發生了林地合同糾紛后，首先應去當地人民政府的林業主管機關申請調查處理，其次是根據合同約定提起仲裁或向法院提起訴訟。
　　
　　《林木林地權屬爭議處理辦法》（中華人民共和國林業部）
　　第三條 處理林權爭議，應當尊重歷史和現實情況，遵循有利于安定團結，有利于保護、培育和合理利用森林資源，有利于群眾的生產生活的原則。
　　第四條 林權爭議由各級人民政府依法作出處理決定。
　　林業部、地方各級人民政府林業行政主管部門或者人民政府設立的林權爭議處理機構（以下統稱林權爭議處理機構）按照管理權限分別負責辦理林權爭議處理的具體工作。
　　第五條 林權爭議發生后，當事人所在地林權爭議處理機構應當及時向所在地人民政府報告，并采取有效措施防止事態擴大。
　　在林權爭議解決以前，任何單位和個人不得采伐有爭議的林木，不得在有爭議的林地上從事基本建設或者其他生產活動。
　　第十三條 林權爭議發生后，當事人應當主動、互諒、互讓地協商解決。經協商依法達成協議的，當事人應當在協議書及附圖上簽字或者蓋章，并報所在地林權爭議處理機構備案；經協商不能達成協議的，按照本辦法規定向林權爭議處理機構申請處理。
　　第十四條 林權爭議由當事人共同的林權爭議處理機構負責辦理具體處理工作。
　　第十五條 申請處理林權爭議的，申請人應當向林權爭議處理機構提交《林木林地權屬爭議處理申請書》。
　　《林木林地權屬爭議處理申請書》應當包括以下內容：
　　（一）當事人的姓名、地址及其法定代表人的姓名、職務；
　　（二）爭議的現狀，包括爭議面積、林木蓄積，爭議地所在的行政區域位置、四至和附圖；
　　（三）爭議的事由，包括發生爭議的時間、原因；
　　（四）當事人的協商意見。
　　《林木林地權屬爭議處理申請書》由省、自治區、直轄市人民政府林權爭議處理機構統一印制。
　　第十六條 林權爭議處理機構在接到《林木林地權屬爭議處理申請書》后，應當及時組織辦理。
　　第十七條 當事人對自己的主張應當出具證據。當事人不能出具證據的，不影響林權爭議處理機構依據有關證據認定爭議事實。
　　第十八條 林權爭議經林權爭議處理機構調解達成協議的，當事人應當在協議書上簽名或者蓋章，并由調解人員署名，加蓋林權爭議處理機構印章，報同級人民政府或者林業行政主管部門備案。
　　第十九條 林權爭議經林權爭議處理機構調解未達成協議的，林權爭議處理機構應當制作處理意見書，報同級人民政府作出決定。
　　處理意見書應當寫明下列內容：
　　（一）當事人的姓名、地址及其法定代表人的姓名、職務；
　　（二）爭議的事由、各方的主張及出具的證據；
　　（三）林權爭議處理機構認定的事實、理由和適用的法律、法規及政策規定；
　　（四）處理意見。
　　第二十條 當事人之間達成的林權爭議處理協議或者人民政府作出的林權爭議處理決定，凡涉及國有林業企業、事業單位經營范圍變更的，應當事先征得原批準機關同意。
　　第二十一條 當事人之間達成的林權爭議處理協議，自當事人簽字之日起生效；人民政府作出的林權爭議處理決定，自送達之日起生效。
　　第二十二條 當事人對人民政府作出的林權爭議處理決定不服的，可以依法提出申訴或者向人民法院提起訴訟。

一、農村承包土地糾紛案件的特點
(一)成訟時間上的集中性
一方面，由于農作物的種植與收獲受自然規律的制約和影響，90%以上的農村土地承包糾紛案件當事人往往選擇在農閑季節提起訴訟，因此往往集中在每年的秋收后和春播前。相對于其他方式承包的農村土地承包糾紛案件，家庭承包方式承包的農村土地承包糾紛在成訴的季節性尤為明顯。另一方面，從農村土地承包制度的歷史發展進程看，國家政策一直起到主導作用，相關立法只是將執政黨的意識上升為國家意識，使政策得到進一步的鞏固。因此，國家農村土地政策做出重大調整前后，也是農村土地承包糾紛案件集中發生的時期。如國家出臺“一免兩補”土地政策后，發包方起訴承包方要求解除合同和承包方起訴發包方要求繼續履行合同的大批糾紛訴至法院。
(二)訴訟主體上的群體性
作為農業大省，黑龍江省農業人口總數為1191萬，農業人口比例高達45.8%。但相當一部分農業人口在一系列惠農政策出臺前，因經營土地成本高、收益低而外出謀生。國家從收取“兩金一費”即公積金、公益金和管理費，調整為統一征收農業稅，再調整為免征農業稅，糧食直補、良種補貼并實行糧食收購最低保護價后，農民經營土地的成本減少，收益顯著提高。大批外出務工的農民紛紛要求回鄉務農。部分糾紛中，發包方違約明顯，承包方證據充分，勝訴率高，承包方往往選擇共同訴訟。還有很多案件，起訴時僅僅是個別村民提起訴訟，但涉及問題卻牽扯到其他村民或全體集體經濟組織成員的群體利益，相當一批農戶持觀望態度。一個案件處理不當，往往引起連鎖反應，波及整個村莊甚至鄉鎮。另外，受傳統法律文化影響，農戶們往往愿意憑借人多勢眾，甚至集體上訪，贏得法院更多的理解和社會輿論的支持。
(三)糾紛類型上的多樣性
