在房屋買賣過程中，不管是城市里面的新建商品房，還是農村自建房屋，都有一個房屋買賣合同，那么，屬于小產權房的農村自蓋房屋買賣協議的效力該如何認定。如何認定農村自蓋房屋買賣協議效力?以有效認定為原則，無效認定為例外;在1999年前的農村房屋買賣合同一般均應作有效認定。這一原則既嚴格遵守了基本的法理、遵循了立法本意和立法趨勢，同時還綜合考慮到了相關政策規章的特殊性及此類矛盾糾紛發生的原因力。認定有效的基本條件：1、房屋買賣時，買方家庭成員中有農村集體經濟組織成員的;2、在1999年《土地管理法》第二次修正之前發生的農村房屋買賣;3、出賣方的現有身份已經不屬于當地農村集體經濟組織成員的;4、購買方在交易時符合農村宅基地使用條件或者已經審批使用宅基地的;5、轉讓行為已經審批或者已經當地農村集體經濟組織認可的;6、相關宅基地已經國有化的;7、同一房屋經過多次買賣，或者相關房屋已經大規模合法的翻建、擴建，已經無法與原有房屋區分的;8、相關的房屋已經納入拆遷范疇或者已經拆遷而不存在的。筆者認為，符合上述任何一要件的農村房屋買賣，均不會損害國家利益、集體利益或者第三人利益，均應作有效認定，否則，只會給不誠信者的惡意得到法律的支持，從而破壞已經形成的市場交易秩序及社會主義新農村的環境穩定。例外，單獨買賣宅基地的;并非為居住而進行買賣;1999年以后、尤其在2004年以后發生的農村房屋買賣均應一律認定無效。

購買農村房屋時需要注意，農村房屋只能在村集體成員之間買賣，非本村集體的成員購買該類房屋時，不能取得產權證書，相關交易行為不受法律保護。一旦房價上漲，賣方反悔，法院會認定買賣房屋的行為無效，買方須退回房產，作為購房人的權利得不到保障。因此，購買農村房屋要慎重。

有產權證明買賣受現行房屋相關法律保護
沒有產權不受現行房屋法律保護 房屋買賣合同不生效 雙方糾紛另行處理

因為合同主體的不同，在適用法律認定宅基地上房屋轉讓合同效力時也會得出不同的結論。
1、對農村本集體經濟組織成員之間農村房屋轉讓合同應認定有效。
因購買者是本集體經濟組織成員，宅基地使用權可以在本集體成員內部流轉。因此，對本集體經濟組織成員之間農村房屋轉讓，只要轉讓雙方所訂立的轉讓合同符合合同法關于有效合同要件，就應當認定轉讓合同有效。
2、本集體經濟組織成員與外集體經濟組織成員之間的房屋轉讓合同應認定有效。
我國相關法律、法規雖然禁止將農村宅基地使用權向本集體經濟組織成員以外的人轉讓，但對農村居民轉讓房屋所有權并無禁止性規定，而國家相關政策也無禁止向本集體經濟組織外的農村居民出售房屋的規定。因此，對這類農村房屋轉讓合同，只要其符合合同法關于有效合同其他要件，也應依法認定為有效合同。
3、對農村本集體經濟組織成員與城鎮居民之間的房屋轉讓合同應認定無效。
國務院辦公廳《關于加強土地轉讓管理、嚴禁炒賣土地通知》和國土資源部《關于加強農村宅基地管理的意見》均有明確規定，農民住宅不得向城市居民出售。因此，對農村本集體經濟組織成員與城鎮居民之間的房屋轉讓合同應認定無效。
對于農村宅基地上房屋轉讓行為發生后如何處理的問題，審判實踐中通常存在以下幾種情形：
第一，對于發生在農村集體經濟組織成員之間的農村房屋轉讓，如果查明無欺詐、顯失公平情形存在，應當認定房屋轉讓合同有效，駁回當事人要求退房退款的訴訟請求。
第二，對于將房屋出售給本集體經濟組織以外的人員的，如果取得有關組織和部門批準的，可認定合同有效，判決駁回當事人要求確認合同無效的訴訟請求。
第三，對于將房屋出售給本鄉(鎮)以外的人員，未經有關組織和部門批準，如果合同尚未實際履行或者購房人尚未實際居住使用該房屋的，該合同應作無效處理，雙方當事人應各自返還房屋及購房款。
第四，對于將房屋出售給本集體經濟組織以外的人員，未經有關組織和部門批準，如果合同已實際履行完畢，且購房人已實際居住使用該房屋的，應本著尊重現狀、維持穩定的原則，立足調解，承認購房人對房屋的現狀以及繼續占有、居住和使用該房屋的權利。
第五，對于將房屋出售給本集體經濟組織以外的人員，未經有關組織和部門批準，如果合同已實際履行完畢，且購房人已實際居住使用該房屋的，如果認定合同無效，在決定退房退款時，要全面考慮到合同無效對雙方當事人的利益影響以及各方的過錯責任大小，尤其是出賣人因土地升值或拆遷、補償所獲利益，以及買受人因房屋現值和原轉讓價格的差異造成的損失;其次，對于買受人已經翻建、擴建房屋的情況，應對其添附價值進行補償。