行政行為被確認為違法，人民法院可以責令被訴行政機關采取相應的補救措施；如果因為這一違法行為造成當事人的損失的，行政機關應當承擔賠償責任。因此，在行政訴訟中，法院確認行政行為無效和確認違法雖然都屬行政機關敗訴，但兩者有很大的區別。
《行政復議法》規定，行政復議機關負責法制工作的機構應當對被申請人作出的具體行政行為進行審查，提出意見，經行政復議機關的負責人同意或者集體討論通過后，按照下列規定作出行政復議決定：
具體行政行為有下列情形之一的，決定撤銷、變更或者確認該具體行政行為違法;決定撤銷或者確認該具體行政行為違法的，可以責令被申請人在一定期限內重新作出具體行政行為:
1、主要事實不清、證據不足的。
2、適用依據錯誤的。
3、違反法定程序的。
4、超越或者濫用職權的。
5、具體行政行為明顯不當的。
法律依據：
《中華人民共和國行政訴訟法》·
第五十九條·判決撤銷違法的被訴具體行政行為，將會給國家利益、公共利益或者他人合法權益造成損失的，人民法院在判決撤銷的同時，可以分別采取以下方式處理：
(一)判決被告重新作出具體行政行為;
(二)責令被訴行政機關采取相應的補救措施;
(三)向被告和有關機關提出;
(四)發現違法犯罪行為的，建議有權機關依法處理。
第七十四條·行政行為有下列情形之一的，人民法院判決確認違法，但不撤銷行政行為：
（一）行政行為依法應當撤銷，但撤銷會給國家利益、社會公共利益造成重大損害的；
（二）行政行為程序輕微違法，但對原告權利不產生實際影響的。
行政行為有下列情形之一，不需要撤銷或者判決履行的，人民法院判決確認違法：
（一）行政行為違法，但不具有可撤銷內容的；
（二）被告改變原違法行政行為，原告仍要求確認原行政行為違法的；
（三）被告不履行或者拖延履行法定職責，判決履行沒有意義的。

《中華人民共和國行政訴訟法》第七十四條：
行政行為有下列情形之一的，人民法院判決確認違法，但不撤銷行政行為：
1、行政行為依法應當撤銷，但撤銷會給國家利益、社會公共利益造成重大損害的；
2、行政行為程序輕微違法，但對原告權利不產生實際影響的。
行政行為有下列情形之一，不需要撤銷或者判決履行的，人民法院判決確認違法：
1、行政行為違法，但不具有可撤銷內容的；
2、被告改變原違法行政行為，原告仍要求確認原行政行為違法的；
3、被告不履行或者拖延履行法定職責，判決履行沒有意義的。
《中華人民共和國行政訴訟法》主要是為了規范和保障人民法院能夠正確、及時的審理行政案件，是個人、法人或其他組織認為國家機關作出的行政行為侵犯其合法權益而向法院提起的訴訟。
是法院審理行政案件和行政訴訟參加人（原告、被告、代理人等）進行訴訟活動必須遵守的準則。
它規定法院審理行政案件程序方面的法律規范和行政訴訟參加人行使權利、承擔義務的各種法律規范，是現代國家據以建立行政訴訟制度的法律依據。維護和監督行政機關依法行使行政職權，從而根據憲法的規定制定的一部程序性法律。
《中華人民共和國行政訴訟法》第七十四條 行政行為有下列情形之一的，人民法院判決確認違法，但不撤銷行政行為：
（一）行政行為依法應當撤銷，但撤銷會給國家利益、社會公共利益造成重大損害的；
（二）行政行為程序輕微違法，但對原告權利不產生實際影響的。
行政行為有下列情形之一，不需要撤銷或者判決履行的，人民法院判決確認違法：
（一）行政行為違法，但不具有可撤銷內容的；
（二）被告改變原違法行政行為，原告仍要求確認原行政行為違法的；
（三）被告不履行或者拖延履行法定職責，判決履行沒有意義的。