掛靠單位能否與發包方進行結算，要看施工合同的雙方簽字蓋章是誰。如果是掛靠單位與發包方簽訂的合同，掛靠單位與發包方進行結算就是合法有效的。實際施工人可以向掛靠單位主張工程款，如果掛靠單位不支付，實際施工人可以起訴。

分別為：第二十五條 “因建設工程質量發生爭議的，發包人可以以總承包人、分包人和實際施工人為共同被告提起訴訟。”和第二十六條 “實際施工人以轉包人、違法分包人為被告起訴的，人民法院應當依法受理。實際施工人以發包人為被告主張權利的，人民法院可以追加轉包人或者違法分包人為本案當事人。發包人只在欠付工程價款范圍內對實際施工人承擔責任。”當前，我國建筑市場的運作存在大量不規范之處，其中非法轉包、違法分包現象尤為嚴重，許多承包人取得工程之后并不進行施工，而是將工程再次轉包或違法分包。由于這些承包人已經獲得了相當數額的管理費，工程完工后他們往往不積極向發包人主張工程款。《解釋》出臺之前，法律未對實際施工人問題作出規定，大量實際完成了工程施工的建筑企業和施工隊因為與發包人沒有合同關系，無法直接向發包人索要工程款，也因此無力向農民工支付工資。這一問題引起了各級政府和社會各界的強烈關注。為有效保護農民工的合法權益，《解釋》第二十六條突破合同相對性原則，規定實際施工人可以將發包人作為被告，發包人在欠付工程款范圍內承擔責任。這一規定的出臺，為實際施工人向發包人主張權利提供了法律依據，審判實踐中，各地法院依據《解釋》第二十六第二款判決發包人對轉包人、違法分包人欠付實際施工人的工程款承擔責任的案例不在少數。但是，是否所有參與了工程施工的主體都可以適用《解釋》第二十六第二款向發包人主張權利呢？要解決這一問題，首先要明確《解釋》第二十六規定的“實際施工人”應如何界定。《解釋》共有四條提及實際施工人，其中第一條第二項規定：“沒有資質的實際施工人借用有資質的建筑施工企業名義的，應當根據合同法第五十二條第（五）項的規定，認定無效。”第四條規定：“承包人非法轉包、違法分包建設工程或者沒有資質的實際施工人借用有資質的建筑施工企業名義與他人簽訂建設工程施工合同的行為無效。”第二十五條規定：“因建設工程質量發生爭議的，發包人可以以總承包人、分包人和實際施工人為共同被告提起訴訟。”第二十六條規定：“實際施工人以轉包人、違法分包人為被告起訴的，人民法院應當依法受理。實際施工人以發包人為被告主張權利的，可以追加轉包人或者違法分包人為本案當事人。發包人只在欠付工程價款范圍內對實際施工人承擔責任。”依據《解釋》的上述規定，目前較為一致的觀點認為，實際施工人應該是指無效建設工程施工合同的承包人，包括轉承包人、違法分包合同的承包人、借用資質的承包人、掛靠施工人，而不包括承包人的履行輔助人、合法的專業分包工程承包人、勞務作業承包人。最高人民法院民一庭編著的《最高人民法院建設工程施工合同司法解釋的理解與適用》意見也認為，實際施工人應與發包人全面實際的履行了發包人與承包人之間的合同，并形成了事實上的權利義務關系，即此時轉承包人、違法分包的承包人已經取代第一手的承包人與發包人形成事實上的合同關系，在這種情況下，才準許轉承包人、違法分包的承包人作為實際施工人，以發包人為被告提起追索工程款的訴訟。這一意見對《解釋》第二十六條第二款的適用進行了限定。有觀點認為《解釋》第二十六條第二款對農民工利益的保護是一種間接保護，該條對合同相對性原則的突破是有限度的，農民工個人不能以實際施工人身份、以發包人為被告提起追討工資的訴訟。筆者同意上述觀點，雖然《解釋》第二十六條第二款創設的目的是為了保護農民工的利益，但從上述分析可以得出，該條款針對的對象主要是缺乏建筑資質的建筑企業和施工隊，通過加強對這些建筑企業和施工隊的保護而間接的保護農民工的利益。因此，審判實踐中，應正確理解《解釋》第二十六條第二款的真實內涵，嚴格控制實際施工人的范圍，不宜單純根據字面含義，將所有參與建設工程施工的主體都界定為實際施工人。對于因勞務分包、承攬、雇傭等法律關系參與了建設工程施工的農民工個人，應嚴格按照合同相對性原則向其合同相對方主張權利，而不應簡單適用《解釋》第二十六條第二款，加重發包人的法律責任。需要指出的是，審判實踐中，大量符合實際施工人條件的施工隊往往以工頭個人名義提起訴訟，法院在查明原告實際履行了建設工程施工合同義務，與發包人形成了事實上的權利義務關系的前提下，大多支持了原告要求發包人承擔責任的訴請。這種情形與前述農民工追討個人工資的情況是有著實質區別的。對“發包人只在欠付工程價款范圍內對實際施工人承擔責任”的理解應當有利于實際施工人。《解釋》的這一規定與國外經驗相一致。如《法國民法典》第一千七百九十八條規定，在房屋建筑與其他承包工程中受雇傭的泥瓦工、木工及其他工人，對工程業主的訴權，僅以在提起訴訟時業主對承包人所付的債務為限。審判實踐中，出現了發包人以種種理由抗辯的問題。對發包人提出的理由，應當具體情況具體處理。如果發包人辯稱還沒有與承包人結賬，是否欠付還不知道，可以令其先行支付給實際施工人，再從應付承包人的工程款中扣除；如果承包人不應訴或不配合而導致應付實際施工人工程款無法查清的，由承包人承擔不利后果。如果發包人主張已付款項超出應付工程款的，應由發包人承擔舉證責任。總之，基于《解釋》該條款特殊的制定目的和政策性要求，我們在理解和把握時，對實際施工人應從寬對待，而不宜把不合適的舉證責任強加給實際施工人而駁回其訴訟請求。

實際施工人是指依照法律規定被認定為無效的施工合同中實際完成工程建設的施工主體，包括轉承包人、違法分包的承包人等。當事人以實際施工人身份主張權利的，應當對其實際投入工程的資金、設備、材料、人工等事實進行舉證。

實際施工人不經過被掛靠單位，直接向合同相對方，即發包方主張權利。《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十六條規定：實際施工人以轉包人、違法分包人為被告起訴的，人民法院應當依法受理。實際施工人以發包人為被告主張權利的，人民法院可以追加轉包人或者違法分包人為本案當事人。發包人只在欠付工程價款范圍內對實際施工人承擔責任。