依法行使農業行政處罰權，是法律法規賦予各級農業行政管理機關的神圣職責，是依法管理農業的重要體現，也是取信于民的基本要求。行使農業行政處罰權應當做到主體明確、事實清楚、程序合法、適法無誤、公正合理。
一、主體明確。主體明確是行政處罰的首要問題，必須把好主體關口。
1、行政處罰的主體明確。行使農業行政處罰的主體有兩類，一是農業行政管理機關，二是法規授權的組織。縣(區)以上農業行政管理部門是農業行政處罰的主體機關，市植物檢疫站、市獸醫衛生監督檢驗所按照法規授權，在法定職權范圍內行使行政處罰權，并對實施行政處罰的后果承擔法律責任。
2、申辯、復議、訴訟、的主體要明確。行政相對人認為行政處罰侵犯其合法權益，有依法提出聽證、申請復議、提起訴訟、要求賠償的權利。對農業行政管理機關實施行政處罰不服，有向作出處罰的上級機關提起行政復議，行政訴訟是人民法院對行政處罰進行司法審查，當事人雙方法律地位是平等的。提起訴訟由最初作出行政處罰的農業行政機關所在地人民法院管轄，經過復議改變行政處罰行為，復議機關是被告；復議機關維持行政處罰決定，作出行政處罰的農業行政機關、法規授權的組織是被告，受委托組織作出的行政處罰，委托的行政機關是被告。
3、依法行使處罰權。執法主體行使農業行政處罰權必須注意兩點：要有處罰權限，法無授權不得執行，法有授權必須執行；法律法規條款中有明確規定的，應依法歸口負責。不能逾越法定權限，包括執法手段、處罰程度和處罰時間均不能越權；例如《種子法》第九章第五十五條“農業、林業行政主管部門是種子行政執法機關”，其他政府部門對種子實施行政處罰就超越了執法權限。
二、事實清楚。違法行為人的違法事實清楚，才能依法給予行政處罰。認定“事實清楚”必須把握同時具備的三個條件：
1、必須符合合法有效的農業法律法規所確定的法定事實。一是指證一個違法事實時，證據必須同時符合客觀性、關聯性、合法性要求，使每一個證據都是定案的證據，使認定的違法事實證據確鑿。為此，要對案件情況進行全面、客觀、公正的調查，認真收集書證、物證、視聽資料、證人證言和當事人陳述、鑒定結論、勘驗記錄和現場筆錄等證據，形成嚴密的證據鏈。二是行政機關作出行政處罰的文書也是證據，所以制作《行政立案審批表》、《案件處理意見書》、《違法行為處理通知書》、《行政處罰聽證會通知書》、《行政處罰聽證會報告書》、《行政處罰決定書》、《強制執行申請書》、《行政處罰結案報告》的時間要符合法定要求，內容順序要合法，《行政處罰文書送達回證》必須有當事人或證明人簽字等。
2、要符合行政處罰的特殊條件。例如農藥管理條例第七章第四十條第四款“不按照國家有關農藥安全使用的規定使用農藥的，根據所造成的危害后果，給予警告，可以并處3萬元以下的罰款”。在這里特定條件是“使用者違反使用規程，造成危害的后果”。另外第四十三條“生產、經營假農藥的，情節嚴重的，由農業行政主管部門吊銷農藥登記證或者農藥臨時登記證”。“情節嚴重”是特殊條件，此類特殊條件在一定情況下才具備，達不到法定范圍的就不能施予相應的行政處罰。
3、對相對人實施行政違法行為的追究，應在追究的有效時限以內。農業法律法規違法行為的追究時限作出明確的規定，要嚴格執行，《行政處罰法》第四章第二十九條第一款“違法行為在兩年內未被發現的，不再給予行政處罰。”例如農民購買農作物種子以后，在農作物收獲時，經驗證是種子問題，仍然要依法追究生產者或經營者的違法行為。
