(一)、犯罪主體不同
犯罪主體不同，這是職務(wù)侵占罪和貪污罪最主要、最本質(zhì)的區(qū)別。依照《中華人民共和國刑法》第九十三條和第三百八十二條的規(guī)定，我們可以看出貪污罪的主體是特殊主體，具體包括兩類人員。一類是國家工作人員：
(1)國家機(jī)關(guān)從事公務(wù)的人員;
(2)國有公司企業(yè)、事業(yè)單位、人民團(tuán)體中從事公務(wù)的人員;
(3)國家機(jī)關(guān)、國有公司、企業(yè)、事業(yè)單位委派到非國有公司、企業(yè)、事業(yè)單位、社會(huì)團(tuán)體從事公務(wù)的人員;
(4)其他依照法律從事從事公務(wù)的人員。
另一類是受國家機(jī)關(guān)、國有公司、企業(yè)、事業(yè)單位、人民團(tuán)體委托管理、經(jīng)營國有財(cái)產(chǎn)的人員。而職務(wù)侵占罪主體為特殊主體，包括公司、企業(yè)或者其他單位的人員。具體是指三種不同身份的自然人，一是股份有限公司、有限責(zé)任公司的董事、監(jiān)事，這些董事、監(jiān)事必須不具有國家工作人員身份，他們是公司的實(shí)際領(lǐng)導(dǎo)者，具有一定的職權(quán)，當(dāng)然可以成為本罪的主體。二是上述公司的人員，是指除公司董事、監(jiān)事之外的經(jīng)理、部門負(fù)責(zé)人和其他一般職員和工人。這些經(jīng)理、部門負(fù)責(zé)人以及職員也必須不具有國家工作人員身份，他們或有特定的職權(quán)，或因從事一定的工作，可以利用職權(quán)或工作之便侵占公司的財(cái)物而成為本罪的主體，三是上述公司以外企業(yè)或者其他單位的人員，是指集體性質(zhì)企業(yè)、私營企業(yè)、外商獨(dú)資企業(yè)的職工，國有企業(yè)、公司、中外合資、中外合作企業(yè)等中不具有國家工作人員身份的所有職工。
總之，貪污罪的主體就是那些在國家機(jī)關(guān)、國有公司、企事業(yè)和人民團(tuán)體中從事公務(wù)或依照法律從事公務(wù)的人員。這里我們要闡明的是國有公司為國有獨(dú)資公司、有多個(gè)國有投資主體共同出資的有限責(zé)任公司和國有企業(yè)單獨(dú)作為發(fā)起人設(shè)立的股份有限公司。國家參股、合資、合作的公司，國家控股的公司都不屬于國有公司。在確定了國家工作人員的范疇之后，職務(wù)侵占罪的主體范疇也就一目了然了：其主體就是那些從事公務(wù)的人員以外的人員，也就是在公司、企業(yè)單位從事勞務(wù)活動(dòng)的人員。
(二)、犯罪客體不同
貪污罪侵犯的客體是復(fù)雜客體，即同時(shí)侵犯了國家工作人員公務(wù)的廉潔性和公告財(cái)產(chǎn)所有權(quán)。其中，國家工作人員的職務(wù)廉潔性是本罪的主要客體。而職務(wù)侵占罪的客體是公司、企業(yè)或其他單位的財(cái)產(chǎn)所有權(quán)。“公司”是指根據(jù)《中華人民共和國公司法》成立的有限責(zé)任公司和股份有限公司?！捌髽I(yè)”，是指有限責(zé)任公司和股份有限公司以外的其他依法設(shè)立的以獲取經(jīng)濟(jì)利益為目的的組織?！捌渌麊挝弧笔侵腹?、企業(yè)以外的其他社會(huì)組織。在這里我們應(yīng)當(dāng)注意一個(gè)問題，那就是國有性質(zhì)的單位的財(cái)物同樣可以從事勞務(wù)的人員利用從事勞務(wù)的便利，非法占有國有單位財(cái)物的，只能以職務(wù)侵占罪論處。
