（一）實體方面存在的問題
　　1．現場勘查、檢查取證存在的問題。
　　公安機關接到報案后，技術人員應該對犯罪現場進行勘查，并形成現場勘查筆錄，沒有現場勘查條件的應進行現場檢查，并形成現場檢查筆錄，同時對現場拍照，固定相關證據。但現狀是：第一，技術人員不重視對尋釁滋事、聚眾斗毆、盜竊以及現行案件等犯罪現場的勘驗，未進行必要的勘驗、檢查，采集有關的痕跡物證，最終導致在只有犯罪嫌疑人供述的情況下，沒有其他證據佐證，形成孤證，一旦犯罪嫌疑人翻供，無法定案。其次，技術人員只重視主體現場的勘驗，忽視關聯現場的勘驗，導致一些關鍵性的痕跡物證未能提取，無法全面證實案件的情況，使得全案證據未能形成完整的證據體系。再次，即使進行了現場勘查，但很多的現場勘查筆錄錯誤百出，甚至連案發現場在何處這樣的基本事實都不清楚；有相當一部分案件無現場照片，即使有現場照片，也無準確規范的說明；勘查筆錄與現場照片的內容不一致，造成犯罪嫌疑人供述與現場勘查過程中所獲取的證據不能形成證據鎖鏈，削弱了證據的效力。第四，技術人員在對現行案件犯罪現場進行勘驗時，現場勘查工作要有一定的持續性，但目前大部分偵查人員只注重前期的勘查工作，未能根據案情發展的需要，對現場內有關犯罪的物證、書證加以固定和提取，為案件的偵查提供有力的支撐。
　　2．訊問中存在的問題
　　首先，訊問是偵查人員和犯罪嫌疑人的斗智斗勇，是公安機關查明案件事實尤其是犯罪行為的細節的渠道之一。在訊問過程中，應結合前期偵查工作中收集的物證、書證等證據，運用一定的技巧和謀略促使犯罪嫌疑人供述犯罪事實。目前的現狀是偵查人員對書證、物證僅停留在收集、固定層面，在訊問犯罪嫌疑人的時候不能究根溯源，弄清物證的來源、用途等，沒有進行必要的查證工作，以至于案件無法定性、無法挖清余罪。
　　其次，訊問筆錄制作簡單粗糙。訊問筆錄不能詳細描述犯罪嫌疑人作案的手段、現場狀況、作案時的自然狀態、侵害對象的特征以及犯罪嫌疑人作出的有罪供述、無罪辯解等情況。有些案件的犯罪嫌疑人對作案現場的情況供述不具體，犯罪嫌疑人口供的真實性的得不到驗證，特別是指紋、足跡比對上的案件，如果做到犯罪嫌疑人的供述、受害人的陳述與現場相吻合，這對固定犯罪嫌疑人供述起著不可替代的作用；還有的案件，犯罪嫌疑人往往在主觀上有意回避，以虛構事實的行為、語言來掩蓋自己真實的目的，審訊時只有如實詳細記載犯罪嫌疑人供述，才能從中發現矛盾，揭穿犯罪嫌疑人的本質。
　　此外，訊問筆錄復制現象嚴重，導致筆錄的真實性受到質疑。犯罪嫌疑人的口供是隨著時間、空間、犯罪嫌疑人情緒及環境等因素的變化而隨時都可能發生改變；同時，隨著案情的發展，審訊人員的視角也不斷拓展，通過對每一次訊問的時間、節點、內容等細節的把握，形成客觀的審訊筆錄，不可能完全一樣。現實辦案過程中，偵查人員由于責任意識不強，為了節省時間，將犯罪嫌疑人的初次訊問筆錄進行簡單的復制粘貼，影響了筆錄的客觀性。
　　最后，盡管刑事訴訟法以及兩院三部的聯合《規定》都對刑訊逼供取得供述的證明效力予以排除，但在基層公安機關的刑事執法過程中仍存在刑訊逼供，或有刑訊逼供的嫌疑。如犯罪嫌疑人身上有傷痕，也許是犯罪嫌疑人在被抓捕、逃跑或其他意外造成受傷的特殊情況，那么偵查人員應將其受傷的原因、過程及傷情如實在訊問材料中反映，以免由此造成工作上的被動。
　　3．辨認活動中存在的問題。
