編制合并報表的程序一般包括：

（1）檢查并調整母、子公司會計報表中可能存在的誤差和遺漏。

（2）抵消企業集團內部交易的未實現損益。

（3）抵消子公司因實現凈利潤而提取的法定盈余公積、和任意盈余公積。

（4）抵消母公司從子公司取得的投資收益和收到的股利，并將母公司對子公司股權投資賬戶余額調整至期初數。

（5）抵消年初母公司對于子公司股權投資賬戶和子公司所有者權益各賬戶的余額，并將兩者的差額確認為合并價差；若有少數股權，還要確認相應部分的少數股東權益。

（6）將合并價差分解為子公司凈資產公允價值與賬面價值的差額和商譽，并在其有效年限內加以分配和攤銷。我國《合并會計報表暫行規定對合并價差不作選擇的分解、分配和攤銷，而是直接列于合并資產負債表中的“”長期投資“”薦下。

（7）若有少數股權，在合并工作底稿上確立當年屬于少數股東的子公司凈利潤，應相應增加少數股東權益。

（8）抵消母、子公司間的應收應付等往來項目。會計電算化條件下，用戶根據合并會計報表的要求，定義好合并會計報表的有關條件，軟件根據定義時設計的數據傳遞、數據計算公式等自動完成合并會計報表工作。

軟件能夠自動扣除各公司之間的內部往來、內部投資等的影響，能夠對某些報表項目進行必要的抵銷處理。

擴展資料：

合并會計報表有局限性表現在：

（1）母公司和子公司的債權人對企業的債權清償權通常針對獨立的法律主體，而不針對作為經濟實體的企業集團，合并報表所反映的資產不能滿足母、子公司債權人的清償要求。

（2）合并會計報表將母公司及子公司的個別會計報表合并起來，子公司的少數股東難以從中直接得到他們所需的決策有用信息，如他們所投資的子公司資金運用的信息。

（3）利潤分配包括向股東分派股利，要以個別會計報表為據，合并會計報表則不能為股東預測和評計報表為據，合并會計報表則不能為股東預測和評價母公司和所有子公司將來分派股利提供依據。

參考資料來源：百度百科-合并報表

既然甲公司對A公司擁有控制權，那么甲公司應當將A公司納入合并范圍，因為滿足了企業合并的條件。同樣的，乙公司因為不具有控制權，不符合企業合并的條件，所以，應將其作為權益法核算的長期股權投資列示于資產負債表。即使乙公司因為存在其他子公司，需要編制合并財務報表，也不應將A公司納入合并范圍

個別報表中，長期股權投資核算分為權益法和成本法。但是現行準則規定，除同一控制下企業合并合并日編制的合并財務報表是按照成本法編制以外，其余的合并財務報表均應按照權益法編制，也就是需要將個別財務報表中對子公司長期股權投資由原成本法調整為權益法。