長期以來，我國的農村經濟發展模式較為單一，但是隨著社會主義市場經濟體制的逐漸完善和新農村建設的不斷深入，農村經濟發展呈現出多元、快速發展態勢，農村土地承包也隨之在承包主體、承包方式和權利義務內容方面體現出多樣性。2003年3月1日施行的《中華人民共和國農村土地承包法》，以法律的形式明確了土地承包、流轉、承包人的權利義務、發包人的權利義務、救濟方式和法律責任。首先，就承包土地的權屬而言，既有農民集體所有的土地，也有國家所有、依法由農民集體使用的土地，還有權屬不明的土地。從承包土地的使用狀況而言，既有耕地，也有林地、草地。從承包者的身份而言，除集體經濟組織內部的農戶外，還有外來人員以招標、拍賣、協商等其他方式進行的承包經營，且承包面積較大，贏利性明顯。糾紛類型除了常見的外出打工農民回鄉要地、出嫁女回原住所地要地及相鄰農戶之間爭地等糾紛外，還如，有的農戶因舉家搬遷到小城鎮，將所承包土地連同附著房屋一并轉讓他人，但未辦理土地承包經營權變更登記手續，后又反悔，要求受讓人返還承包地，但不要求返還房屋。有的農戶承包土地后又進行轉包，在轉包合同到期后，次承包人主張優先承包權。有的承包合同經鄉土地糾紛仲裁機構裁決予以解除，村委會在承包方未退出承包地之前，又將爭議土地另行發包，現承包戶因權利受損，起訴發包方和原承包戶要求村委會履行合同、原承包戶退出土地，產生合同之訴與侵權之訴的競合。有的農戶先起訴調整轉包費，經法院判決支持后，次承包人不履行法院生效判決，該農戶又另行起訴請求解除轉包合同。有的農戶在二輪土地承包時口頭放棄承包經營權或棄耕撂荒，村委會將上述土地另行發包，后為滿足該農戶的要地請求，村委會又在其他農戶的承包地中為其調劑，但其他農戶拒不接受調劑而引發糾紛等等。
二、農村承包土地糾紛如何處理
1、公正及時地審理每一件案件，對侵權事實清楚的及時受理，予以支持。要保護合法有效的合同，支持承包人依法經營土地，對違法破壞他人土地承包經營權的人，要依法給予制止和制裁;對擅自毀約，終止合同的當事人要依法追究其責任，足額賠償給相對人造成的損失。審理過程要強調速度，盡快審理，盡早將當事人從訴訟中解放出來，不誤農活，保證生產。
2、對土地流轉糾紛。如轉包、出租、互換、轉讓，其他指荒山、荒溝、荒丘、荒灘等地，可通過招標、拍賣，公開協商等方式承包。要在自愿平等，不變更土地性質，同等條件下本集體組織成員有優先權承包權的基礎上進行，達到公平公正。
3、針對外出打工后，將地交給他人耕種發生的糾紛。原則上保護承包人的權利。
4、承包合同糾紛，此類糾紛很少簽訂合同。依照《中華人民共和國土地承包法》第23條規定之規定，處理時有合同的依合同辦事，無合同的看是否實際取得土地承包權，已取得的受法律保護。按照《土地承包法》第23條之規定，承包合同簽訂后，縣級以上地方人民政府應當向承包方頒發土地承包經營權證或者林權證等證書，并登記造冊，確認土地承包經營權。
5、關于出稼女承包權問題。目前農村存在著一些農家女出嫁后，居委會或村民小組收回其承包土地引發糾紛，針對此類問題糾紛，處理上應按照《土地承包法》第27條之規定處理，承包期內，對個別農戶之間承包耕地需要適當調整的，必須經本集體經濟組織成員的村民會議三分之二以上成員或者三分之二以上村民代表的同意，并報鄉(鎮)人民政府農業等行政主管部門批準。承包合同中約定不得調整的，按照其約定《土地承包法》第30條之規定，承包期內，婦女結婚，在新居住地未取得承包地的，發包方不得收回其原承包地;婦女離婚或者喪偶，仍在原居住生活或者不在原居住地生活但在新居住未取得承包的地，發包方不得收回其原承包地。因此，嚴格按照《土地承包法》辦事，是減少此類糾紛的有效方法。
6、引入情勢變更原則，公正界定當事人之間的權利義務，增強審判的社會效果。對歷史的原因或政策性原因引起的合同，不能簡單地以簽訂合不完全符合法律規定、權利義務失衡為由宣布無效，造成高成本的善后處理工作的發生，應該以促進生產、承認有效為原則，保護合同的履行，維護土地生產現狀，不中斷、不損害土地生產。為救濟合同中的權利義務失衡現象，適用合同法中的公平原則，可以情勢變更為理由，調整承包期限，變動承包金數額，以化解矛盾，消除糾紛。
7、加強訴訟調解，力促社會和諧。在處理過程中，要堅持調解主導訴訟，多做說服教育疏導工作，爭取當事人在友好協商、平等談判中共同尋求解決糾紛的方法。要充分發揮農村優秀傳統文化的教化引導作用，利用老長輩、老黨員、老干部的力量參與支持調解，以靈活有效的措施解決糾紛。
8、積極開展法制宣傳，著力提高農群眾法制意識，增強他們走依法處理各種矛盾和糾紛的能力。對于基層人民法院，特別是人民法庭要將司法的被動性與能動性有機結合起來，開展巡回審理，堅持送法上門，把庭審建設成為普法的“橋頭堡”，通過審結一案，教育一方的方法，向人民群眾輸送法制意識和法律知識，提高農村土地承包活動的規范性，保證土地生產順利進行。