　　辨認活動中的問題主要表現為：第一，缺失辯前詢問環節。辨認人對辨認對象（人、物、場所）進行辨認前，偵查人員沒有對辨認人進行詳細詢問或訊問，弄清辨認對象的具體特征以及辨認人是否具備辨認條件等情況，導致辨認筆錄的出爐真實性受到質疑。第二，主動、被動關系錯位。現場辨認應當是偵查人員應根據辨認人的陳述或供述在辨認人的引導下來到被辨認的地點，而不是在偵查人員的帶領下找到被辨認地點。現實中偵查人員顛倒了主動、被動的關系，造成有偽造證據的嫌疑。第三，不具備辨認條件。辨認人在之前的詢問或訊問中明確表示沒有去過現場或對辨認對象認識不清，偵查人員為追求補強證據刻意進行辨認，拍攝辨認照片，制作辨認筆錄。其非法取證，導致辨認結果無法與其他的證明材料相吻合，沒有辨認的意義。第四，辨認的對象有誤。對于一名辨認人辨認多名辨認對象時，應準備多組不同的辨認陪襯照片分別進行辨認，而不是采取只更換辨認對象照片，多組陪襯照片相同的方式進行辨認。否則辨認結論的可靠性將受到質疑。
　　4．證據意識缺乏
　　公安機關刑事執法的核心不在于查明誰是犯罪嫌疑人，實施了怎樣的犯罪行為，而是用證據證明誰實施了犯罪行為。因此，證據是整個偵查活動的靈魂。但基層公安機關的偵查人員在收集、調取、固定證據方面還缺乏應有的意識。主要表現為以下幾個方面：
　　一是調取證據不及時，導致證據滅失。證據保全與證據收集密切相關，及時、全面、客觀、細致地收集證據，是證據保全的基礎和前提。當前，公安機關在辦理現行案件時，錯誤地認為犯罪嫌疑人已經招供，該勘查的現場不勘查或對勘驗、檢查不細致，重視言詞證據，導致該提取的證據未提取；對案件調查取證缺乏分析研究，未及時調取必要的證據，造成證據遺漏；該扣押的不及時使用法律文書扣押，造成證據滅失或被銷毀等；收集證據不到位的問題，致使證據不能夠及時得以保全。
　　二是缺乏調取證據的意識。比如在確定犯罪嫌疑人有無逮捕的必要性時，如果犯罪嫌疑人是外來務工人員，偵查人員應查證其在犯罪地有無固定住處、有無擔保人、能否繳納保證金、是否屬于多次作案等情況；如系團伙犯罪，需說明有無同案犯在逃、取保候審有無串供的可能等情況，通過這些證據證實有無逮捕的必要性。而偵查人員沒有做必要的調查取證證明逮捕的必要性，凡是外來人員一律報捕。再如，偵查人員在所辦案件中涉及贓物時，有進行價格鑒定的意識，但提供的證明材料的證明力不足，往往只憑受害人、犯罪嫌疑人的陳述或供述就對物品進行價格鑒定。對于被害人提供不出發票的涉案物品，沒有收集足夠的證據證實物品購買的時間、價格以及成色等，為價格部門準確定價提供依據。
　　三是缺乏對偵查活動的固定意識。偵查活動的開展，一方面是發現、收集、固定證據的渠道，另一方面，對偵查活動過程本身的固定，能夠證明偵查活動的合法性、證明獲取證據的來源等，對于證明案件事實的作用不可小覷。但是有些偵查人員不重視對這方面視聽資料的收集。尤其是在辦理重大、敏感、疑難、復雜、八大類案件、團伙案件和客觀證據相對薄弱案件時，對犯罪嫌疑人的審訊一方面要注意證據間的相互印證，另一方面，對犯罪嫌疑人的有罪供述或無罪辯解要全程錄音錄像并刻盤隨案移送，對“三大刑”案件必須對訊問、現場勘查、辨認、取證過程錄音錄像。這樣有利于防止犯罪嫌疑人翻供，也能證實偵查人員獲取的證據是通過合法途徑取得。
　　（二）程序方面存在的問題
　　1．受理、立案中存在的問題
　　受案過程的問題主要反映在制作《接受刑事案件登記表》填寫上。主要表現為填寫內容不完整、不客觀以及錯誤。表中的每一項內容必須如實填寫，如缺項必須劃線，報案內容欄應填寫報警人報警的內容，而不是犯罪嫌疑人的犯罪事實。
　　立案中的問題主要有兩個方面，一是該立案的不及時立案。主要表現為輕傷害案件不能及時立案。辦案單位往往錯誤地理解輕傷害案件可以適用調解程序處理，從而導致了傷害鑒定出來后，沒有及時立為刑事案件進行偵查，該收集的證據不收集，等到犯罪嫌疑人與被害人不能達成協議，再回頭立案偵查時，有些證據已經滅失，從而導致定罪證據不足。這也是造成“大接訪”案件的主要原因。二是立案時隨意定性。雖然我們不可能要求辦案人員在立案之初就能非常準確地界定案件性質，但對于那些非常明確的區分此罪與彼罪的應該作出正確的判斷。而辦案人員出于考核人頭的需要往往把故意傷害案件定性為聚眾斗毆、尋釁滋事等，有較大的隨意性。