三、程序合法。1996年10月1日，國家頒布了《中華人民共和國行政處罰法》，對行政處罰程序作了嚴格明確的規定。違反程序就是違法。應著重作好以下六點：
1、要符合法定的程序種類。《農業行政處罰程序規定》把行政處罰的程序分為簡易程序、一般程序和聽證程序三種，對各種程序的適用條件作了明確的規定。因此，農業行政處罰機關或法規授權的組織對違法行為人實施行政處罰，應選擇執行處罰程序的種類并根據違法行為的程度、情節以及單列行政法規的有關規定對照程序適用條款實施行政處罰。例如《農業行政處罰程序規定》第三章第一節第十八條“違法事實確鑿并有法定依據，對公民處以50元以下、對法人或者其他組織處以1000元以下罰款或者警告的行政處罰的，可以當場作出農業行政處罰決定。”而行政處罰超過對公民處以50元或對法人、其他組織的行政處罰超過1000元就要使用一般程序。《肥料管理辦法》第五章罰則第二十七條和第二十八條規定的行政處罰種類只有警告、罰款；《種子法》第十章第五十九條至六十七條沒有進行簡易處罰程序的條件。除警告外執行行政處罰均應采用一般程序。從以上情況可以看出行使農業行政處罰大部分應使用一般處罰程序。
2、要符合行政處罰有關調查、聽證的規定。主要包括調查人員兩人以上，認真做好書證、物證等取證工作。有直接利害關系的不得進行執法調查、聽證，調查人員不得主持聽證等。
3、要符合法定的步驟。從報批、立案、調查取證到作出處罰決定和送達，步驟不能少，不能顛倒，必須做到規范化。例如行政處罰的簡易程序，向當事人亮證執法，表明身份(必須在詢問筆錄中記述清楚，要有當事人的簽字)；指出當事人的違法行為；說明給予行政處罰的理由、法律依據要明確到法規的條款；進行現場取證，做好行政處罰的準備工作，這是實施簡易程序的重要步驟，是實施行政處罰的必經程序；制作《行政處罰(當場)決定書》，載明違法行為、處罰依據、罰款數額、時間、地點、行政機關名稱、執法人員的簽名等，這是行政處罰的事實結果；當場執行行政處罰要符合當場收罰款的條件，并出具財政部門統一的行政罰款收據，這是農業行政機關行使行政處罰權的內部要求。給予警告或者罰款后，必須告知被處罰人依法享有陳述、申辯和提出行政復議、行政訴訟的權利。在一般程序中，除依法可以當場決定行政處罰的，執法人員發現公民、法人或者其他組織有違法行為依法應當給予行政處罰的，應當填寫《行政處罰立案審批表》，并報行政機關負責人批準，符合條件的，應在7日內予以立案。只要立案就要嚴格按照一般處罰程序執行。
4、要符合法定方式。調查、談話、取證、采取措施等方式應當符合法定要求。例如：詢問筆錄要有被詢問人的簽名或者蓋章；勘驗檢查時要請在場的人見證；對證據的保存要經過行政機關負責人批準；抽樣取證要有當事人在場；對違法事實確鑿的違法行為制作《案件處理意見書》，經審查后，方可制作《違法行為處理通知書》；當事人在收到通知書之日起3日內進行陳述或者依據法定條件組織聽證；農業行政處罰機關負責人要對案件調查材料、當事人陳述和申辯材料、聽證會筆錄和聽證會報告書進行審查，認為違法事實清楚、證據確鑿的案件，根據情節輕重作出行政處罰決定。特別注意的是在一般處罰程序中，要依法組織行政處罰聽證程序，《山東省行政處罰聽證程序實施辦法》第二條規定：“對公民處以五百元以上罰款，對法人或其他組織處以二萬元以上罰款”要使用法定的聽證程序，缺少這個環節，行政執法無效。
5、要符合法定的形式。不論適用哪一種處罰程序均應有一定的法定形式。要統一使用山東省農業行政執法文書，并編號、備案，這樣文書的格式才能符合法定的要求。
