關于提存的性質，理論界眾說紛紜，歸納起來，主要是針鋒相對的兩種觀點：第一種認為提存為公法上關系，至少為特殊的公法關系。又可以細分為兩類：1、公法上之關系說。此說認為，提存機關是由國家設立的，受領提存物而進行保管，是履行公法上的義務。2、國家處理非訟事件的公法上關系說。這兩類觀點沒有實質性的差別。第二種認為提存為民事合同關系。又可以細分為三類：1、寄托契約關系說。2、向第三人給付之契約關系說。3、提存為私法上的寄托契約，并有為第三人利益契約的性質。
持第一種觀點的人認為 ：1、提存是出于對債務人因債權人遲延受領給付而不能解脫債務的一項法律救濟，是提存機關對提存人提存行為的認可。這種認可顯然是公法性質的。提存的主體包括債務人和提存機關。債務人為了消滅債務，無須征得債權人的同意，就可將標的物寄存在提存機關，從而在法律上就可以產生清償債務的后果，因此，對于債務人來說，提存無疑是一種單方面法律行為。但是，提存并非僅是債務人單方面的行為，債務人必須到提存機關申請提存，經提存機關審查并出具有關證明文件后，才產生法律效力。因此，提存實際上是提存部門依法定原因對債務人受債務的不合理拘束之救濟，是國家以非訴訟方式干預民事活動、調整民事關系的具體體現。2、提存機關為國家所設，其參與提存的行為系履行公法義務。
在我國臺灣地區學者中，第二種觀點中的第3類，即認為提存為私法上的寄托契約，并有為第三人利益契約的性質為通說。 他們認為，債權人依“民法”規定可隨時受領提存物，提存人將標的物提存后，不論債權人受領與否，均產生清償之效力，債之關系即告消滅，故提存人與提存所之間的關系，應解為具有向第三人為給付的契約。又根據“提存法”第11條規定，提存人在一定條件下可取回提存物，其性質屬于自己取回；就提存所而言，屬于返還，其與寄托性質無異，故應解為寄托契約關系。所以，提存兼備寄托與為第三人利益契約關系。 我國大陸地區不少學者也持此觀點。
提存的性質應該表述為提存機關和提存人（債務人）共同參與的、涉及第三人（提存受領人）的行政行為，而不是民事行為，由此產生的提存關系是一種公法上的保管關系。
一、提存機關是公法上的主體。提存機關一般是國家設立的辦理提存事務的專門機關。在我國臺灣，是以地方法院所設立的提存所辦理提存事務（臺灣地區提存法第1條）；在日本，則由法務局或者地方法務局，或者法務大臣指定的辦事機構作為提存所；而德國提存事務由初級法院和司法機關出納處主管（1937年3月10日《提存條例》第1條）。我國目前提存機關為公證處。它們都為國家所設立的專門機構。
二、提存機關辦理提存事務是履行法定職權的行為。提存機關為國家所設立的專門機關，這還不足以說明提存的性質。確定一個法律行為為公法或者私法行為，取決于主體之間的地位是否平等。私法關系是平等主體之間的法律關系，如提存機關對外簽定民事合同的時候，其與合同相對方當事人之間的地位即是平等的。公法關系是不平等主體之間的法律關系。辦理提存事務是提存機關法定的主要的甚至是唯一的職責，且其辦理提存事務所利用的辦公資源也為國家提供，因此為職權行為，其目的在于及時消滅債權債務關系，加速民事流轉，體現了國家對社會事務的管理。提存法律關系既為提存機關履行職權的管理行為，提存機關的地位顯然在提存人之上，而不是與之平等。
三、提存不是提存機關與提存人意思自治的結果。意思自治是民事法律行為的基本特征。而提存法律關系的成立顯然不是提存機關與提存人出于私法上之合意的結果，而是由他們共同參與的行政行為，他們之間的糾紛也依公法（如行政法）程序解決，而不是依照民事訴訟程序解決。