　　2．不履行法律審批手續
　　一是在開具法律文書時不履行審批手續。立案后，偵查人員對犯罪嫌疑人進行傳喚，實施拘傳、拘留、搜查等措施，是一項嚴肅的執法活動，應嚴格履行審批手續，不能隨便開具有關文書，否則，將會給以后的工作留下隱患。而實踐中，由于這些措施的審批權限在公安機關內部，偵查人員明知采取這些措施需要法律手續，于是身邊往往帶著空白的拘傳證、拘留證、搜查證，等到執行完畢甚至在案件提請檢察院批準逮捕或移送起訴時才補辦審批手續。先執行后審批，使審批流于形式。
　　二是采取技偵手段時，審批程序流于形式。偵查措施尤其是技術偵查手段對犯罪嫌疑人以及其他與案件有關人員的合法權益的侵害較常規措施大得多，但兩害相加取其輕，為了能夠早日偵破案件，將犯罪分子繩之于法。《中華人民共和國人民警察法》第十六條規定：公安機關因偵查犯罪的需要，根據國家有關規定，經過嚴格的批準手續，可以采取技術偵察措施。之所以這樣規定，目的在于將技術偵查對相關當事人合法權益的損害降到最低限度。在實踐中，基層公安機關沒有能力采取技術偵查手段，往往依賴于地市級公安機關技偵部門的支持。原先基層公安機關辦案，當案件重大復雜時才需要技偵部門的配合，采取技術偵查手段的案件較少；發展到如今，一旦發生案件，無論案情是否復雜，偵查人員首先想到的是上手段。這就造成技偵部門承擔的案件急劇增多，原先慎重的審批手續在這樣的繁重的壓力下已經流于形式，審批手續己簡化為填個表格而已。
　　3．執行程序不規范
　　（1）執行主體不符合要求。在訊問犯罪嫌疑人、詢問證人或進行其他偵查過程中，沒有嚴格執行雙人辦案制度，常常從材料上反映出偵查人員在同一時間段進行兩項以上的偵查活動，致使到提捕公訴階段，不能說清原因，被公訴機關認定取證不合法，影響案件的正常訴訟。
　　（2）執行的法律手續使用不規范。偵查人員在獲取言辭證據時，應嚴格履行法律手續，切忌違法非法取證。在對取保候審期間的犯罪嫌疑人進行訊問時應使用傳喚手續：對未成年人訊問時應開具未成年人犯罪嫌疑人法定代理人到場通知書：如案情需要通知有關證人到公安機關作證的，應出具詢問通知書，證人自愿到公安機關作證的，應在詢問筆錄中如實反映出來，而基層辦案人員往往忽視這些法律手續。此外，刑事傳喚、拘傳手續的使用混亂。刑事傳喚是通知犯罪嫌疑人到指定地點接受訊問的一種強制性方式，而拘傳是一種刑事強制措施。如已掌握犯罪嫌疑人犯罪事實，且犯罪嫌疑人應當逮捕，應使用拘傳手續，使用傳喚明顯不當，且造成對犯罪嫌疑人是否具有自首情節難以確定。
　　（3）執行時間存在差錯。問題主要反映在以下幾個環節：一是異地執行拘留。偵查人員在異地執行拘留時，應該取得當地公安機關的配合，將犯罪嫌疑人拘留后，根據案情的需要可以就地進行訊問，也可以將犯罪嫌疑人押回后進行訊問。無論是執行現行拘留，還是由外地公安機關協作抓捕“三逃人員”，在拘留證上都應當填寫執行時的時間，并且在執行拘留后的24小時內必須進行訊問。往往在外地帶“三逃人員”時，辦案人員會忽視在24小時內進行訊問，等把人押回時再進行訊問已超過法定時間，造成程序違法。二是訊問活動。在訊問筆錄中記載的時間與作為訊問憑證的《提訊證》、《傳喚證》反映的時間不一致。導致這一現象的原因主要偵查人員訊問犯罪嫌疑人與制作訊問筆錄沒有同步進行。三是采取強制措施超期。尤其體現在在拘留期限內的提請批捕和逮捕羈押期內的移送起訴環節。偵查人員在犯罪嫌疑人羈押于看守所后，忙于此案的進一步的偵查取證工作或其他案件的偵查，經常會忽視羈押期限，使得超期羈押成為常態。此外，刑事訴訟法規定，犯罪嫌疑人因證據不足等問題被取保候審后，不得停止偵查活動，也就是在三個月內必須進行偵查活動。有的辦案人員將犯罪嫌疑人取保候審后，“保而不偵”，一年都沒有開展工作，導致程序違法。