6、要符合法定的時間要求。行政處罰程序中對各階段的時間要求非常嚴格，必須認真掌握好。例如《農業行政處罰程序規定》第二十二條規定“填寫《行政處罰立案審批表》，應當在7日內予以立案。”也就是填寫行政處罰立案審批表的時間與立案的時間超過7日，處罰就違反了處罰程序。農業《行政處罰決定書》應當在宣告后當場交付被處罰人，應當在7日內送達被處罰人。這個時間是當事人簽字的日期；當事人要求聽證的，應當在收到《違法行為處理意見書》之日起3日內以書面方式向聽證組織機關提出，超過3日視為放棄這個權力。農業法律法規中，對時間的裁定，要按照《民事訴訟法》的要求，起止日不在法定時間以內。行政處罰程序要求實施行政處罰必須“程序合法”，這對各級農業行政主管機關正確行使農業行政處罰權提出了較高的要求。
四、適法無誤。農業行政處罰所適用的法律法規應當合法有效、確實具體和全面充分。主要把握好以下三條：
1、法律法規的選擇必須合法有效。為了適應國際慣例，國家對部分農業法律法規進行相應的修改或新規定，必須執行最新法規，及時禁用被廢止的法規條款。
2、法律法規的適用必須確切具體、全面充分。對同一違法行為實施行政處罰，有時需要使用多項條款，對個別的違法行為可能還應使用其他法律法規規范的相應條款，包括同一層次的法律規范或不同層次的法規規范，可能還要包括法律法規的總則規定和分則規定。例如《行政處罰法》第二十三條關于實施處罰責令改正違法行為的規定，它適用于所有違反行政法律法規規范應受行政處罰的行為，凡是依法給予行政處罰的案件，均應同時責令違法行為人改正或限期改正違法行為。
3、使用法規的規范條款，必須防止技術性錯誤。既在行政執法文書的起草、抄寫、打印和校對環節，必須認真審查，尤其是在時間、證據、程序等方面要符合法律法規的規定。處罰決定要合法，“程序合法，內容也要合法”。例如：《植物檢疫條例》第七章獎勵和處罰第二十四條第六款第二項“罰款按照以下標準執行：對于非法經營活動中的違法行為，處以1000元以下罰款；對于經營活動中的違法行為，有違法所得的，處以違法所得3倍以下罰款，但最高不得超過30000元；沒有違法所得的，處以10000元以下罰款”。這個條款列出的“非法經營活動中”和“經營活動中”的違法行為是完全不同的概念，在技術上要認真加以區分，對經營活動中的違法行為有違法所得的實施行政處罰。在處罰的條件和數額上要符合法律法規中的規定，超過或低于法律法規中規定的處罰條件和數額也是違法。
五、公正合理。農業行政機關實施行政處罰必須做到“公正合理”，實施行政處罰的核心是防止處罰顯失公正。要把握好以下兩個方面：
1、掌握好“一事不再罰”和“處罰從輕、減輕和免除處罰”的原則。《行政處罰法》第二十四條規定“對當事人的同一違法行為，不得給予兩次以上罰款的行政處罰”；第四章第二十七條第一款“當事人有下列情形之一的，應當依法從輕或者減輕行政處罰”；第二款“違法行為輕微并及時糾正，沒有造成危害后果的，不予行政處罰”。以上規定包括了以下含義：一個行政機關對同一個違法行為不得給予兩次以上的處罰；兩個行政機關對同一個違法行為都有處罰權，其中一個機關已經給予處罰的，另一個行政機關不得以任何理由或事實再給予處罰；一個違法行為違反了兩個以上法律規范，依法分別由兩個以上行政機關給予行政處罰的，一個行政機關已經給予處罰，其他行政機關就不得再給予行政處罰。另外“從輕處罰”是選擇較輕的處罰種類或選擇處罰幅度較底的處罰；“減輕處罰”是在法定的處罰種類和處罰幅度的最低限以外進行處罰，程序上界乎從輕處罰和免除處罰之間。當然要堅持“過罰相當”的原則，對于有些法定只能從輕處罰的就不能給予減輕處罰，更不能免除處罰，必須體現行政處罰的強制性。
