醫療事故的鑒定由設區的市級地方醫學會和省、自治區、直轄市直接管轄的縣地方醫學會負責。

根據《醫療事故處理條例》規定，衛生行政部門接到醫療機構關于重大醫療過失行為的報告或者醫療事故爭議當事人要求處理醫療事故爭議的申請后，對需要進行醫療事故技術鑒定的，應當交由負責醫療事故技術鑒定工作的醫學會組織鑒定。

《處理條例》第二十一條規定：“設區的市級地方醫學會和省、自治區、直轄市直接管轄的縣(市)地方醫學會負責組織首次醫療事故技術鑒定工作。省、自治區、直轄市地方醫學會負責組織再次鑒定工作。”第二十二條規定：“當事人對首次醫療事故技術鑒定結論不服的，可以自收到首次鑒定結論之日起15日內向醫療機構所在地衛生行政部門提出再次鑒定的申請。”醫療事故糾紛鑒定的啟動程序，有三種方式，包括：醫患雙方共同委托鑒定、衛生行政部門組織鑒定和法院指定鑒定。

在2002年《處理條例》頒布之前,我們國家處理醫療事故爭議,最主要的是《醫療事故處理辦法》,《醫療事故處理辦法》規定醫療事故技術鑒定,是由衛生行政機關來組織進行的，經過一段時期,患者意見很大。

　　患者說,衛生行政機關給醫院和患者之間的爭議做鑒定,就是父親為兒子做鑒定,因為絕大多數的醫療機構,它都是公立醫療機構,是由衛生行政機關主管下的事業單位。那么，在這種情況下，2002年的《醫療事故處理條例》將原來的衛生行政機關組織鑒定，修改成為由醫學會來組織鑒定。

　　鑒定又分首次鑒定和再次鑒定。首次鑒定是由社區的市級醫學會,以及省 自治區 直轄市所屬的縣市級的醫學會來承擔。在首次鑒定之后,如果說一方當事人不滿意這個鑒定結論 ,他不服鑒定,或者說雙方都不滿意,那么可以提出再次鑒定,再次鑒定是由省 自治區和,直轄市的醫學會來組織鑒定。在《醫療事故處理條例》中還明確規定,對于具有相當影響或者說,案情非常復雜的這種案件,可以在再次鑒定之后,由中華醫學會做出鑒定。

醫療事故鑒定的鑒定部門是醫學會。具體是：設區的市級地方醫學會和省、自治區、直轄市直接管轄的縣(市)地方醫學會負責組織首次醫療事故技術鑒定工作。省、自治區、直轄市地方醫學會負責組織再次鑒定工作。