如果僅從犯罪主體或者犯罪客體一個(gè)方面來進(jìn)行認(rèn)定，我們很難對(duì)貪污罪和職務(wù)侵占罪加以區(qū)分。貪污罪在實(shí)質(zhì)上是一種特殊的職務(wù)侵占罪，它在犯罪主體、客體范疇方面的規(guī)定要比職務(wù)侵占罪相對(duì)窄些。即具有貪污罪罪犯罪主體資格，同時(shí)又侵犯了國有公司、企業(yè)或視為國有公司、企業(yè)的公司、企業(yè)的財(cái)產(chǎn)，才構(gòu)成貪污罪;若侵犯的是非國有公司、企業(yè)財(cái)產(chǎn)，那構(gòu)成的就只能是職務(wù)侵占罪。但是，如果具備的是職務(wù)侵占罪的犯罪主體資格，那么不論他侵犯的是國有公司、企業(yè)的財(cái)產(chǎn)還是非國有公司、企業(yè)的財(cái)產(chǎn)，他都只能構(gòu)成職務(wù)侵占罪，而不會(huì)構(gòu)成貪污罪。在認(rèn)定犯罪時(shí)，應(yīng)當(dāng)將主體和客體的認(rèn)定有機(jī)地結(jié)合起來，主體的認(rèn)定是正確的不可或缺的因素。因此，貪污罪和職務(wù)侵占罪的主體與客體的正確認(rèn)定，對(duì)司法實(shí)踐具有十分重要的意義，也是區(qū)分二罪的關(guān)鍵。
(三)、構(gòu)成犯罪的數(shù)額標(biāo)準(zhǔn)和法定刑不同
職務(wù)侵占罪的數(shù)額規(guī)定高于貪污罪。根據(jù)《中華人民共和國刑法》第二百七十一條的規(guī)定，職務(wù)侵占罪所非法占有的財(cái)物必須達(dá)到“數(shù)額較大”的程度才能構(gòu)成犯罪，數(shù)額較大是指侵占公司、企業(yè)等單位財(cái)物達(dá)5000元至20000元以上的。而根據(jù)刑法第三百八十三條的規(guī)定，貪污罪一般以5000元作為追究刑事責(zé)任的數(shù)額起點(diǎn)，對(duì)不滿5000元、情節(jié)較重的，也可以追究刑事責(zé)任。
在量刑方面，根據(jù)《中華人民共和國刑法》第二百七十一條規(guī)定，犯職務(wù)侵占罪的，處5年以下有期徒刑或者拘役;數(shù)額較大的，處5年以上，可并處沒收財(cái)產(chǎn)。而根據(jù)《中華人民共和國刑法》第三百八十三條的規(guī)定，個(gè)人貪污數(shù)額在十萬元以上的，處十年以上有期徒刑或者無期徒刑，可以并處沒收財(cái)產(chǎn);情節(jié)特別嚴(yán)重的，處死刑，并處沒收財(cái)產(chǎn)。個(gè)人貪污數(shù)額在五萬元以上不滿十萬元的，處五年以上有期徒刑，可以并處沒收財(cái)產(chǎn);情節(jié)特別嚴(yán)重的，處無期徒刑，并處沒收財(cái)產(chǎn)。個(gè)人貪污數(shù)額在五千元以上不滿五萬元的，處一年以上七年以下有期徒刑;情節(jié)嚴(yán)重的，處七年以上十年以下有期徒刑。個(gè)人貪污數(shù)額在五千元以上不滿一萬元，犯罪后有悔改表現(xiàn)、積極退贓的，可以減輕處罰或者免予刑事處罰，由其所在單位或者上級(jí)主管機(jī)關(guān)給予行政處分。個(gè)人貪污數(shù)額不滿五千元，情節(jié)較重的，處二年以下有期徒刑或者拘役;情節(jié)較輕的，由其所在單位或者上級(jí)主管機(jī)關(guān)酌情給予行政處分。對(duì)多次貪污未經(jīng)處理的，按照累計(jì)貪污數(shù)額處罰。