主要區別有：

1.自然人股東為—個具體的人，個人享有并直接行使股東權利并承擔義務，如參加股東會，查閱財務會計資料、領取股紅等。

2.法人股東是一個組織，作為抽象的依法擬制的實體，其權利義務的行使承擔，需通過具體人的行為來完成，方式為派出股東代表，憑授權委托手續代表其完成，后果由組織承擔。

實質區別在于權利義務行使承擔方式不同。

自然人股東是相對法人股東而言的，是具有公民身份的個人投資者，在他進行公司的投資以后通過公司所在地的工商局注冊，進行公司股權登記，就成為自然人股東。自然人是基于自然出生而依法在民事上享有權利和承擔義務的個人。股東是股份制企業的出資人或叫投資人。

拓展資料：

法人是相對自然人而言的，是指擁有獨立支配的財產，能夠以自己和名義獨立地參加民事活動．為自己取得民事權利和承擔義務的社會組織。

法人成立應發具備的條件，根據民法通則第37條之規定，主要有以下四個方面：

1．法人必須依法成立．即必須符合法律規定，為法律所允許，經國這認可也允許成立．它包括兩方面的含義：第一，法人除依照民法成立外，還要依照規定的法律程序成立。

2．法人必須有自主經營的財產．法人要進行各種經濟活動和社會交往，必須有一定的物質基礎作保障，這就是由法人自主支配的財產。

3．法人必須有明確的組織機構．名稱和場所．法人是一嚴格的組織體，不是一個松散的聯合或聯盟，因此必須有一個明確有組織機構，不是一個松散的聯合工聯盟，因此必須有一個明確有組織機構，行使法人的職權和從事日常工作。

4．法人必須能夠獨立地承擔民事責任，法人在經濟活動和社會活動中，由于違反合同．不履行債務，或者侵害了社會或其他人的財產及利益，就應當獨立地承擔民事責任。

上述四個條件中，法人必須具有必要的產或經費和能夠獨立地承擔民事責任這兩項，不法人最明顯，最突出的特征．并且，上述四個條件缺一不可，只有同時具備，才能成為法人。

法人股東，只是他除了是股東外，還被聘為法人代表。
做為法人代表，他代表公司對外從事業務，承擔法律責任。
一般股東只承擔資金責任。(可以是一個組織)
自然人股東為—個具體的人，個人享有并直接行使股東權利并承擔義務，如參加股東會，查閱財務會計資料、領取股紅等。

法人是想對企業來說的，自然人就是普通的投資者，個人投資者或者叫散戶投資者。還有一種是以機構的名義持有的。比如：XXX證券投資公司持有A公司100萬流通股。
法人股東，只是他除了是股東外，還被聘為法人代表。
做為法人代表，他代表公司對外從事業務，承擔法律責任。
一般股東只承擔資金責任。

在公司制組織中區別如下：

自然人股東為—個具體的人，個人享有并直接行使股東權利并承擔義務，如參加股東會，查閱財務會計資料、領取股紅等。

法人股東是一個組織，作為抽象的依法擬制的實體，其權利義務的行使承擔，需通過具體人的行為來完成，方式為派出股東代表，憑授權委托手續代表其完成，后果由組織承擔。

由此：主要區別僅在于權利義務行使承擔方式上有別。權利義務的實質內容無區別。

法人的本意是指一個具有民事權利能力和民事行為能力,依法獨立享有民事權利和承擔民事義務的組織，比如某個基金、銀行、公司、某個工廠、礦，只要合法注冊了，就是法律意義上的法人。所以，法人股東指的就是一個組織參與了股份，成為法人股東。自然人指的是人，可以是你，也可以是我，參與了股份，就是自然人股東了。區別就在這里。

1.含義上的區別
法人股東亦稱單位股東，是指以公司或集團(機構)名義占有其他企業股份的股東。
自然人股東是具有公民身份的個人投資者，在他進行公司的投資以后通過公司所在地的工商局注冊，進行公司股權登記，就成為自然人股東。自然人是基于自然出生而依法在民事上享有權利和承擔義務的個人。股東是股份制企業的出資人或叫投資人。
2.性質上的區別
法人股東的性質是一個組織，是作為抽象的依法擬制的實體。其權利義務的行使承擔，需通過具體人的行為來完成，方式為派出股東代表，憑授權委托手續代表其完成，后果由組織承擔。
自然人股東的性質為—個具體的人。個人享有并直接行使股東權利并承擔義務，如參加股東會、查閱財務會計資料、領取股紅等。
3.主體資格上的區別
法人股東的主體資格是一般依法設立的各類企業法人，均有權對公司投資，成為公司的股東，而沒有專門的限制。企業法人對公司出資成為公司股東的前提是具有民事權利能力。該企業法人必須依法存續。
自然人股東的主體資格是在自然人進行公司的投資以后，通過公司所在地的工商局注冊，進行公司股權登記，就能成為公司的自然人股東。
由此：主要區別僅在于權利義務行使承擔方式上有別。權利義務的實質內容無區別，都享有知情權、收益權、優先受讓和認購新股權、選擇、監督管理者權。

