1、契約自由原則。
契約自由是現代民法制度的基礎。特別是在商法體系中，民事主體依照自己的理性判斷參與商事活動，對自己的行為負責，法律對各民事主體之間合意應予充分尊重。因合意產生的權利義務關系，國家直接承認其效力，而不予以干預或限制。因此只要債權人與債務人間已就清償抵充達成了合意，無論形式是明示還是默示，無論合意達成的時間是債務人給付時還是在給付前達成，均應尊重。需要補充的是在給付結束后，再對于債務清償抵充達成合意的，不予認可，目的是防止債務復活，使第三人利益受到損害。
2、意思自治原則。
各國民法在債權人與債務人雙方無抵充合意的情況下，堅持私法中意思自治的原則，肯定了債務人有權以其單方面的意思表示，決定其給付系清償何筆債務。
3、誠實信用原則。
禁止權利濫用。誠信原則是“帝王條款，君臨全法域之基本原則”，在各國民法關于清償抵充的規定中均有體現。
債權人在抵充指定時濫用權利情況。在當事人未達成抵充合意時，債務人未為抵充指定時，賦予債權人抵充指定權，如果債權人的指定抵充符合誠信原則應予認可。若是債權人片面追求自己的利益最大化，違背誠信原則，用欺詐或乘人之危的手段進行抵充指定等，應予禁止。同時債務人指定抵充時，如指定先抵充本金，然后才抵充費用或利息，從而給債權人帶來侵害，應予禁止。
4、公平原則。
對債權人和債務人均應予以保護。在債法領域，固然保護債權為其基本功能之一。但在保護權利的同時，也應體現公平原則，因為公平作為自然法的理念，是放之四海皆準的公理。所以在大陸法系的各國規定，在未達成抵充合意，又未為抵充指定時，應規定法定抵充順序。