運輸合同是承運人將旅客或貨物運到約定地點，旅客、托運人或收貨人支付票款或運費的合同。和其他的合同違約類似，我們要注意在進行賠償之前，首先要做好責任劃分的工作，對于托運人責任和承運人責任進行劃分，來明確每個人應該承擔的責任之后，再進行確定賠償的金額等問題。

《中華人民共和國民法典》第五百一十條 合同生效后，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充;不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。 《中華人民共和國民法典》第五百七十七條 當事人一方不履行合同義務或者履行合同義務不符合約定的，應當承擔繼續履行、采取補救措施或者賠償損失等違約責任。第五百七十八條當事人一方明確表示或者以自己的行為表明不履行合同義務的，對方可以在履行期限屆滿前請求其承擔違約責任。

貨物的毀損、滅失的賠償額，當事人有約定的，按照其約定;沒有約定或者約定不明確，依據民法典第五百一十條的規定仍不能確定的，按照交付或者應當交付時貨物到達地的市場價格計算。法律、行政法規對賠償額的計算方法和賠償限額另有規定的，依照其規定。

法律依據：《中華人民共和國民法典》第八百三十三條 貨物的毀損、滅失的賠償額，當事人有約定的，按照其約定;沒有約定或者約定不明確，依據本法第五百一十條的規定仍不能確定的，按照交付或者應當交付時貨物到達地的市場價格計算。法律、行政法規對賠償額的計算方法和賠償限額另有規定的，依照其規定。

第五百一十條 合同生效后，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充;不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。

運輸合同糾紛的判決，需要根據具體情況進行綜合分析和判斷。一般來說，以下幾個方面是需要考慮的：
1. 合同條款：需要對運輸合同中的條款進行解釋和適用，包括貨物種類、數量、質量、裝卸地點、運費等內容。
2. 運輸過程中的責任：需要考慮承運人在運輸過程中是否存在違約行為，如未按時交付貨物、未妥善保管貨物等情況。
3. 貨物損失或損壞：如果在運輸過程中出現了貨物損失或損壞的情況，需要考慮承運人是否盡到了妥善保管貨物的義務，并且是否存在故意或重大過失。
4. 賠償金額：如果判定承運人存在違約行為，那么需要根據實際情況確定賠償金額。賠償金額應當包括貨物價值、運費以及其他相關費用。
總之，在處理運輸合同糾紛時，需要綜合考慮各方面因素，并且根據實際情況進行具體判斷和裁定。