合作合同糾紛是指在合作合同的履行過程中，由于各種原因導致雙方之間產生了糾紛。在處理合作合同糾紛時，應該遵循以下幾個步驟：
1.協商解決
首先，雙方應該通過協商的方式解決糾紛。協商是解決合同糾紛的最基本、最常見的方式。在協商過程中，雙方應該坦誠相待，積極溝通，尋求共同的解決方案。
2.調解解決
如果協商無法解決糾紛，雙方可以通過調解的方式解決。調解是一種非訴訟的解決糾紛的方式，可以通過中介機構或者專業的調解員進行調解。調解的優點是速度快、費用低、保密性好。
3.仲裁解決
如果調解無法解決糾紛，雙方可以通過仲裁的方式解決。仲裁是一種非訴訟的解決糾紛的方式，可以通過仲裁機構進行仲裁。仲裁的優點是速度快、費用相對較低、保密性好。但是，仲裁的結果是具有法律效力的，雙方必須遵守仲裁結果。
4.訴訟解決
如果以上三種方式都無法解決糾紛，雙方可以通過訴訟的方式解決。訴訟是一種正式的解決糾紛的方式，需要通過法院進行審理。訴訟的優點是結果具有法律效力，可以強制執行。但是，訴訟的缺點是費用高、時間長、程序繁瑣。
在處理合作合同糾紛時，雙方應該根據具體情況選擇合適的解決方式。同時，為了避免合作合同糾紛的發生，雙方在簽訂合同時應該明確條款、約定權責、規避風險，以保證合同的順利履行。
【法律依據】：
《中華人民共和國合伙企業法》第五百九十三條當事人一方因第三人的原因造成違約的，應當依法向對方承擔違約責任。當事人一方和第三人之間的糾紛，依照法律規定或者按照約定處理。
《中華人民共和國合伙企業法》第六百八十八條當事人在保證合同中約定保證人和債務人對債務承擔連帶責任的，為連帶責任保證。
連帶責任保證的債務人不履行到期債務或者發生當事人約定的情形時，債權人可以請求債務人履行債務，也可以請求保證人在其保證范圍內承擔保證責任。
《中華人民共和國合伙企業法》第六百八十七條當事人在保證合同中約定，債務人不能履行債務時，由保證人承擔保證責任的，為一般保證。
一般保證的保證人在主合同糾紛未經審判或者仲裁，并就債務人財產依法強制執行仍不能履行債務前，有權拒絕向債權人承擔保證責任，但是有下列情形之一的除外：
（一）債務人下落不明，且無財產可供執行；
（二）人民法院已經受理債務人破產案件；
（三）債權人有證據證明債務人的財產不足以履行全部債務或者喪失履行債務能力；
（四）保證人書面表示放棄本款規定的權利。