醫(yī)療事故糾紛處理程序是：
1、確認(rèn)為醫(yī)療事故的，醫(yī)療機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)按照規(guī)定向所在地衛(wèi)生行政部門報告；
2、當(dāng)事人申請衛(wèi)生行政部門處理的，應(yīng)當(dāng)提出書面申請；
3、當(dāng)事人可以自行協(xié)商解決，也可以經(jīng)人民法院調(diào)解或者判決解決。
法律依據(jù)
《醫(yī)療事故處理?xiàng)l例》第三十七條
發(fā)生醫(yī)療事故爭議，當(dāng)事人申請衛(wèi)生行政部門處理的，應(yīng)當(dāng)提出書面申請。申請書應(yīng)當(dāng)載明申請人的基本情況、有關(guān)事實(shí)、具體請求及理由等。
當(dāng)事人自知道或者應(yīng)當(dāng)知道其身體健康受到損害之日起1年內(nèi)，可以向衛(wèi)生行政部門提出醫(yī)療事故爭議處理申請。
《醫(yī)療事故處理?xiàng)l例》第四十三條
醫(yī)療事故爭議由雙方當(dāng)事人自行協(xié)商解決的，醫(yī)療機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)自協(xié)商解決之日起7日內(nèi)向所在地衛(wèi)生行政部門作出書面報告，并附具協(xié)議書。
《醫(yī)療事故處理?xiàng)l例》第四十四條
醫(yī)療事故爭議經(jīng)人民法院調(diào)解或者判決解決的，醫(yī)療機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)自收到生效的人民法院的調(diào)解書或者判決書之日起7日內(nèi)向所在地衛(wèi)生行政部門作出書面報告，并附具調(diào)解書或者判決書。