公司債務轉讓的處理：
(一)標的公司欠股東借款的債權。標的公司在存續期間，因經營需要或自身向金融機構貸款有難度等原因，由股東以借款形式提供資金支持。現股東轉讓公司股權，可同時以債權人的身份提出受讓條件，即股權捆綁債權一并轉讓，要求受讓方在受讓公司股權支付價款的同時，向標的公司提供資金償還欠原股東的債務。也就是說，受讓方成為新股東的同時，成為對標的公司借款的債權人。
(二)股東欠標的公司借款的債務。股東占用標的公司資金的情形時有發生，但在股權轉讓時應當了斷。此款項的法律關系中，標的公司是債權人，股東是債務人。股東轉讓公司股權時，應當明確告知意向受讓人存有債務清償問題，處理的辦法是事先作出承諾，并在結算轉讓價款時一并償還。

法律依據:
《中華人民共和國民法典》 第五百五十一條 債務人將債務的全部或者部分轉移給第三人的，應當經債權人同意。債務人或者第三人可以催告債權人在合理期限內予以同意,債權人未作表示的，視為不同意。

公司債務轉讓糾紛可以通過協商和解，仲裁，訴訟等方式處理。當事人可以先進行協商協商不成的可以申請仲裁，沒有約定仲裁條款也無法達成一致的還可以訴訟，請求人民法院保護其合法權利。
【法律依據】
《民事訴訟法》第一百一十九條
起訴必須符合下列條件：
（一）原告是與本案有直接利害關系的公民、法人和其他組織；
（二）有明確的被告；
（三）有具體的訴訟請求和事實、理由；
（四）屬于人民法院受理民事訴訟的范圍和受訴人民法院管轄。
第一百二十條
起訴應當向人民法院遞交起訴狀，并按照被告人數提出副本。
書寫起訴狀確有困難的，可以口頭起訴，由人民法院記入筆錄，并告知對方當事人。