2、防止濫用職權，要相對集中行政處罰權。集中行使行政處罰權是防止濫用職權的措施之一，是將由幾個分別承擔農業行政執法單位(組織)的處罰權統一由一個行政機關對違法行為進行處罰，減少行政處罰權分散造成的扯皮現象，避免不必要的輪番檢查、重復處罰的問題。農業行政執法是在明確行政處罰的法律法規目的、法律授權目的的基礎上秉公執法，必須堅持“處罰與教育相結合”的原則，正確適用行政裁量權，做到“公正、合法、合理”，既要有法律法規的目的效益，又要取得廣泛的社會效益，實現依法規范。
農業行政管理部門，承擔國家幾十個法律法規的貫徹落實，近幾年，農業行政處罰權得到加強，農業綜合執法逐步走上規范化發展道路。加入WTO以后，使用農業行政處罰權不僅要符合國家法律法規的規定，也要符合國際慣例，這對農業行政處罰“平等、規范、嚴謹”提出更高要求。正確行使農業行政處罰權要緊緊圍繞減輕農民負擔、確保農業增效、農民增收這個中心，不斷總結經驗，積極研究探討，切實發揮農業行政執法在農業農村經濟發展過程中的作用。

行政案件可分為行政復議案件和行政訴訟案件，以下簡要介紹行政復議程序和行政訴訟程序。
行政復議由行政機關受理。一般由原行政機關的上級機關受理，特殊情況下，由本級行政機關受理。行政機關處理行政爭議屬于行政行為的范圍，應當適用行政復議法。行政復議適用行政復議程序。
一、行政訴訟由法院受理
人民法院處理行政訴訟案件屬于司法行為，適用行政訴訟法；行政訴訟適用行政訴訟程序。
行政訴訟案件立案范圍及程序1、人民法院受理公民、法人和其他組織對下列具體行政行為不服提起的訴訟：（1）對拘留、罰款、吊銷許可證和執照、責令停產停業、沒收財物等行政處罰不服的；
（2）對限制人身自由或者對財產的查封、扣押、凍結等行政強制措施不服的；（3）認為行政機關侵犯法律規定的經營自主權的；（4）認為符合法定條件申請行政機關頒發許可證和執照，行政機關拒絕頒發或者不予答復的；（5）申請行政機關履行保護人身權、財產權的法定職責，行政機關拒絕履行或者不予答復的；（6）認為行政機關沒有依法發給撫恤金的；（7）認為行政機關違法要求履行義務的；（8）認為行政機關侵犯其他人身權、財產權的。
2、人民法院受理法律、法規規定可以提起訴訟的其他行政案件。
3、人民法院不受理公民、法人或者其他組織對下列事項提起的訴訟：（1）國防、外交等國家行為；（2）行政法規、規章或者行政機關制定、發布的具有普遍約束力的決定、決議、命令；（3）行政機關對行政機關工作人員的獎懲、任免等決定；（4）法律規定由行政機關最終裁決的具體行政行為。4、提起行政訴訟應當符合下列條件：（1）原告是認為具體行政行為侵犯其合法權益的公民、法人或者其他組織；（2）有明確的被告；（3）有具體的訴訟請求和事實根據；（4）屬于人民法院受案范圍和受訴人民法院管轄。
人民法院受理后，二審終審，按照訴訟程序進行。
二、行政復議的具體程序分為申請，受理、審理、決定四個步驟：
（一）申請
1、申請時效。申請人申請行政復議，應當在知道被申請人行政行為作出之日起60日內提出（法律另有規定的除外）。因不可抗力或者其他正當理由耽誤法定申請期限的，申請期限自障礙消除之日起繼續計算。
