印花稅的納稅人，包括立合同人，即立合同的雙方當事人，對于運輸合同承運人和托運人都應 繳納印花稅 ，運輸合同的印花稅率為5%，按照中華人民共和國印花稅暫行條例，國務院令第11條附件印花稅稅目，稅率表規定，包括民用航空鐵路運輸海上運輸內河運輸公路運輸和聯運合同。

運輸發票(為貨物運輸合同的一種憑證)應該可以作為印花稅的計提依據。運輸合同的計提基數是運輸費用，理應包括進項稅額的全額費用。《國家稅務總局、鐵道部關于鐵路貨運憑證印花稅若干問題的通知》(國稅發〔2006〕101號)第二條規定，鐵路貨運運費結算憑證為印花稅應稅憑證，包括：1.貨票(發站發送貨物時使用)。2.運費雜費收據(到站收取貨物運費時使用)。3.合資、地方鐵路貨運運費結算憑證(合資鐵路公司、地方鐵路單獨計算核收本單位管內運費時使用)。上述憑證中所列運費為印花稅的計稅依據，包括統一運價運費、特價或加價運費、合資和地方鐵路運費、新路均攤費、電力附加費。對分段計費一次核收運費的，以結算憑證所記載的全程運費為計稅依據;對分段計費分別核收運費的，以分別核收運費的結算憑證所記載的運費為計稅依據。因此，貨物運輸合同印花稅的計稅依據為取得的運費金額，不包括裝卸費金額。

運輸合同的印花稅是按運輸費用0.5‰貼花，納稅人是立合同人，也就是合同的雙方當事人都需要繳納印花稅。

例如公司采購貨物支付運費1萬元，承運人開來1萬元運費發票結賬，他在開票時已向稅務局交了5元印花稅。雙方都需要交這筆運費的印花稅，印花稅金額為5元。

擴展資料：

印花稅的稅目，指印花稅法明確規定的應當納稅的項目，它具體劃定了印花稅的征稅范圍。一般地說，列入稅目的就要征稅，未列入稅目的就不征稅。印花稅共有13個稅目。

印花稅的稅率設計，遵循稅負從輕、共同負擔的原則。所以，稅率比較低；憑證的當事人，即對憑證有直接權利與義務關系的單位和個人均應就其所持憑證依法納稅。

印花稅的稅率有2種形式，即比例稅率和定額稅率。

印花稅以應納稅憑證所記載的金額、費用、收入額和憑證的件數為計稅依據，按照適用稅率或者稅額標準計算應納稅額。

應納稅額計算公式：

應納稅額=應納稅憑證記載的金額（費用、收入額）×適用稅率

應納數額=應納稅憑證的件數×適用稅額標準

印花稅實行由納稅人根據規定自行計算應納稅額，購買并一次貼足印花稅票（以下簡稱貼花）的繳納辦法。

印花稅還可以委托代征,稅務機關委托經由發放或者辦理應稅憑證的單位代為征收印花稅稅款。

參考資料：印花稅_百度百科