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關于轉讓時該企業投資成本的處理，《》第七十一回條規答定，《》第十四條所稱投資資產，是指企業對外進行權益性投資和債權性投資形成的資產。
　　企業在轉讓或者處置投資資產時，投資資產的承包成本，準予扣除。
　　投資資產按照以下方法確定成本：
　　（一）通過支付現金方式取得的投資資產，以購買價款為成本；
　　（二）通過支付現金以外的方式取得的投資資產，以該資產的公允價值和支付的相費為成本。
　　因此，上述企業在轉讓所述股權時，計稅成本應按上述規定確認，不可以將以前年度轉增資本的數額在計算股權轉讓差價時作為計稅成本予以扣除。

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股權轉讓的成本=投資成本+合理費用
發生股權轉讓時，
①股東為法人，需要交納25%企業所得版稅。如繼續權將利潤分配至股東個人（小王）賬戶，還需交納20%個人所得稅。
②股東為自然人，只需要交納20%個人所得稅。

股權轉讓所得是指股權轉讓價減除股權成本價后的差額。
股權轉讓價是指股權轉讓人就轉讓的股權所收取的包括現金、非貨幣資產或者權益等形式的金額。如被持股企業有未分配利潤或稅后提存的各項基金等，股權轉讓人隨股權一并轉讓該股東留存收益權的金額，不得從股權轉讓價中扣除。
股權成本價是指股權轉讓人投資入股時向中國居民企業實際交付的出資金額，或購買該項股權時向該股權的原轉讓人實際支付的股權轉讓金額。
計算口徑
就稅法的一般原理而言，股權轉讓與其他財產轉讓一樣，其收益的性質屬于資本利得。資本利得的計稅基礎(tax base)為轉讓財產所獲得的收入與被轉讓財產的取得成本之間的差額。 套用國家稅務總局文件的表述方式，股權轉讓所得為企業“轉讓股權投資的收入減除股權投資成本后的余額” 或者“股權轉讓價減除股權成本價后的差額” 。
但是，股權轉讓所得與其他財產轉讓所得有一個很大的不同，在于它并非單純的財產處置收益，還可能包含了“持有收益”的成分，即轉讓人在持有股權期間基于被投資企業經營活動的利潤而應享有的權益增長部分。如果被投資企業將這些新增盈利全部分配給股東，它們就成為股權持有人的股息所得。但是，企業基于法律要求以及經營需要都不會進行全額分配。未分配的盈余留存于被投資企業，就構成資產負債表中的“盈余公積金”或“未分配利潤”。對股權持有人來說，這些保留盈余通常增加了股權的內在的價值并在其處置股權時得以實現，以資本利得的形式表現出來。
依照我國現行企業所得稅法，股息性所得與財產轉讓所得的稅收待遇完全不同。股息性所得作為投資方從被投資方獲得的屬于已征收過企業所得稅的稅后利潤，原則上，內資企業對這部分所得實行稅收抵免，僅就差額稅率部分補交所得稅; 外商投資企業從其他企業分得的股利則完全免稅。 相反，財產轉讓所得需要全部并入企業的應稅所得額，依法繳納企業所得稅。對于股權轉讓所得而言，這就相當于股權轉讓所得中內含的股息部分(即持有收益)承擔了雙重稅賦。
在股息與資本利得稅負不同的情形下，稅法上如何規定股權轉讓所得的計算口徑，是否確認其中可能存在的持有收益，對于企業納稅人轉讓股權的行為，特別是轉讓時機的選擇，有直接的影響。具體來說，如果稅法不區分“持有收益”與“處置收益”，而是要求將股權轉讓價與成本價的差額全部作為應稅所得，則股權持有人將傾向于在被投資企業將留存收益全部分配之后進行股權轉讓，從而最大限度地利用股息免稅的好處。相反，如果稅法規定，股權轉讓所得中的“持有收益”部分可視為股息，則股權持有人就不會太在意被投資企業的利潤分配。因為，不論被投資企業分配與否，股權轉讓人都可以從作為計稅基礎的股權轉讓所得中，剔除對應于被投資企業留存收益部分的“持有收益”。

股權轉讓所得稅的繳納總體上可以分成兩類，一類是企業持有的股權轉讓涉及的所得稅繳納，一類是個人持有的股權轉讓涉及的所得稅繳納。

企業持有的股權轉讓涉及的所得稅繳納，根據企業所得稅法的規定，企業應當自月份或者季度終了之日起十五日內，向稅務機關報送預繳企業所得稅納稅申報表，預繳稅款。企業應當自年度終了之日起五個月內，向稅務機關報送年度企業所得稅納稅申報表，并匯算清繳，結清應繳應退稅款。所以企業應在收到股權轉讓款之后預繳稅款，并在年終進行清算匯繳。
個人持有的股權轉讓涉及的所得稅繳納，主要依據國稅總局《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》的規定。具體有：
第二章 股權轉讓收入的確認
　　第七條
股權轉讓收入是指轉讓方因股權轉讓而獲得的現金、實物、有價證券和其他形式的經濟利益。
　　第八條
轉讓方取得與股權轉讓相關的各種款項，包括違約金、補償金以及其他名目的款項、資產、權益等，均應當并入股權轉讓收入。
　　第九條
納稅人按照合同約定，在滿足約定條件后取得的后續收入，應當作為股權轉讓收入。
　　第十條
股權轉讓收入應當按照公平交易原則確定。
　　第十一條
符合下列情形之一的，主管稅務機關可以核定股權轉讓收入:
　　（一）申報的股權轉讓收入明顯偏低且無正當理由的；
　　（二）未按照規定期限辦理納稅申報，經稅務機關責令限期申報，逾期仍不申報的；
　　（三）轉讓方無法提供或拒不提供股權轉讓收入的有關資料；
　　（四）其他應核定股權轉讓收入的情形。
　　第十二條
符合下列情形之一，視為股權轉讓收入明顯偏低:
　　（一）申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產份額的。其中，被投資企業擁有土地使用權、房屋、房地產企業未銷售房產、知識產權、探礦權、采礦權、股權等資產的，申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產公允價值份額的；