2、申請條件。（1）申請人是認為行政行為侵犯其合法權益的相對人；（2）有明確的被申請人；（3）有具體的復議請求和事實根據；（4）屬于依法可申請行政復議的范圍；（5）相應行政復議申請屬于受理行政復議機關管轄；（6）符合法律法規規定的其他條件。
3、申請方式。申請人申請行政復議，可以書面申請，也可以口頭申請；口頭申請的，行政復議機關應當當場記錄申請人的基本情況、行政復議請求、申請行政復議的主要事實、理由和時間。
4、行政復議申請書。申請人采取書面方式向行政復議機關申請行政復議時，所遞交的行政復議申請書應當載明下列內容：
（1）申請人如為公民，則為公民的姓名、性別、年齡、職業、住址等。申請人如為法人或者其他組織，則為法人或者組織的名稱、地址、法定代表人的姓名；
（2）被申請人的名稱、地址；
（3）申請行政復議的理由和要求；
（4）提出復議申請的日期。
（二）受理
行政復議機關收到行政復議申請后，應當在5日內進行審查，對不符合行政復議法規定的行政復議申請，決定不予受理，并書面告知申請人；對符合行政復議法規定，但是不屬于本機關受理的行政復議申請，應當告知申請人向有關行政復議機關提出。除上述規定外，行政復議申請自行政復議機構收到之日起即為受理。公民、法人或者其他組織依法提出行政復議申請，行政復議機關無正當理由不予受理的，上級行政機關應當責令其受理；必要時，上級行政機關也可以直接受理。行政復議期間具體行政行為不停止執行。
（三）審理
1、審理行政復議案件的準備。（1）送達行政復議書副本，并限期提出書面答復。行政復議機構應當自行政復議申請受理之日起7日內，將行政復議申請書副本或者行政復議申請筆錄復印件發送被申請人。被申請人應當自收到申請書副本或者行政復議申請筆錄復印件之日起10日內，向行政復議機關提出書面答復，并提交當初作出具體行政行為的證據、依據和其他有關材料。（2）審閱復議案件有關材料。行政復議機構應當著重審閱復議申請書、被申請人作出具體行政行為的書面材料（如農業行政處罰決定書等）、被申請人作出具體行政行為所依據的事實和證據、被申請人的書面答復。（3）調查取證，收集證據。（4）通知符合條件的人參加復議活動。（5）確定復議案件的審理方式。行政復議原則上采取書面審查的辦法，但是申請人提出要求或者行政復議機構認為有必要時，可以向有關組織和個人調查情況，聽取申請人、被申請人和第三人的意見。
2、行政復議期間原具體行政行為的效力。根據《行政復議法》的規定，行政復議期間原具體行政行為不停止執行。這是符合行政效力先定原則的，行政行為一旦作出，即推定為合法，對行政機關和相對人都有拘束力。但為了防止和糾正因具體行政行為違法給相對人造成不可挽回的損失，《行政復議法》規定有下列情形之一的，可以停止執行：（1）被申請人認為需要停止執行的；（2）行政復議機關認為需要停止執行的；（3）申請人申請停止執行，行政復議機關認為其要求合理，決定停止執行的；（4）法律規定停止執行的。
3、復議申請的撤回。在復議申請受理之后、行政復議決定作出之前，申請人基于某種考慮主動要求撤回復議申請的，經向行政復議機關說明理由，可以撤回。撤回行政復議申請的，行政復議終止。
（四）決定
1、復議決定作出時限。行政復議機關應當自受理行政復議申請之日起60日內作出行政復議決定；但是法律規定的行政復議期限少于60日的除外。情況復雜，不能在規定期限內作出行政復議決定的，經行政復議機關的負責人批準，可以適當延長，并告知申請人和被申請人；但是延長期限最多不超過30日。
2、復議決定的種類
