陰陽合同糾紛可以通過當事人協商，申請仲裁或者向法院起訴解決。一般來說，陰陽合同中，“陽合同”因為意思表示虛假而屬于無效合同，“陰合同”的效力還要根據有關法律認定。
陰陽合同是指合同當事人就同一事項訂立兩份以上的內容不相同的合同，一份對內一份對外，其中對外的一份并不是雙方真實意思表示；對內的一份則是雙方真實意思表示，可以是書面或口頭形式。
“陰陽合同”(又稱“黑白合同”)并非法律術語，其概念主要明確于《招標投標法》頒行之后。 一般因為“陰陽合同”中的“陽合同”因不體現當事人的真實意思而不發生效力，而“陰合同”是當事人的真實意思表示而認定為有效合同，“陰合同”只要內容合法，同樣受到法律保護。然而，如果利用“陰陽合同”實施違法行為，或者以合法的形式掩蓋違法的目的，則不僅偽裝的“陽合同”無效，被偽裝的“陰合同”也因內容違法而無效。
”陽合同” 雙方當事人為了少繳稅，惡意串通降低成交金額，該合同的成交金額不是雙方的真實意思表示，并且嚴重違反了我國稅收征管法的強制性規定，是以合法形式掩蓋少繳稅款的非法目的，即便是合同成立也不發生法律效力，屬于無效合同。
解決陰陽合同糾紛:
在實踐過程中，由于陰陽合同在相當長的時間里都是一種客觀現象，并且短期內也不可能完全消除。
法院在審判過程中也會根據陰陽合同糾紛的具體情況來給予不同的認定：對于差價以裝修名義并且差價較小的，一般認定合同有效;對于差價太大，一般會認定無效;對于賣方不想賣，主張中介與買方惡意串通以低價過戶損害其利益的，一般認定合同有效但過戶價格條款無效；對于買方不想買而主張賣方避稅，或者簽現售后只想以現售合同上的低價買，一般認定合同有效但過戶價格條款無效；對于雙方仍想交易但過戶時一方主張以真實價過戶，另一方拒絕的，會調解，調解不成則認定合同不成立；沒簽過戶確認書，現售價變少的，視為雙方意思變更，現售合同有效。
簽訂“陰陽合同”的目的是為規避法律或銀行的規定，這是一種違法的行為盡管這種違法行為未必會帶來特別嚴重的法律后果，但交易雙方還是盡量不要簽訂這樣的合同，因為這還會增加交易風險。雖然有人是為規避法律主動簽訂，但有人也是因為另一方提出要求而被動簽訂，而且目前完全杜絕陰陽合同的現象又很難做到。因此，不管出于什么原因而簽訂陰陽合同，都要注意防范由此而產生的風險。這種風險主要是指當產生爭議時，雙方對合同價格各執一詞，紛紛主張對自己有利的價格。
陰陽合同中，一般情況下，后簽的合同為準。按上海市高級人民法院《關于審理“二手房”買賣案件若干問題的解答》的規定，在因“陰陽合同”價格不一而產生爭議的情況下，原則上以時間在后的合同價為準。除非有證據證明前一份合同價是為規避納稅及騙取貸款等原因而簽訂的虛假價格。但是要特別注意，這個舉證責任是由提出異議方來承擔的，也就是說，誰認為前一份合同是虛假的，誰就應當承擔這個舉證責任。
無法判斷先后的，應當證明哪份為“真實意思”。這樣的規定并不全面，因為兩份合同的簽訂時間并不一定有先后，可能是同時簽訂的。如果一定要以后一份合同為準的話，這時就會難以認定哪一份合同是“后一份合同”。所以關鍵是要證明哪一份合同的價格才符合雙方的真實意愿。
法律依據
《民法典》第一百四十六條 行為人與相對人以虛假的意思表示實施的民事法律行為無效。
以虛假的意思表示隱藏的民事法律行為的效力，依照有關法律規定處理。
《民事訴訟法》第三條 人民法院受理公民之間、法人之間、其他組織之間以及他們相互之間因財產關系和人身關系提起的民事訴訟，適用本法的規定。

陰陽合同的糾紛，應當作以下處理：1、認定陽合同無效不能認定為有效的民事法律關系；2、認定陰合同有效，應當認定其有效成立，合同雙方應當以陰合同為準實際履行；3、如陽合同的訂立，使其他本可主張優先購買權的股東或共有人放棄優先購買權，則在認定陽合同無效后，其他股東或共有人有權以陰合同價款為同等條件，再次主張優先購買權。
一、陰陽合同的糾紛應該怎么處理
1、陰陽合同的糾紛，應當作以下處理：
（1）認定陽合同無效不能認定為有效的民事法律關系；
（2）認定陰合同有效，應當認定其有效成立，合同雙方應當以陰合同為準實際履行；
（3）如陽合同的訂立，使其他本可主張優先購買權的股東或共有人放棄優先購買權，則在認定陽合同無效后，其他股東或共有人有權以陰合同價款為同等條件，再次主張優先購買權。
2、法律依據：《中華人民共和國民法典》第一百五十四條
行為人與相對人惡意串通，損害他人合法權益的民事法律行為無效。
第一百五十六條
民事法律行為部分無效，不影響其他部分效力的，其他部分仍然有效。
二、陰陽合同有效力嗎
陰陽合同中陰合同如果符合法律規定，就是具有效力的。鑒于買賣雙方簽訂“陰陽合同”的行為嚴重違反了中國稅收管理規定，有關部門查實后，如果屬于一般偷稅行為，行政機關有權給予罰款、拘留等行政處罰；如果偷稅數額較大、次數較多，則可能構成犯罪。