貨物合同糾紛的管轄權由運輸始發地、目的地或被告住所地人民法院享有。運輸始發地、是指貨物運輸的發運地或者旅客乘運地。目的地是指貨物或者旅客到達地。上述3個地方各人民法院對這類運輸合同糾紛都有管轄權，當事人到任何一個法院起訴都可以。

《中華人民共和國民事訴訟法》
第二十八條
因鐵路、公路、水上、航空運輸和聯合運輸合同糾紛提起的訴訟，由運輸始發地、目的地或者被告住所地人民法院管轄。

《中華人民共和國民事訴訟法》
第三十六條
兩個以上人民法院都有管轄權的訴訟，原告可以向其中一個人民法院起訴；
原告向兩個以上有管轄權的人民法院起訴的，由最先立案的人民法院管轄。

一、運輸合同糾紛管轄權的界定
1、首先看是否有合法有效的約定管轄的協議，如果有的話，則協議約定的法院有管轄權;如果沒有約定，則根據法定管轄來確定管轄法院，即被告住所地法院肯定有管轄權。
2、如果合同已經履行的，則合同履行地法院有管轄權，如果合同未履行，雙方約定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此約定的合同履行地法院有管轄權，否則合同履行地法院無管轄權。
3、如果合同沒有實際履行，當事人雙方住所地又都不在合同約定的履行地的，應由被告住所地人民法院管轄。
因鐵路、公路、水上、航空運輸和聯合運輸合同糾紛提起的訴訟，由運輸始發地、目的地或者被告住所地法院管轄。
二、貨物運輸合同糾紛分為哪幾類
1、單證糾紛。
單證糾紛主要發生在承運人和托運人之間。此類糾紛包括：因單證瑕疵引起的糾紛；因承運人簽發單證時的失誤引發的糾紛；因托運人未與收貨人達成協議，卻要求簽發特殊單證（倒簽或預借提單）而在承運人與托運人之間產生的糾紛。
2、貨物損失、滅失的糾紛。
該類糾紛一般發生在承運過程中。造成此類糾紛的原因很多，可能是由于托運人自身的過失造成的，如包裝不良、標識不清引起，也可能是承運人的過錯造成的，如積載不當、操作失誤、運具選擇不當等。另外，還有不可抗力造成的貨物損失、滅失，應根據風險分配原則分擔風險。
3、延遲交付糾紛。
這是指因承運人在合同約定期限以后進行交付而發生的糾紛。糾紛發生的原因主要有：因承運貨物發生交通事故；因積載能力而必須將貨物延遲發送；因過失造成中轉滯留；因某種原因而繞行導致發生糾紛。
4、運雜費糾紛。
這是因為托運人或收貨人的故意或過失，未能及時或全額交納運費，以及因在履行合同中所發生的其他費用而發生的糾紛。
5、運輸工具損害糾紛。
這是指因托運人的過失，造成對承運人的運輸工具損害而引發的糾紛。
三、貨物運輸合同糾紛有哪些類型
1、單證糾紛。
單證糾紛主要發生在承運人和托運人之間。此類糾紛包括：因單證瑕疵引起的糾紛；因承運人簽發單證時的失誤引發的糾紛；因托運人未與收貨人達成協議，卻要求簽發特殊單證（倒簽或預借提單）而在承運人與托運人之間產生的糾紛。
2、貨物損失、滅失的糾紛。
該類糾紛一般發生在承運過程中。造成此類糾紛的原因很多，可能是由于托運人自身的過失造成的，如包裝不良、標識不清引起，也可能是承運人的過錯造成的，如積載不當、操作失誤、運具選擇不當等。另外，還有不可抗力造成的貨物損失、滅失，應根據風險分配原則分擔風險。
3、延遲交付糾紛。
這是指因承運人在合同約定期限以后進行交付而發生的糾紛。糾紛發生的原因主要有：因承運貨物發生交通事故；因積載能力而必須將貨物延遲發送；因過失造成中轉滯留；因某種原因而繞行導致發生糾紛。
4、運雜費糾紛。
這是因為托運人或收貨人的故意或過失，未能及時或全額交納運費，以及因在履行合同中所發生的其他費用而發生的糾紛。
5、運輸工具損害糾紛。
這是指因托運人的過失，造成對承運人的運輸工具損害而引發的糾紛。

法律分析：運輸合同可能是單一的運輸工具來完成，比如由路上運輸或者水上運輸或者空中運輸單獨完成，也有可能采取的是多種運輸工具聯合運輸，路上運輸還存在公路運輸和鐵路運輸之分。采用不同的運輸工具，就可能形成是由普通法院管轄還是由專門法院管轄的問題。實踐中處理這一問題的基本原則是：

(1)如果是采用單一運輸工具，則按運輸工具不同來確定管轄法院，比如采用水運，則由海事法院管轄，采用鐵路運輸，則由鐵路運輸法院管轄(2)如果是采取聯合運輸，根據具體情況，凡是與海事有關的，由海事法院管轄，與鐵路運輸有關的，由鐵路運輸法院管轄(3)在聯合運輸中，如果同時存在水運和鐵路運輸的，如何確定管轄法院，法律并未作出具體規定，在這處情況下，可以由當事人選擇法院管轄。

法律依據：《中華人民共和國民事訴訟法》 第二十八條 因鐵路、公路、水上、航空運輸和聯合運輸合同糾紛提起的訴訟，由運輸始發地、目的地或者被告住所地人民法院管轄。

《中華人民共和國海事訴訟特別程序法》 第六條 海事訴訟的地域管轄，依照《中華人民共和國民事訴訟法》的有關規定。下列海事訴訟的地域管轄，依照以下規定：(一)因海事侵權行為提起的訴訟，除依照《中華人民共和國民事訴訟法》第二十九條至第三十一條的規定以外，還可以由船籍港所在地海事法院管轄(二)因海上運輸合同糾紛提起的訴訟，除依照《中華人民共和國民事訴訟法》第二十八條的規定以外，還可以由轉運港所在地海事法院管轄(三)因海船租用合同糾紛提起的訴訟，由交船港、還船港、船籍港所在地、被告住所地海事法院管轄(四)因海上保賠合同糾紛提起的訴訟，由保賠標的物所在地、事故發生地、被告住所地海事法院管轄(五)因海船的船員勞務合同糾紛提起的訴訟，由原告住所地、合同簽訂地、船員登船港或者離船港所在地、被告住所地海事法院管轄(六)因海事擔保糾紛提起的訴訟，由擔保物所在地、被告住所地海事法院管轄船舶抵押糾紛提起的訴訟，還可以由船籍港所在地海事法院管轄(七)因海船的船舶所有權、占有權、使用權、優先權糾紛提起的訴訟，由船舶所在地、船籍港所在地、被告住所地海事法院管轄。