稅務上的比較
（1）從被投資企業分紅時
◆ 個人作為股東從被投資企業分紅時，根據《個人所得稅法》第2條、第3條的規定，應按“利息、股息、紅利所得”的稅目，20%的稅率，計算繳納個人所得稅。
注：若是外籍個人從外商投資企業取得的股息、分紅，根據《財政部、國家稅務總局關于個人所得稅若干政策問題的通知》財稅字〔1994〕20號第2條的規定，免征個人所得稅 。
◆ 公司作為股東從被投資企業分紅時，根據《企業所得稅法》第26條第2項以及《企業所得稅法實施條例》第83條的規定，居民企業直接投資于其他居民企業取得的投資收益為免稅收入。因此，公司取得分紅時，免征企業所得稅。
（2）轉讓被投資企業的股權時
◆ 個人作為股東轉讓被投資企業的股權時，根據《個人所得稅法》第2條、第3條的規定，應按“財產轉讓所得”的稅目，20%的稅率，計算繳納個人所得稅
◆ 公司作為股東轉讓被投資企業的股權時，根據《企業所得稅法實施條例》第16條以及《企業所得稅法》第5條的規定，轉讓企業股權時，需按25%的稅率，以賣出價減去買入價的差額，計算并繳納企業所得稅。
(注：若以公司的身份將取得的稅后分紅再向投資者個人進行分配時，則投資者個人還需要繳納20%的個人所得稅。)
綜上，從稅務上來看，如下表所示，以公司的名義進行投資，稅負比較輕。
法律上的比較
就法律上的比較而言，根據《公司法》第20條第3款“公司股東濫用公司法人獨立地位和股東有限責任，逃避債務，嚴重損害公司債權人利益的，應當對公司債務承擔連帶責任”的規定，在滿足下列條件時，公司債權人有權要求股東對公司債務承擔連帶責任。
（1）股東實施了濫用公司人格的行為，如人格混同、財產混同、虛假股東、不正當控制等；
（2）上述行為造成了債權人利益的損害；
（3）公司沒有清償能力。
因此，在被投資企業的法人人格被否認的情況下，即不再承認股東的有限責任，個人身份的股東存在著承擔連帶責任從而導致財產“破產”的可能，而公司身份的股東即使承擔連帶責任導致破產通常也不會累及投資者個人。
綜上，使用公司的身份作為股東進行投資，在法律上的風險要小于以個人的身份作為股東進行投資。

自然人股東的優勢：
1、公司操作靈活，不需要法人公司蓋章；
2、帳務比較單一，不需要法人公司進行合并報表；
3、從表面上減少了與法人公司單的關聯性交易判斷。
自然人股東劣勢：
1、由于沒有法人公司作后盾，對外的實力不夠強；
2、分配股利時需要計算個人所得稅。

法人股東的劣勢：
1. 法人股東可能被監管的力度更大，自然人股東被監管的力度相對小
2. 年審稅審，有的地方法人股東必須要出報告。

1、含義上的區別
法人股東亦稱單位股東，是指以公司或集團(機構)名義占有其他企業股份的股東。
自然人股東是具有公民身份的個人投資者，在他進行公司的投資以后通過公司所在地的工商局注冊，進行公司股權登記，就成為自然人股東。自然人是基于自然出生而依法在民事上享有權利和承擔義務的個人。股東是股份制企業的出資人或叫投資人。
2、性質上的區別
法人股東的性質是一個組織，是作為抽象的依法擬制的實體。其權利義務的行使承擔，需通過具體人的行為來完成，方式為派出股東代表，憑授權委托手續代表其完成，后果由組織承擔。
自然人股東的性質為—個具體的人。個人享有并直接行使股東權利并承擔義務，如參加股東會、查閱財務會計資料、領取股紅等。

3、主體資格上的區別
法人股東的主體資格是一般依法設立的各類企業法人，均有權對公司投資，成為公司的股東，而沒有專門的限制。企業法人對公司出資成為公司股東的前提是具有民事權利能力。該企業法人必須依法存續。
自然人股東的主體資格是在自然人進行公司的投資以后，通過公司所在地的工商局注冊，進行公司股權登記，就能成為公司的自然人股東。
參考資料來源：搜狗百科-自然人股東
參考資料來源：搜狗百科-法人股東

法人的本意是指一個具有民事權利能力和民事行為能力,依法獨立享有民事權利和承擔民事義務的組織，比如某個基金、銀行、公司、某個工廠、礦，只要合法注冊了，就是法律意義上的法人。所以，法人股東指的就是一個組織參與了股份，成為法人股東。自然人指的是人，可以是你，也可以是我，參與了股份，就是自然人股東了。區別就在這里。