法院會駁回起訴。
法院審判庭會審查立案庭的立案案由是否恰當，是否需要變更。如果認為需要變更，在判決書里變更。案由的最終確定以生效判決所認定的法律關系為準，而當判決生效后，案由已經不重要了，因為訴訟案由錯誤法院判決的目的不是其原因。債權人依照規定向人民法院起訴時作出選擇后，在一審開庭以前又變更訴訟請求的，人民法院應當準許。對方當事人提出管轄權異議，經審查異議成立的，人民法院應當駁回起訴。
案由錯誤駁回起訴后，還可以按照規定的程序來申請再審處理，根據相關規定當事人對已經發生法律效力的判決、裁定，認為有錯誤的，可以向上一級人民法院申請再審;當事人一方人數眾多或者當事人雙方為公民的案件，也可以向原審人民法院申請再審。
案由錯誤駁回起訴的情況在司法實踐中是比較常見的，有關駁回起訴的決定，是需要嚴格基于實際的訴訟請求事項來進行認定和處理的。
法律依據：
《最高人民法院關于適用的解釋新刑事訴訟法司法解釋》
第二十二條
原受理案件的人民法院在收到上級人民法院改變管轄決定書、同意移送決定書或者指定其他人民法院管轄的決定書后，對公訴案件，應當書面通知同級人民檢察院，并將案卷材料退回，同時書面通知當事人；對自訴案件，應當將案卷材料移送被指定管轄的人民法院，并書面通知當事人。

律師解答：滿足一定條件可以。公訴案件立案后還滿足一定條件可以撤案。
法律規定：有下列情形之一的，不追究刑事責任，已經追究的，應當撤銷案件，或者不起訴，或者終止審理，或者宣告無罪：
1、情節顯著輕微、危害不大，不認為是犯罪的;
2、犯罪已過追訴時效期限的;
3、經特赦令免除刑罰的;
4、依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的;
5、犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
6、其他法律規定免予追究刑事責任的。