酒店未入住退房收取違約金是否合理，要看具體情況。
如果超過了酒店規定的退房期限，收取一定的違約金是正常的。但如果未超過退房的期限，就不應當收取違約金。
總的來說，是否合理需要根據具體情況來看。

這要看合同的約定，如果合同約定違約金為1000元，那你提前解除合同屬于違約行為，公司扣除1000元違約金就是合法的。如果合同約定的違約金低于1000元，公司應將超出部分返還。如果合同未約定違約金，你應承擔因提前解約給對方造成的損失。所以，你可以要求公司提供你提前解除合同對其造成損失的證明，如果不能認識一致，可以向勞動仲裁機構申請仲裁。