行政訴訟中申請證人的費用由敗訴方來承擔，但是勝訴方自愿承擔的，則由勝訴方承擔；如果部分勝訴、部分敗訴的，則由法院在裁判文書中來作出規定，由當事人各自承擔一定的費用。

《訴訟費用交納辦法》第十三條 （五）行政案件按照下列標準交納： 1.商標、專利、海事行政案件每件交納100元； 2.其他行政案件每件交納50元。

一般來說，法院受理個人立案申請后，往往會同時開具《繳納訴訟費用通知》，要求當事人在限期內繳納訴訟費。一、訴訟費由誰承擔訴訟費用只是預交而已，是為了啟動訴訟程序必須交納的費用。在起訴狀中原告都會要求被告承擔本案的訴訟費用。即使你不提，法官也會按照誰敗訴誰承擔后果的原則判定輸的一方承擔損失后果。不過這都要等到案件審理了結后才能確定。【特殊情況】1當事人請求部分勝訴、部分敗訴的，由雙方當事人按承擔責任的比例負擔。2經調解達成協議的案件，由雙方當事人協商負擔。3撤訴案件，由原告負擔，但減半收取；駁回起訴的案件，由原告負擔。4申請執行費和執行實際支出的費用由被申請人負擔。第二審案件和再審案件訴訟費用的負擔分別為：a經上訴，維持原判的案件，由上訴人負擔，雙方上訴的，由雙方負擔；b上訴后撤訴的案件，由上訴人負擔；c二審改判的案件，除按一審負擔原則負擔后，還應當相應調整一審訴訟費用的負擔；d經調解達成協議的，由雙方當事人協商兩審訴訟費用。（5）經人民法院再審或提審的案件，如認為原審在認定事實和適用法律上確有錯誤并依法進行改判的，對訴訟費用一并改判。二、訴訟費的管理監督訴訟費用的交納和收取制度應當公示。人民法院收取訴訟費用按照其財務隸屬關系使用國務院財政部門或者省級人民政府財政部門印制的財政票據。案件受理費、申請費全額上繳財政，納入預算，實行收支兩條線管理。人民法院收取訴訟費用應當向當事人開具繳費憑證，當事人持繳費憑證到指定代理銀行交費。依法應當向當事人退費的，人民法院應當按照國家有關規定辦理。訴訟費用繳庫和退費的具體辦法由國務院財政部門商最高人民法院另行制定。在邊遠、水上、交通不便地區，基層巡回法庭當場審理案件，當事人提出向指定代理銀行交納訴訟費用確有困難的，基層巡回法庭可以當場收取訴訟費用，并向當事人出具省級人民政府財政部門印制的財政票據；不出具省級人民政府財政部門印制的財政票據的，當事人有權拒絕交納。案件審結后，人民法院應當將訴訟費用的詳細清單和當事人應當負擔的數額書面通知當事人，同時在判決書、裁定書或者調解書中寫明當事人各方應當負擔的數額。需要向當事人退還訴訟費用的，人民法院應當自法律文書生效之日起15日內退還有關當事人。價格主管部門、財政部門按照收費管理的職責分工，對訴訟費用進行管理和監督；對違反本辦法規定的亂收費行為，依照法律、法規和國務院相關規定予以查處。

《中華人民共和國行政訴訟法》
第一百零二條
人民法院審理行政案件，應當收取訴訟費用。訴訟費用由敗訴方承擔，雙方都有責任的由雙方分擔。收取訴訟費用的具體辦法另行規定。

《訴訟費用交納辦法》
第六條
當事人應當向人民法院交納的訴訟費用包括：
（一）案件受理費；
（二）申請費；
（三）證人、鑒定人、翻譯人員、理算人員在人民法院指定日期出庭發生的交通費、住宿費、生活費和誤工補貼。

對于行政訴訟的案件中所產生的受理費用，應當由敗訴方承擔。如果行政機關敗訴的，由行政機關承擔；如果行政相對人敗訴的，由行政相對人承擔；但是勝訴方自愿承擔的，則由其承擔；如果部分勝訴、部分敗訴的，則法院來決定各自需承擔的訴訟費用的數額。

《訴訟費用交納辦法》
第二十九條
訴訟費用由敗訴方負擔，勝訴方自愿承擔的除外。
部分勝訴、部分敗訴的，人民法院根據案件的具體情況決定當事人各自負擔的訴訟費用數額。
共同訴訟當事人敗訴的，人民法院根據其對訴訟標的的利害關系，決定當事人各自負擔的訴訟費用數額。

《訴訟費用交納辦法》
第三十條
第二審人民法院改變第一審人民法院作出的判決、裁定的，應當相應變更第一審人民法院對訴訟費用負擔的決定。

《訴訟費用交納辦法》
第三十一條
經人民法院調解達成協議的案件，訴訟費用的負擔由雙方當事人協商解決；
協商不成的，由人民法院決定。