應當依據當時的合同起訴，對賬單屬于證據。
所謂的訴訟時效，是民法中的一項基本制度，即訴訟時效期間屆滿，權利人的權利本身雖還存在，但訴權歸于消滅，當事人的請求再不受人民法院的支持，即所謂“喪失勝訴權”。我國《民法通則》規定，向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為2年，從當事人知道或者應當知道權利被侵害時起計算。這一制度既尊重了當事人的意思自治，又維護了已有的生活秩序和既成的交易安全，其實質是對民事權利的限制。
但是這種限制，不是絕對的和僵死的，必須具有其法律的正當性。《民法通則》規定的時效雖然僅有2年，但同時規定，訴訟時效可以因提起訴訟、當事人一方提出要求或者同意履行義務而中斷。從中斷時起，訴訟時效期間重新計算。2008年9月1日，最高人民法院又頒布《關于審理民事案件適用訴訟時效制度若干問題的規定》。在不違背基本法理的情況下，作出有利于權利人的理解，同時對訴訟時效障礙事由的認定進行了合法的擴張解釋。
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一種意見認為，訴訟時效期間應從權利人主張權利時起算。因為民法通則第一百三十七條規定：“訴訟時效期間從知道或者應當知道權利被侵害時計算。”沒有約定履行期限的債權關系中，權利人隨時可以主張權利，權利人未曾主張權利，不能認為他的權利受到侵害，也不能認為義務人侵害了他的權利。另一種意見認為，訴訟時效應從債權關系發生時起計算。因為在沒有約定履行期限的債權關系中，權利人可以隨時主張權利，如果權利人長期不主張權利，訴訟時效期間就長期不開始，則有悖于建立訴訟時效制度的根本目的。

欠債超過三年了還能起訴。對超過訴訟時效的借款，仍然可以起訴，只是如果被告抗辯已經超過訴訟時效，法院將判決敗訴。對超過訴訟時效的借款，仍然可以起訴，如果開庭時被告沒有到庭，雖已超過訴訟時效，但被告沒有以此抗辯，法院仍然會支持訴訟請求。

借條的有效期是多久
借條的有效期是指借條的訴訟時效，借條的訴訟時效不影響借條本身的效力。只要是合法簽訂的真實有效的借條無論多久，借條本身都是有效的。時間只是確保是否超過了訴訟時效，是否會得到法律的保護問題。
關于借條的訴訟時效，與民間借貸的訴訟時效一樣要看是否約定了還款時間，如果寫明了還款日期，那么訴訟時效就從還款日期的次日起計算三年。如果沒有約定歸還時間，則最長訴訟時效為20年。

超出了借條的訴訟時效的處理辦法：
1、超過訴訟時效期間，盡量考慮通過友好協商，促進當事人雙方就原借條、欠條達成的還款協議。如果當事人雙方就原債務達成還款協議，該還款協議屬于新的債權、債務關系，該還款協議應受法律保護。
2、如果超過訴訟時效，當事人雙方無法協商的，債權人一方可以考慮向對方發出催收到期款項通知單。如果債務人在通知單上簽字或者蓋章的，應當視為對原債務的重新確認，該債權債務關系應受法律保護。

綜上所述是小編對公司債務超過三年了還能起訴嗎做出的相關回答，希望可以幫助到您

【法律依據】：
《中華人民共和國民法典》第一百八十八條
向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，依照其規定。
訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。法律另有規定的，依照其規定。但是，自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。