要離開央視。
目前崔永元和方舟子辯論轉基因的問題也進入白熱化階段，崔永元的微博上基本上出口成臟，造謠傳謠抹黑無所不用其極，使不少粉絲對已經證實安全的轉基因上市產品產生了懷疑甚至是恐慌；而方舟子則逐條回應，通過科普和說理來為轉基因辟謠。
雙方在爭辯期間都發生了很多精彩環節，崔永元對方舟子開始進行人身攻擊，而方舟子則指出崔永元掛在紅十字會名下的基金賬目缺失、虛報價格騙取管理費等重重問題；之后崔永元搬出著名方黑“大洋彼岸的紳士”、“獨立調查員”、著名反轉人士曹明華、水變油專家陳一文等一干人作為后援，不斷轉發他們攻擊方舟子的微博；于是方舟子公開起訴崔永元造謠誹謗，海淀法院受理并在微博上宣布公開直播庭審過程；之后崔永元接受南方周末采訪大談質疑轉基因并且推薦能治愈癌癥的有機食品，方舟子逐條批駁；最后崔永元拼湊了一篇譏諷方舟子的長文作為這次爭論里唯一一段超過三句半的微博，方舟子回應了三句半。。。。。。
詳情請關注雙方騰訊微博

崔永元畢業于北京廣播學院（現中國傳媒大學）新聞系，從這個可以看出他的學歷并不低，他只是他發表他的個人觀點而已，言語的組詞跟學歷沒多大關系

四個字：晚節不保。
崔永元總體上說，還是一個非常優秀的主持人。即使到現在，本人非常厭惡他在反轉上的喪心病狂，但每看到他曾經主持的節目，還是不得不承認他的優秀。
后期，他熱衷于公益事業，盡管有方舟子等人公布數據，展示出他在公益事業中經濟上的問題，但我還是愿意相信，他的本意是善的。
在轉基因問題上上，他幾乎站到了整個科學界的對立面，硬傷累累而從不認錯，語言惡毒中傷對手，對此，我只能把他的前期和后期割裂開來，認為他墮落了。遺憾地評一句：晚節不保。

從實話實說到轉基因再到現在的陰陽合同，充分說明了崔永元是個血性男人、有擔當的男人、正直善良的謙謙君子、憂國憂民的中國文化人。特別是轉基因事件，轉基因關崔永元什么事，但他身系百姓身系人民，擔心長此下去，此轉基因食品會影響大家的身體健康甚至是下一代的生長發育，他不顧自己是有臉面的文化人，跟方舟子對罵撕扯，最后自己出資去國外考察論證，拿出實際證據來反駁方舟子。目前的沒有更好的詞匯表達我對崔永元的贊美，但他的偉大、他的無私將永垂青史。相信所有有良心的國人都會對崔永元由衷的感謝！