（1）決定維持具體行政行為。具體行政行為認定事實清楚，證據確鑿，適用依據正確，程序合法，內容適當的，決定維持。
（2）決定撤消、變更或者確認原具體行政行為違法。有兩種情況：一是認為原行政行為認定的主要事實不清，證據不足，適用依據錯誤，違反法定程序，越權或者濫用職權，具體行政行為明顯不當的，決定撤消、變更或者確認該具體行政行為違法。二是被申請人不依法提出書面答復、提交當初作出具體行政行為的證據、依據和其他有關材料的，決定撤消。
（3）決定被申請人在一定期限內履行法定職責。有兩種情況：
一是拒絕履行。被申請人在法定期限內明確表示不履行法定職責的，責令其在一定期限內履行。
二是拖延履行。被申請人在法定期限內既不履行，也不明確表示履行的，責令其在一定期限內履行。
（4）決定被申請人在一定期限內重新作出具體行政行為。決定撤消或者確認該具體行政行為違法的，責令被申請人在一定期限內重新作出具體行政行為。
（5）決定賠償。行政復議機關在依法決定撤消、變更或者確認該具體行政行為違法時，申請人提出賠償要求的，應當同時決定被申請人依法給予賠償。
（6）決定返還財產或者解除對財產的強制措施。行政復議機關在依法決定撤銷或者變更罰款，撤銷違法集資、沒收財物、征收財物、攤派費用以及對財產的查封、扣押、凍結等具體行政行為時，應當同時責令被申請人返還財產，解除對財產的查封、扣押、凍結措施，或者賠償相應的價款。
3、對抽象行政行為的處理。申請人在申請行政復議時，對作出具體行政行為所依據的有關規定提出審查申請，或者行政復議機關認為具體行政行為依據不合法的，行政復議機關可依法作出：
（1）有權處理的，應當在30日內依法處理。
（2）無權處理的，應當在7日內按照法定程序轉送有權處理的國家機關依法處理。
4、行政復議決定書的制作。行政復議機關作出行政復議決定，應當制作行政復議決定書。行政復議決定書應載明下列事項：
（1）申請人的姓名、性別、年齡、職業、住址（申請人為法人或者其他組織者，則為法人或者組織的名稱、地址、法定代表人姓名）。
（2）被申請人的名稱、地址、法定代表人的姓名、職務。
（3）申請行政復議的主要請求和理由。
（4）行政復議機關認定的事實、理由，適用的法律、法規、規章和具有普遍約束力的決定、命令。
（5）行政復議結論。
（6）不服行政復議決定向法院起訴的期限（如為終局行政復議決定，則為當事人履行的期限）；
（7）作出行政復議決定的年、月、日。
（8）行政復議決定書由行政復議機關的法定代表人署名，加蓋行政復議機關的印章。行政復議決定書一經送達，即發生法律效力。除法律規定的終局行政復議決定外，申請人對行政復議決定不服，可以在收到行政復議決定書之日起15日內，或法律法規規定的其他期限內，向人民法院提起行政訴訟。申請人逾期不起訴，又不履行行政復議決定的，對于維持具體行政行為的行政復議決定，由被申請人依法強制執行或者申請人民法院強制執行；對于變更具體行政行為的行政復議決定，由行政復議機關依法強制執行或者申請人民法院強制執行。被申請人不履行或者無正當理由拖延履行行政復議決定的，行政復議機關或者有關上級行政機關應當責令其限期履行，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予警告、記過、記大過的行政處分；經責令履行仍拒不履行的，依法給予降級、撤職、開除的行政處分。
【法律依據】
《中華人民共和國行政訴訟法》《中華人民共和國行政復議法》