　　（二）申報的股權轉讓收入低于初始投資成本或低于取得該股權所支付的價款及相關稅費的；
　　（三）申報的股權轉讓收入低于相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓收入的；
　　（四）申報的股權轉讓收入低于相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓收入的；
　　（五）不具合理性的無償讓渡股權或股份；
　　（六）主管稅務機關認定的其他情形。
　　第十三條
符合下列條件之一的股權轉讓收入明顯偏低，視為有正當理由：
　　（一）能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整，生產經營受到重大影響，導致低價轉讓股權；
　　（二）繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關系證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
　　（三）相關法律、政府文件或企業章程規定，并有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓；
　　（四）股權轉讓雙方能夠提供有效證據證明其合理性的其他合理情形。
　　第十四條
主管稅務機關應依次按照下列方法核定股權轉讓收入:
　　（一）凈資產核定法
　　股權轉讓收入按照每股凈資產或股權對應的凈資產份額核定。
　　被投資企業的土地使用權、房屋、房地產企業未銷售房產、知識產權、探礦權、采礦權、股權等資產占企業總資產比例超過20%的，主管稅務機關可參照納稅人提供的具有法定資質的中介機構出具的資產評估報告核定股權轉讓收入。
　　6個月內再次發生股權轉讓且被投資企業凈資產未發生重大變化的，主管稅務機關可參照上一次股權轉讓時被投資企業的資產評估報告核定此次股權轉讓收入。
　　（二）類比法
　　1.參照相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓收入核定；
　　2.參照相同或類似條件下同類行業企業股權轉讓收入核定。
　　（三）其他合理方法
　　主管稅務機關采用以上方法核定股權轉讓收入存在困難的，可以采取其他合理方法核定。
第三章 股權原值的確認
　　第十五條　個人轉讓股權的原值依照以下方法確認：

　　（一）以現金出資方式取得的股權，按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值；
　　（二）以非貨幣性資產出資方式取得的股權，按照稅務機關認可或核定的投資入股時非貨幣性資產價格與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值；
　　（三）通過無償讓渡方式取得股權，具備本辦法第十三條第二項所列情形的，按取得股權發生的合理稅費與原持有人的股權原值之和確認股權原值；

　　（四）被投資企業以資本公積、盈余公積、未分配利潤轉增股本，個人股東已依法繳納個人所得稅的，以轉增額和相關稅費之和確認其新轉增股本的股權原值；
　　（五）除以上情形外，由主管稅務機關按照避免重復征收個人所得稅的原則合理確認股權原值。
　　第十六條
股權轉讓人已被主管稅務機關核定股權轉讓收入并依法征收個人所得稅的，該股權受讓人的股權原值以取得股權時發生的合理稅費與股權轉讓人被主管稅務機關核定的股權轉讓收入之和確認。

　　第十七條
個人轉讓股權未提供完整、準確的股權原值憑證，不能正確計算股權原值的，由主管稅務機關核定其股權原值。
　　第十八條
對個人多次取得同一被投資企業股權的，轉讓部分股權時，采用“加權平均法”確定其股權原值。

納稅申報的時間：
第二十條
具有下列情形之一的，扣繳義務人、納稅人應當依法在次月15日內向主管稅務機關申報納稅：
　　（一）受讓方已支付或部分支付股權轉讓價款的；
　　（二）股權轉讓協議已簽訂生效的；
　　（三）受讓方已經實際履行股東職責或者享受股東權益的；
　　（四）國家有關部門判決、登記或公告生效的；
　　（五）本辦法第三條第四至第七項行為已完成的；
　　（六）稅務機關認定的其他有證據表明股權已發生轉移的情形

【問的企業股權全部轉讓，該股東最初是以港幣投資，中間用分得的稅后利潤增加了投資，現在轉讓股權時如何確定其股權轉讓所得？ 【解答】 《國家稅務總局關于加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函[2009]698號）規定，股權轉讓所得是指股權轉讓價減除股權成本價后的差額。 股權轉讓價是指股權轉讓人就轉讓的股權所收取的包括現金、非貨幣資產或者權益等形式的金額。如被持股企業有未分配利潤或稅后提存的各項基金等，股權轉讓人隨股權一并轉讓該股東留存收益權的金額，不得從股權轉讓價中扣除。股權成本價是指股權轉讓人投資入股時向中國居民企業實際交付的出資金額，或購買該項股權時向該股權的原轉讓人實際支付的股權轉讓金額。 在計算股權轉讓所得時，以非居民企業向被轉讓股權的中國居民企業投資時或向原投資方購買該股權時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價。如果同一非居民企業存在多次投資的，以首次投入資本時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價，以加權平均法計算股權成本價。多次投資時幣種不一致的，則應按照每次投入資本當日的匯率換算成首次投資時的幣種。

根據《國家得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函〔2010〕79號）規定“三、關于股權轉讓所得確認和計算問題企業轉讓股權收入，應于轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本后，為股權轉讓所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。”