建設工程合同糾紛處理的流程如下：
1、按照法定的招投標和承發包程序進行；
2、建設前期加強立項管理；
3、加強合同和信息管理；
4、嚴格進行工程變更把關；
5、加強隱蔽工程的檢查驗收；
6、及時解決工程中的索賠問題；
7、結算時，力爭不漏算；
8、進一步規范業主、承包商、政府行政管理部門的行為。

《中華人民共和國民法典》第七百八十八條 建設工程合同是承包人進行工程建設，發包人支付價款的合同。 建設工程合同包括工程勘察、設計、施工合同。 《中華人民共和國民法典》第七百八十九條 建設工程合同應當采用書面形式。 《中華人民共和國民法典》第七百九十條 建設工程的招標投標活動，應當依照有關法律的規定公開、公平、公正進行。 《中華人民共和國民法典》第七百九十一條 發包人可以與總承包人訂立建設工程合同，也可以分別與勘察人、設計人、施工人訂立勘察、設計、施工承包合同。發包人不得將應當由一個承包人完成的建設工程支解成若干部分發包給數個承包人。

法律分析：1）可以和解或調解，發生建設工程承包合同爭議時，當事人可以自行協商和解，或者通過第三者進行調解；

2）建設工程承包合同當事人如果不愿意和解、調解，或者和解、調解不成功，可以根據達成的仲裁協議，將合同爭議提交仲裁機構仲裁。仲裁具有辦案迅速、程序簡便的特點和優點，而且進入仲裁程序以后，仍然采取仲裁與調解相結合的方法，先調解，后仲裁，首先著力于以調解方式解決。經調解成功達成協議后，仲裁庭即制作調解書或者根據協議的結果制作裁決書，調解書和裁決書都具有法律效力；

3）如果建設工程承包合同當事人沒有在合同中訂立仲裁條款，發生爭議后也沒有達成書面的仲裁協議，或者達成的仲裁協議無效，合同的任何一方當事人，包括涉外合同的當事人，都可向人民法院提起訴訟。

法律依據：《中華人民共和國民法典》

第七百九十五條，施工合同的內容包括工程范圍、建設工期、中間交工工程的開工和竣工時間、工程質量、工程造價、技術資料交付時間、材料和設備供應責任、撥款和結算、竣工驗收、質量保修范圍和質量保證期、雙方相互協作等條款。

第七百九十六條，建設工程實行監理的，發包人應當與監理人采用書面形式訂立委托監理合同。發包人與監理人的權利和義務以及法律責任，應當依照本法委托合同以及其他有關法律、行政法規的規定。

建筑工程的合同糾紛可以選擇協商解決。提起訴訟或者申請仲裁的方式解決。《 民事訴訟法 》第三條規定，人民法院受理公民之間、法人之間、其他組織之間以及他們相互之間因財產關系和人身關系提起的民事訴訟，適用本法的規定。《仲裁法》第二條規定，平等主體的公民、法人和其他組織之間發生的合同糾紛和其他財產權益糾紛，可以仲裁。第四條規定，當事人采用仲裁方式解決糾紛，應當雙方自愿，達成仲裁協議。沒有仲裁協議，一方申請仲裁的， 仲裁委員會 不予受理。

《建筑法》
第十八條
建筑工程造價應當按照國家有關規定，由發包單位與承包單位在合同中約定。公開招標發包的，其造價的約定，須遵守招標投標法律的規定。發包單位應當按照合同的約定，及時撥付工程款項。

《中華人民共和國民法典》
第五百一十三條
執行政府定價或者政府指導價的，在合同約定的交付期限內政府價格調整時，按照交付時的價格計價。逾期交付標的物的，遇價格上漲時，按照原價格執行；
價格下降時，按照新價格執行。逾期提取標的物或者逾期付款的，遇價格上漲時，按照新價格執行；
價格下降時，按照原價格執行。