工程質量案件涉及訴訟時效應注意的操作問題主要有：1、工程質量缺陷不適用“出售質量不合格的商品未聲明的”一年的短期時效，而適用一般訴訟時效三年。2、施工過程中出現的地基基礎、主體結構以及竣工驗收各階段的施工質量缺陷爭議，其訴訟時效自階段質量驗收發現缺陷或者階段質量驗收未通過時起算;如質量缺陷爭議已委托鑒定的，自鑒定單位出具鑒定意見后二年。3、工程交付使用后，發包人主張承包人的工程保修責任，訴訟時效根據工程不同部位的最低保修年限而定：工程一般部位即一般土建、裝修和管道工程的保修責任，訴訟時效為合同約定的不少于2年的保修年限后3年;工程重要部位即有防水要求的屋面、墻面、衛生間的保修責任，訴訟時效為合同約定的不少于5年的保修年限后3年;工程主要部位即地基基礎和主體結構的保修責任，訴訟時效根據工程設計的不同結構形式而定：農村的磚木結構為不少于設計年限30年后3年;城市的磚和混凝土結構為不少于設計年限50年后3年;城市的鋼筋混凝土結構為不少于設計年限70年后3年;城市的鋼結構房屋為不少于設計年限100年后3年。

法律分析：公司欠款訴訟時效為從知道或應該知道權利被侵害之日起二年，也就是雙方所確定的應該付款之日起二年。如果超過應該付款日二年的，就屬于超過訴訟時效了。但是如果中間債權人有向其主張權利的，則訴訟時效中斷，訴訟時效從主張權利之日起重新計算二年。另外，如果雙方沒有約定具體的還款日期的，則債權人可以隨時主張權利，不存在訴訟時效的限制，訴訟時效要從債權人主張權利之日起再計算二年。

法律依據：《民法典》第一百八十八條 向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，依照其規定。 訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。法律另有規定的，依照其規定。但是，自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。