一、認定原則
(一)妥善把握商法規則和民法規則的銜接適用
商法是民法的特別法，而特別法的適用應當優于一般法。因此，凡涉及商事活動的法律適用，首先考慮適用商法規則，如果商法未作規定，則依照民法規則補充適用的原則，適用民法規定。比如，我國公司法對有限責任公司的股權轉讓設專章規定，但公司法對商事合同的訂立及效力未作明確規定，要解決這個問題，必須考慮適用合同法上的相關規則。因此，要正確認定瑕疵股權轉讓合同的效力，就必須做好公司法和合同法的銜接適用工作，避免因有限責任公司股權轉讓與公司法存在高度關聯，而盲目排斥合同法相關規則的適用。
(二)辯證運用商法思維和民法思維
商法是由民法衍生而來，兩者具有關聯性，但商法思維和民法思維又各有側重。商法思維最基本的價值取向是維護商事交易的效益，即應當堅持效益優先、兼顧公平等價值;而民法思維最基本的價值取向恰恰相反，即堅持公平優先、兼顧效益等價值。因此，商事法官要注意避免將商事糾紛簡單等同于民事糾紛處理，而應遵循商法思維和商事審判理念，適度側重從保護商事交易的便捷和安全著眼，尊重商事主體訂立商事合同的自由，不輕易認定合同無效，如股權轉讓往往涉及多方利害關系人，一旦股權轉讓合同被認定無效，其影響將波及多處，故應慎重把握。同時，商事法官又應將民法思維和商法思維辯證地統一起來，不能忽視商事審判還始終承擔著維護交易公平的使命。
二、審判思路
出資瑕疵本身對合同效力的影響
根據現代公司法原理，被載入公司章程、股東名冊或者經過工商注冊登記的瑕疵出資股東，若非經過合法的除權程序，應認定具有公司股東資格并享有股東權利，因而亦有權處分股權。換言之，有限責任公司股東出資瑕疵本身原則上不影響瑕疵股權轉讓合同的效力。具體分析如下：
1、出資瑕疵即無股東資格既缺乏法律依據，又有損公示效力。按照通說，投資者適當履行出資義務是其取得股東資格的實質要件，但對適當履行出資義務是否構成取得股東資格的必要條件，各國公司立法大多未予明確，我國公司法也不例外。此外，被記載入公司章程、股東名冊或者工商登記材料往往被認為是取得股東資格的形式要件，同時也是公司外部的民商事主體判斷公司股東構成情況的重要依據。因此，在現行立法未作明確規定的前提下，若以出資瑕疵為由徑直否定股東資格，將損害上述材料的公示效力，不利于維護商事交易的便捷和安全。
2、現行公司立法及司法解釋有關瑕疵出資責任的規定隱含了瑕疵出資股東具有股東資格的前提。公司法及相關司法解釋規定了瑕疵出資股東應對公司承擔差額補充責任、對其他出資無瑕疵股東承擔違約責任以及在瑕疵出資范圍內對公司債權人承擔補充賠償責任，這些規定主要是以瑕疵出資股東仍具備股東資格為邏輯前提的，主張出資瑕疵即無股東資格將使相關民事責任追究喪失依據，最終會損害公司及其債權人的合法利益，這顯然與維護公司存續和保護利害關系人合法利益的現代商法理念相悖。
3、部分公司實踐發達的國家直接或間接地確認了瑕疵出資股東具有股東資格并享有股權。譬如，《法國商事公司法》第282條第1-2款規定，未支付股款的股東，相繼的受讓人和認股人對股票未支付的股款負連帶責任。又如，《德國有限責任公司法》第16條第3項規定：“對于在申報時股份中尚未繳付的款項，購買人與轉讓人共同承擔責任”等等。

你說的是什么瑕疵不說清楚怎么能夠回答你的問題

出資瑕疵會影響到股權轉讓的。

1.受讓人要承擔因注冊資本不到位而產生的民事責任。
2.出讓人轉讓后因注冊資本不到位承擔補充賠償責任。因為雖然出讓人已不是股東，但公司設立時的法定義務，不因股權轉讓而免除。
3.受讓人以欺詐為由主張股權轉讓的撤銷權，一旦股權轉讓合同被撤銷，因出資瑕疵而產生的法律責任，應由出讓人承擔。
【法律依據】
《公司法》第71條，有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。