農業合作社補貼主要由財政、農業、發改三個部門負責。一、國家補貼如何申請。省級每年根據當年扶持政策和預算資金安排情況，向設區市、直管縣農民專業合作組織主管部門（財政、農業或農工部）下達申報通知，明確申報條件、扶持內容、每縣申報個數等內容。符合申報條件的農民專業合作組織，在申報通知下達后可向縣級主管部門提出申請，縣級主管部門對材料的合規性、真實性進行審查，按照公開公平公正的原則確定縣級上報合作社名單。二、合作社申報條件。符合《中華人民共和國農民專業合作社法》設立條件，依法登記注冊2年以上；按照《農民專業合作社會計制度（試行）》（財會〔2007〕15號）的規定進行會計核算，具有比較規范的財務管理制度；具有一定的服務能力，能有效地為成員提供農業專業合作服務，成員原則上不應少于100戶。三、怎么成功申請項目。1、及時獲取項目申報通知。九大部委及其省、市相關網站上多瀏覽，及時獲取項目申報通知是項目申報成功的關鍵部分之一。2、篩選適宜項目。項目很多也很好，但是不一定合適你，要篩選適宜的項目申報。3、項目申請報告。編寫項目申請報告要結合自己切實可行，是項目申報成功的重中之重。4、按時呈報相關部門。農業部門很多、項目部門也很多，要按照項目通知要求，準時呈報給對口的部門。5、做好政府關系。現在項目資金都是待主管部門進行審核、驗收并批準后，才能獲得相應的扶持、獎勵資金，及時溝通規范運作不可少。