提存機關受理提存人提出的申請、收取提存物并做出相應的處分，因此建立了提存法律關系。這個行政行為包括提存人申請和提存機關核準申請兩個方面。對提存人而言，提存機關的選擇并不依其自由意志，而是根據法律規定，必須符合法律關于受理和管轄等方面的規定。而且申請材料和相關證明文件的提交也必須由法律規定。不在法定提存機關進行提存不發生提存的消滅債務的效力，而提交的申請材料不合格也會承擔提存機關拒絕受理的后果。由此可知，提存人不能依自由意思表示而為提存行為。對提存機關而言，在收到提存人的提存申請后，應在法定的時間內作出受理與否的決定，其決定受理與否的依據不是其自由意志，而是法律規定的提存條件。對不符合提存條件的申請，提存機關應當拒絕受理。而對符合法定提存條件的申請，提存機關則不得拒絕。也就是說，提存機關也不得依自由意思表示而決定接受或者不接受提存申請。而保管合同中，合同依當事人意思表示一致即可成立，保管人得依自己意愿訂立或者不訂立保管合同。提存機關的行為是被動行政行為，必須以提存人提出申請為條件，從這個意義上講，該行為與企業法人設立登記、不動產抵押登記等行政行為相似。
在建立提存法律關系中發生的糾紛，法律一般規定依照諸如申請、復議等公法程序予以解決，而不是遵循民事訴訟程序。這也突出地反映了提存法律關系的公法性質。
四、提存人將提存物向提存機關提交后，提存人與提存機關之間形成公法上的保管關系。認為提存為公法行為和私法行為的學者都認為提存是一種保管關系。但保管關系并不必然是私法關系，更不一定是合同關系。在公法上，保管關系也普遍存在，如司法機關對贓物、犯罪工具等的保管。提存關系完全符合公法上的保管關系應有的特征。
五、提存機關與提存人之間建立提存保管關系之后，不僅在他們之間產生權利義務關系，也產生了債權人對提存機關的提存物返還請求權。這點與為第三人利益的合同極為相似。但這個特征顯然不為為第三人利益的合同所獨有，行政行為為行政相對人和相對人以外的厲害關系人設定權利和義務之情形，可謂司空見慣，不足異也。所以，提存法律關系是具有涉他效力的公法行為。
六、提存機關辦理提存事務，雖然收取提存費，但提存機關并不以贏利為目的，而在于利用國家公信力預防和減少債務糾紛，穩定社會經濟秩序。其提存費的確定也不完全依照市場確定，而是根據防止提存物損毀滅失和有效利用提存物所必需而定，一般應低于市場保管價格。如臺灣地區“提存法”第13條明確規定，金錢或有價證券以外之提存物，保管人得收取保管費。臺灣地區“提存法實施細則” 第36條進一步規定：“保管機關保管金錢或有價證券以外之物品，得征收保管費，但不得超過同類物品保管業所收取保管費用。”
七、提存保管關系與保管合同關系的差別還突出地表現在前者有法定最長期限，后者則為當事人約定保管期限。作為一種公法上的保管關系，法律為提存受領人領取提存物設立了最長期限，如德國民法典規定為30年，我國臺灣地區民法典規定為10年。
特別值得一提的是，作為公法上的提存保管關系和保管合同關系在保管關系因某種原因終止后，標的物的歸屬上有明顯不同。一般來講，合同由于未履行而終止后，當事人雙方應該向對方當事人返還所得利益，使其回到合同訂立前的狀態。但提存受領人若逾期不來領取，各國法律一般都將提存物視為無主財產，扣除提存費用后，收歸國有，而不是返還給提存人。這也突出地體現了提存的公法性質，盡管筆者認為此類規定并不科學，并將在下文提存的效力部分詳細闡述。
八、提存機關因自身原因而導致提存物損毀滅失時應承擔相應的責任。如《規則》第27條第2款規定：“提存期間，提存物毀損滅失的風險責任由提存受領人負擔；但因公證處過錯造成毀損、滅失的，公證處負有賠償責任。”該條第4款還規定：“公證處未按法定或當事人約定條件給付提存標的給當事人造成損失的，公證處負有連帶賠償責任。”對這里的“賠償責任”、“連帶賠償責任”的性質，學者大多認為是民事責任，而不是行政責任，也不是國家賠償責任，因此反過來推定提存是民事行為而不是公法行為。其實不然。在這里，提存機關承擔的責任應該是侵權責任，而不是違約責任。而因公法行為侵權而承擔侵權的民事責任也非提存保管關系中獨有，而是大量存在。因此不能從承擔的責任的性質反過來推定其行為的性質。
綜上所述，考察提存的目的、提存機關的性質和任務、提存發生的原因、提存糾紛適用的程序等后，不難發現，提存是具有涉他效力的公法上的保管關系，而不是民事保管合同。