果樹賠償標準一般都是按照當年的苗木價，多年的按直徑，高度，寬度。不過每個地方的青苗補償標準都是不一樣的，一般每年大概300左右。果樹屬于地上附著物和青苗，征地時，在擬定征地協議之前已種植的，需要酌情給予補償；在征地方案協商簽訂以后搶種的，一律不予補償。果樹一般是按棵樹賠償的，也有按畝數補償的，品種不同、規格不同，賠償標準就不同，而國家也沒有個統一的賠償標準，通常是由各地政府參照各自情況制定一個賠償標準，要是想了解每棵果樹賠償多少錢，可以查看當地政府發布的征地補償文件。
《中華人民共和國土地管理法》
第四十七條
征收土地的，依照被征收土地的原用途給予補償；征收耕地的補償費用包括土地補償費、安置補助費以及地上附著物和青苗的補償費；其中，被征收土地上的附著物和青苗的補償標準，由省、自治區、直轄市規定。第二十六條
土地補償費歸農村集體經濟組織所有；地上附著物跟青苗補償費歸地上附著物及青苗的所有者所有。

果樹征收補償一般按照政府文件以及當年的果樹市場進行估價，當年的按照苗木價，多年的則按照直徑、高度、寬度進行估價。但是各地區的青苗補償標準都不一樣，每畝多于規定棵數的按標準計補，少于規定棵數的則按每棵樹對應的單價和實際清點棵數計補。
1、可以采用果樹主干的橫斷面面積來計算果樹產量，再根據果品的單價來計算年產值。年產值的3倍即為果樹的價值，如果全園樹體大小不一，則隨機采樣（20株以上）來計算橫截面積。用皮尺測量出樹干（距離地面20厘米左右）的周長，然后根據周長計算出橫截面積（用平方厘米表示）。在果樹價值評估時經常采用此方法。
2、另一種方法是按照幼苗期、初結果期、盛果期等果樹生長周期，每株按照一定價格大體賠償的（具體賠償標準根據樹種和省份而定）。不論采用何種方法賠償，都要經過當地果樹主管部門的評估或鑒定，一般由法院或征地部門委托鑒定才會生效。
人民法院受理公民、法人或者其他組織提起的下列訴訟：
1、對行政拘留、暫扣或者吊銷許可證和執照、責令停產停業、沒收違法所得、沒收非法財物、罰款、警告等行政處罰不服的；
2、對限制人身自由或者對財產的查封、扣押、凍結等行政強制措施和行政強制執行不服的；
3、申請行政許可，行政機關拒絕或者在法定期限內不予答復，或者對行政機關作出的有關行政許可的其他決定不服的；
4、對行政機關作出的關于確認土地、礦藏、水流、森林、山嶺、草原、荒地、灘涂、海域等自然資源的所有權或者使用權的決定不服的；
5、對征收、征用決定及其補償決定不服的；
6、申請行政機關履行保護人身權、財產權等合法權益的法定職責，行政機關拒絕履行或者不予答復的；
7、認為行政機關侵犯其經營自主權或者農村土地承包經營權、農村土地經營權的；
8、認為行政機關濫用行政權力排除或者限制競爭的；
9、認為行政機關違法集資、攤派費用或者違法要求履行其他義務的；
10、認為行政機關沒有依法支付撫恤金、最低生活保障待遇或者社會保險待遇的；
11、認為行政機關不依法履行、未按照約定履行或者違法變更、解除政府特許經營協議、土地房屋征收補償協議等協議的；
12、認為行政機關侵犯其他人身權、財產權等合法權益的。
綜上所述，基本農田種有果樹被征收之后應當給予賠償。對于征收農業用地的賠償。具體標準按照所在地的政府財務收入情況決定，同時也要對該農田的基本情況進行評估，評估之后按照實際情況給予賠償。
【法律依據】：
《中華人民共和國土地管理法》第三十三條
國家實行永久基本農田保護制度。下列耕地應當根據土地利用總體規劃劃為永久基本農田，實行嚴格保護：
（一）經國務院農業農村主管部門或者縣級以上地方人民政府批準確定的糧、棉、油、糖等重要農產品生產基地內的耕地；
（二）有良好的水利與水土保持設施的耕地，正在實施改造計劃以及可以改造的中、低產田和已建成的高標準農田；
（三）蔬菜生產基地；
（四）農業科研、教學試驗田；
（五）國務院規定應當劃為永久基本農田的其他耕地。
各省、自治區、直轄市劃定的永久基本農田一般應當占本行政區域內耕地的百分之八十以上，具體比例由國務院根據各省、自治區、直轄市耕地實際情況規定。